| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-25页 |
| 1 植物多倍化的研究 | 第12-15页 |
| ·植物多倍体及其生物学意义 | 第12页 |
| ·植物多倍化中的表型变异 | 第12-14页 |
| ·多倍化与基因表达 | 第14-15页 |
| 2 表观遗传学研究进展 | 第15-20页 |
| ·表观遗传学的定义 | 第15页 |
| ·DNA甲基化的研究进展 | 第15-20页 |
| ·植物中的DNA甲基化 | 第16-17页 |
| ·DNA甲基化对基因表达的调控 | 第17-18页 |
| ·DNA甲基化的研究方法 | 第18-20页 |
| 3 植物多倍化过程中DNA甲基化与基因表达的研究 | 第20-23页 |
| ·多倍化诱导DNA甲基化变异 | 第20-22页 |
| ·多倍体中DNA甲基化水平与基因表达模式相关 | 第22页 |
| ·水稻同源多倍化过程中的DNA甲基化与基因表达 | 第22-23页 |
| 4 本研究的目的与意义 | 第23-25页 |
| 第二部分 材料和方法 | 第25-39页 |
| 1. 实验材料 | 第25-28页 |
| ·水稻品种 | 第25页 |
| ·重要的试剂和仪器 | 第25-28页 |
| ·试剂 | 第25-27页 |
| ·仪器 | 第27-28页 |
| 2. 实验方法 | 第28-39页 |
| ·提取DNA、RNA的样品准备 | 第28页 |
| ·倍性鉴定 | 第28页 |
| ·观察植株形态及种子形态大小 | 第28页 |
| ·根尖染色体鉴定 | 第28页 |
| ·总DNA提取及SSR分子标记分析 | 第28-29页 |
| ·叶片总DNA提取及纯度检验 | 第28页 |
| ·SSR扩增及电泳检测 | 第28-29页 |
| ·甲基化胞嘧啶免疫共沉淀测序(MeDIP-SEQ) | 第29-30页 |
| ·MeDIP-SEQ | 第29页 |
| ·MeDIP-SEQ后数据分析 | 第29-30页 |
| ·总RNA的提取及RT-PCR | 第30-31页 |
| ·叶片总RNA的提取及纯化 | 第30页 |
| ·反转录步骤及RT-PCR | 第30-31页 |
| ·实时定量PCR | 第31-32页 |
| ·甲基化特异性PCR及测序 | 第32-39页 |
| ·DNA提取及纯化 | 第32-33页 |
| ·亚硫酸盐转化 | 第33-34页 |
| ·甲基化特异性PCR扩增 | 第34-36页 |
| ·基因组DNA上BSP扩增片段的扩增 | 第36-37页 |
| ·PCR产物的克隆测序 | 第37页 |
| ·测序结果比对及分析 | 第37-39页 |
| 第三部分 结果与分析 | 第39-65页 |
| 1 双胚苗水稻N-2N-3N的材料鉴定 | 第39-41页 |
| ·材料倍性鉴定 | 第39-40页 |
| ·材料遗传背景的同源性分析 | 第40-41页 |
| 2 N-2 N-3N的DNA甲基化图谱分析 | 第41-52页 |
| ·N-2N-3N中甲基化率的对比 | 第41-42页 |
| ·不同基因区域上DNA甲基化分布 | 第42-43页 |
| ·DNA甲基化在染色体上的分布特征 | 第43-45页 |
| ·TE和non-TE中的DNA甲基化分布 | 第43-44页 |
| ·Repeat和non-Repeat上的DNA甲基化分布 | 第44页 |
| ·CG岛上的DNA甲基化分布 | 第44-45页 |
| ·N-2N-3N的DNA甲基化变异比较 | 第45-47页 |
| ·DNA甲基化变异的功能分析 | 第47-49页 |
| ·MeDIP-SEQ结果的实验验证 | 第49-52页 |
| 3 倍性水稻DNA甲基化和基因表达的关联分析 | 第52-65页 |
| ·MeDIP-SEQ和DGE的数据关联分析 | 第52-54页 |
| ·N-2N-3N中mRNA表达和DNA甲基化分析 | 第54-56页 |
| ·不同甲基化修饰类型对mRNA表达的影响 | 第56-58页 |
| ·mRNA表达差异基因的甲基化水平分析 | 第58-59页 |
| ·mRNA表达与DNA甲丛化的验证 | 第59-65页 |
| ·Q-PCR检测基因表达情况 | 第60-61页 |
| ·BSP-SEQ检测启动子区DNA甲基化分布 | 第61-64页 |
| ·LOC_Os01g59320的基因表达与启动子区DNA甲基化 | 第64-65页 |
| 第四部分 讨论 | 第65-70页 |
| 1 实验材料的特色与优势 | 第65页 |
| 2 水稻N-2 N-3N的基因表达及DNA甲基化 | 第65-69页 |
| ·水稻N-2N-3N的基因表达 | 第65-66页 |
| ·水稻N-2N-3N的DNA甲基化 | 第66-67页 |
| ·影响倍性水稻DNA甲基化与基因表达的因素 | 第67-69页 |
| 3 小结与展望 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 附图 | 第80-85页 |
