基于蛋白网络聚类的基因功能研究
| 摘要 | 第1-11页 |
| 图目录 | 第11-12页 |
| 表目录 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-19页 |
| ·课题研究意义 | 第13-14页 |
| ·基因功能的生物信息学研究 | 第14-16页 |
| ·传统的推断基因功能的方法 | 第14-15页 |
| ·系统生物学观点下的基因功能研究 | 第15页 |
| ·用蛋白网络进行基因功能研究 | 第15-16页 |
| ·课题目标和内容 | 第16-17页 |
| ·本文的工作与组织 | 第17-19页 |
| 第二章 蛋白相互作用网络介绍 | 第19-27页 |
| ·蛋白相互作用预测 | 第20-21页 |
| ·蛋白相互作用实验数据及其它大规模数据 | 第21-24页 |
| ·对数据质量的评估和高质量数据的筛选 | 第24页 |
| ·蛋白网络整体拓扑结构研究 | 第24页 |
| ·多物种的蛋白网络比较研究 | 第24-25页 |
| ·蛋白功能模块研究和功能预测 | 第25-27页 |
| 第三章 网络拓扑聚类研究介绍 | 第27-37页 |
| ·聚类问题的一般描述 | 第27-28页 |
| ·向量空间中聚类 | 第28-32页 |
| ·向量空间中样本的距离和相似度 | 第28-29页 |
| ·向量空间中类间的距离定义 | 第29-31页 |
| ·向量空间中聚类 | 第31-32页 |
| ·蛋白网络聚类 | 第32-37页 |
| ·蛋白网络中的层次聚类 | 第33-35页 |
| ·小结 | 第35-37页 |
| 第四章 蛋白网络谱分析研究 | 第37-53页 |
| ·介绍 | 第37-38页 |
| ·方法 | 第38-41页 |
| ·谱分析 | 第38-40页 |
| ·拓扑性质的识别 | 第40页 |
| ·给准团赋予功能和准团的 P 值 | 第40-41页 |
| ·结果 | 第41-50页 |
| ·数据源和分析 | 第41-42页 |
| ·对准团的注释 | 第42-45页 |
| ·对准团中未知功能蛋白的功能预测 | 第45-50页 |
| ·讨论 | 第50-53页 |
| 第五章 适合网络可视化的聚类研究 | 第53-73页 |
| ·引言 | 第53-55页 |
| ·材料和方法 | 第55-59页 |
| ·数据源 | 第55页 |
| ·方法 | 第55-59页 |
| ·结果 | 第59-72页 |
| ·讨论 | 第72-73页 |
| 第六章 整合时空信息的聚类研究 | 第73-89页 |
| ·背景 | 第73-76页 |
| ·结果 | 第76-81页 |
| ·讨论 | 第81页 |
| ·结论 | 第81-84页 |
| ·方法 | 第84-89页 |
| ·数据源 | 第84页 |
| ·层次聚类算法 | 第84-86页 |
| ·比较和验证 | 第86-89页 |
| 第七章 基于功能模块的聚类研究 | 第89-99页 |
| ·背景 | 第89-90页 |
| ·材料和方法 | 第90-92页 |
| ·材料 | 第90-91页 |
| ·算法 | 第91-92页 |
| ·功能团的评测参数P 值 | 第92页 |
| ·结果 | 第92-96页 |
| ·讨论 | 第96-99页 |
| 第八章 可视化软件PINC 设计 | 第99-103页 |
| ·目标和功能设计 | 第100-101页 |
| ·模块划分 | 第101-103页 |
| 第九章 总结和展望 | 第103-105页 |
| ·本文工作总结 | 第103-104页 |
| ·下一步研究方向 | 第104-105页 |
| 附录 SARS 冠状病毒的起源日期研究 | 第105-115页 |
| 背景 | 第105-106页 |
| 方法 | 第106-108页 |
| 结果 | 第108-111页 |
| 讨论 | 第111-112页 |
| 结论 | 第112页 |
| 附加证明 | 第112-115页 |
| 参考文献 | 第115-123页 |
| 致谢 | 第123-125页 |
| 作者简历 | 第125-126页 |
