| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-27页 |
| ·植物基因组的倍增事件 | 第11-18页 |
| ·酵母 | 第11-12页 |
| ·拟南芥 | 第12-14页 |
| ·水稻 | 第14-18页 |
| ·植物基因组倍增事件的检测方法 | 第18-22页 |
| ·基因组上同源片断的检测 | 第18-20页 |
| ·基因相似性矩阵法(GHM, gene homology matrix) | 第18-19页 |
| ·古老倍增区段的检测方法 | 第19-20页 |
| ·基因组倍增事件年代的测定 | 第20-22页 |
| ·基于核苷酸同义替换率的绝对时间测定法 | 第20-21页 |
| ·基于非同义替换率或者蛋白质分化距离的绝对时间测定法 | 第21-22页 |
| ·系统发育树分析法 | 第22页 |
| 参考文献 | 第22-27页 |
| 第二章 水稻基因组的倍增 | 第27-40页 |
| ·前言 | 第27页 |
| ·材料与方法 | 第27-28页 |
| ·序列数据来源 | 第27-28页 |
| ·水稻基因倍增区段的检测 | 第28页 |
| ·倍增时间的估算 | 第28页 |
| ·结果与分析 | 第28-36页 |
| ·水稻基因组上倍增区段的检测 | 第28-35页 |
| ·倍增事件的时间估算 | 第35页 |
| ·水稻基因组上更古老倍增事件的检测 | 第35-36页 |
| ·讨论 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-39页 |
| 附录 | 第39-40页 |
| 第三章 基因家族最大完全匹配长度变化及其在基因组倍增分析中的应用 | 第40-50页 |
| ·前言 | 第40-41页 |
| ·材料与方法 | 第41页 |
| ·序列数据来源 | 第41页 |
| ·MALE值以及氨基酸替换率的估算 | 第41页 |
| ·结果与分析 | 第41-46页 |
| ·进化过程中MALE值的变化 | 第41-44页 |
| ·MALE值与分化时间 | 第44页 |
| ·MALE值的应用 | 第44-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-48页 |
| 附录 | 第48-50页 |
| 第四章 基因组倍增块检测方法的比较 | 第50-56页 |
| ·前言 | 第50页 |
| ·材料与方法 | 第50-51页 |
| ·材料 | 第50页 |
| ·方法 | 第50-51页 |
| ·MUMmer | 第50页 |
| ·RBS | 第50-51页 |
| ·Gril | 第51页 |
| ·结果与分析 | 第51-54页 |
| ·倍增块信息 | 第51-53页 |
| ·三种搜索方法结果比较 | 第53-54页 |
| ·讨论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56页 |
