| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-19页 |
| 第一章 导论 | 第19-24页 |
| ·课题的背景 | 第19-22页 |
| ·论文的主要研究内容和创新点 | 第22-24页 |
| 第二章 转录因子预测及调控网络构建的研究进展 | 第24-45页 |
| ·转录因子 | 第24-26页 |
| ·转录因子的计算预测 | 第26-33页 |
| ·基于BLAST 的方法 | 第26-27页 |
| ·基于SVM 的方法 | 第27-29页 |
| ·基于HMM 的方法 | 第29-33页 |
| ·BHLH 转录因子家族的研究进展 | 第33-35页 |
| ·BHLH 转录因子结构 | 第33-34页 |
| ·BHLH 转录因子功能与分类 | 第34-35页 |
| ·生物网络的特性 | 第35-37页 |
| ·转录调控网络构建方法 | 第37-41页 |
| ·试验方法 | 第37-39页 |
| ·计算方法 | 第39-41页 |
| ·转录调控的相关数据库 | 第41-45页 |
| ·基因表达数据库 | 第41-42页 |
| ·转录因子数据库 | 第42-43页 |
| ·转录调控区数据库 | 第43-45页 |
| 第三章 小鼠 BHLH 转录因子家族预测的 DP 优化 | 第45-62页 |
| ·前言 | 第45-46页 |
| ·材料与方法 | 第46-47页 |
| ·数据来源 | 第46页 |
| ·动态规划寻找小鼠BHLH 蛋白 | 第46页 |
| ·进化分析 | 第46-47页 |
| ·GO 分布与富集性分析 | 第47页 |
| ·结果与分析 | 第47-60页 |
| ·小鼠BHLH 转录因子家族 | 第47-55页 |
| ·保守位点比较 | 第55页 |
| ·小鼠BHLH 蛋白分类 | 第55-57页 |
| ·小鼠BHLH 蛋白功能分析 | 第57-60页 |
| ·讨论 | 第60-62页 |
| 第四章 BHLH 转录因子的隐马尔可夫预测模型的建立 | 第62-77页 |
| ·前言 | 第62-63页 |
| ·材料与方法 | 第63-65页 |
| ·数据来源 | 第63-64页 |
| ·BHLH 蛋白隐马尔可夫模型的建立 | 第64页 |
| ·性能评价及正负集的确定 | 第64-65页 |
| ·同源基因确定 | 第65页 |
| ·进化分析 | 第65页 |
| ·结果 | 第65-74页 |
| ·BHLH 蛋白隐马尔可夫模型的建立 | 第65页 |
| ·BHLH 蛋白隐马尔可夫模型的评估比较 | 第65-67页 |
| ·哺乳动物BHLH 转录因子家族的预测 | 第67-71页 |
| ·进化分析 | 第71-74页 |
| ·讨论 | 第74-77页 |
| 第五章 小鼠脑中 BHLH 转录因子的调控网络预测 | 第77-92页 |
| ·前言 | 第77-78页 |
| ·材料与方法 | 第78-79页 |
| ·数据整理 | 第78页 |
| ·网络构建 | 第78页 |
| ·DNA 结合位点匹配 | 第78-79页 |
| ·模块GO 的富集 | 第79页 |
| ·文献挖掘 | 第79页 |
| ·OLIG1 敲除突变鼠中下游靶基因表达试验 | 第79页 |
| ·结果与讨论 | 第79-92页 |
| ·调控网络的构建 | 第79-83页 |
| ·调控网络模块 | 第83页 |
| ·模块命名 | 第83-85页 |
| ·积极因子 | 第85页 |
| ·NEUROD6 与HEY2 共调控模块 | 第85-88页 |
| ·有效性评价 | 第88-89页 |
| ·试验验证 | 第89-92页 |
| 第六章 结论与展望 | 第92-96页 |
| ·本文研究总结 | 第92-94页 |
| ·课题研究展望 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-108页 |
| 附录 | 第108-129页 |
| 附录1 论文中应用的生物学相关软件以及数据库 | 第108-110页 |
| 附录2 论文中词汇缩写列表 | 第110-111页 |
| 附录3 小鼠BHLH 蛋白总列表 | 第111-114页 |
| 附录4 人类BHLH 蛋白总列表 | 第114-117页 |
| 附录5 大鼠BHLH 蛋白总列表 | 第117-120页 |
| 附录6 小鼠BHLH 转录因子大脑调控网络信息汇总 | 第120-124页 |
| 附录7 BHLH 动态规划打分算法源程序 | 第124-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 攻读博士学位期间发表或录用的论文 | 第131-133页 |
