| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一篇 酿酒酵母ARB2结构域的结构与功能研究 | 第14-66页 |
| 第1章 综述 | 第14-28页 |
| 1.1 表观遗传简介 | 第14页 |
| 1.2 染色体结构 | 第14-15页 |
| 1.3 组蛋白翻译后修饰 | 第15-16页 |
| 1.4 组蛋白乙酰化与去乙酰化 | 第16-18页 |
| 1.5 去乙酰化酶分类 | 第18-20页 |
| 1.5.1 Ⅰ类HDACs结构域构成 | 第19页 |
| 1.5.2 Ⅱ类HDACs结构域构成 | 第19-20页 |
| 1.5.3 Ⅳ类HDACs结构域构成 | 第20页 |
| 1.6 Rpd3/Hdal去乙酰化机制 | 第20-21页 |
| 1.7 HDAC活性的调节 | 第21-24页 |
| 1.7.1 蛋白蛋白相互作用 | 第22页 |
| 1.7.2 磷酸化修饰 | 第22-23页 |
| 1.7.3 其他调节方法 | 第23-24页 |
| 1.8 HDACs生物学重要性 | 第24-25页 |
| 1.8.1 HDACs间接调节多种翻译后修饰 | 第24页 |
| 1.8.2 HDACs改变基因转录水平 | 第24-25页 |
| 1.9 酿酒酵母Hdal研究现状 | 第25-26页 |
| 1.10 ARB2结构域 | 第26-28页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第28-49页 |
| 2.1 基因克隆及质粒构建 | 第28-30页 |
| 2.1.1 基因克隆 | 第28页 |
| 2.1.2 PCR产物回收 | 第28-29页 |
| 2.1.3 酶切和连接 | 第29页 |
| 2.1.4 感受态细胞制备 | 第29-30页 |
| 2.1.5 连接产物转化 | 第30页 |
| 2.1.6 阳性克隆鉴定 | 第30页 |
| 2.2 重组蛋白的表达与纯化 | 第30-32页 |
| 2.2.1 重组蛋白表达 | 第30-31页 |
| 2.2.2 重组蛋白纯化 | 第31-32页 |
| 2.3 组蛋白的纯化 | 第32-34页 |
| 2.4 晶体制备 | 第34-35页 |
| 2.5 衍射数据的收集及处理 | 第35-42页 |
| 2.5.1 衍射数据的收集 | 第35-36页 |
| 2.5.2 衍射数据处理 | 第36-42页 |
| 2.6 结构解析及模型修正 | 第42-43页 |
| 2.7 结构模型质量评估 | 第43-47页 |
| 2.7.1 结构模型与电子密度吻合情况 | 第44页 |
| 2.7.2 结构模型温度因子分析 | 第44-45页 |
| 2.7.3 结构模型实空间相关系数分析 | 第45-46页 |
| 2.7.4 结构模型立体化学分析 | 第46-47页 |
| 2.8 分子排阻层析 | 第47-48页 |
| 2.9 等温滴定实验(Isothermal titration calorimetry,ITC) | 第48页 |
| 2.10 GST pull-down实验 | 第48-49页 |
| 第3章 实验结果和讨论 | 第49-59页 |
| 3.1 整体结构 | 第49-50页 |
| 3.2 ARB2二体形式 | 第50-51页 |
| 3.3 ARB2结构域与/β折叠水解酶显示结构相似性 | 第51-53页 |
| 3.4 ARB2结构域组蛋白结合功能 | 第53-54页 |
| 3.5 ARB2结构域以二体形式结合组蛋白 | 第54-55页 |
| 3.6 ARB2结构域结合组蛋白氨基酸残基探究 | 第55-57页 |
| 3.7 ARB2在Hdal去乙酰化中的作用 | 第57-59页 |
| 本篇小结 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 第二篇 酿酒酵母GAPDH3的RNA结合特性研究 | 第66-102页 |
| 第4章 综述 | 第66-78页 |
| 4.1 糖酵解概述 | 第66-67页 |
| 4.2 甘油醛-3-磷酸脱氢酶功能介绍 | 第67-71页 |
| 4.2.1 结合核酸 | 第68-69页 |
| 4.2.2 促进细胞凋亡 | 第69-70页 |
| 4.2.3 促进细胞生存 | 第70页 |
| 4.2.4 与细胞骨架蛋白相互作用 | 第70-71页 |
| 4.2.5 与其他蛋白的相互作用 | 第71页 |
| 4.3 GAPDH具有多种功能的意义 | 第71-72页 |
| 4.4 GAPDH多功能的调节 | 第72-74页 |
| 4.4.1 GAPDH磷酸化 | 第72-73页 |
| 4.4.2 GAPDH细胞中定位 | 第73-74页 |
| 4.5 GAPDH相关的疾病 | 第74-75页 |
| 4.6 AU富集元件 | 第75-76页 |
| 4.7 酿酒酵母GAPDH研究现状 | 第76-78页 |
| 第5章 实验材料和方法 | 第78-87页 |
| 5.1 基因克隆及质粒构建 | 第78-80页 |
| 5.1.1 基因克隆 | 第78页 |
| 5.1.2 PCR产物回收 | 第78-79页 |
| 5.1.3 酶切和连接 | 第79页 |
| 5.1.4 感受态细胞制备 | 第79-80页 |
| 5.1.5 连接产物转化 | 第80页 |
| 5.1.6 阳性克隆鉴定 | 第80页 |
| 5.2 重组蛋白的表达与纯化 | 第80-81页 |
| 5.2.1 重组蛋白表达 | 第80页 |
| 5.2.2 重组蛋白纯化 | 第80-81页 |
| 5.3 分子排阻层析 | 第81页 |
| 5.4 酶活测定 | 第81-82页 |
| 5.5 荧光偏振 | 第82页 |
| 5.6 结构修正 | 第82-87页 |
| 第6章 实验结果和讨论 | 第87-95页 |
| 6.1 GAPDH3的RNA识别性质 | 第87-88页 |
| 6.2 GAPDH3结构分析 | 第88-90页 |
| 6.3 NAD~+抑制GAPDH3的RNA结合能力 | 第90-92页 |
| 6.4 GAPDH3识别RNA的模型 | 第92-95页 |
| 本篇小结 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-102页 |
| 第三篇 金黄色葡萄球菌中核苷磷酸酶SA1684的晶体学初步研究 | 第102-163页 |
| 第7章 综述 | 第102-107页 |
| 7.1 金黄色葡萄球菌简介 | 第102-103页 |
| 7.2 金黄色葡萄球菌中与核酸相关的毒力调节因子 | 第103-104页 |
| 7.3 SA1684蛋白 | 第104-107页 |
| 第8章 实验材料和方法 | 第107-147页 |
| 8.1 基因克隆及质粒构建 | 第107-109页 |
| 8.1.1 基因克隆 | 第107页 |
| 8.1.2 PCR产物回收 | 第107-108页 |
| 8.1.3 酶切和连接 | 第108页 |
| 8.1.4 感受态细胞制备 | 第108-109页 |
| 8.1.5 连接产物转化 | 第109页 |
| 8.1.6 阳性克隆鉴定 | 第109页 |
| 8.2 重组蛋白的表达与纯化 | 第109-111页 |
| 8.2.1 重组蛋白表达 | 第109-110页 |
| 8.2.2 重组蛋白纯化 | 第110-111页 |
| 8.3 晶体制备 | 第111-113页 |
| 8.3.1 SA1684蛋白及与不同小分子底物的晶体生长 | 第111-112页 |
| 8.3.2 碘衍生物制备 | 第112-113页 |
| 8.4 衍射数据的收集及处理 | 第113-117页 |
| 8.4.1 衍射数据的收集 | 第113-115页 |
| 8.4.2 衍射数据处理 | 第115-117页 |
| 8.5 结构解析及模型修正 | 第117-131页 |
| 8.5.1 碘衍生物结构解析 | 第117-118页 |
| 8.5.2 apo结构解析 | 第118-120页 |
| 8.5.3 SA1684-ATPγS结构解析 | 第120-122页 |
| 8.5.4 SA1684-GDPβS结构解析 | 第122-125页 |
| 8.5.5 SA1684-GTPγS结构解析 | 第125-131页 |
| 8.6 结构模型质量评估 | 第131-147页 |
| 8.6.1 SA1684-apo结构模型质量分析 | 第131-134页 |
| 8.6.2 SA1684-ATPγS结构模型质量分析 | 第134-138页 |
| 8.6.3 SA1684-GDPβS结构模型质量分析 | 第138-142页 |
| 8.6.4 SA1684-GTPγS结构模型质量分析 | 第142-147页 |
| 第9章 实验结果和讨论 | 第147-159页 |
| 9.1 整体结构 | 第147-148页 |
| 9.2 金属离子 | 第148-150页 |
| 9.3 底物结合口袋 | 第150-153页 |
| 9.4 SA1684蛋白底物结合模式 | 第153-154页 |
| 9.5 与SC4828结构比对 | 第154-156页 |
| 9.6 SA1684蛋白催化机制初步推测 | 第156-158页 |
| 9.7 下一步 | 第158-159页 |
| 本篇小结 | 第159-160页 |
| 参考文献 | 第160-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第164页 |
