| 高频词对照表 | 第1页 |
| 样本符号对照表 | 第8-9页 |
| 脂肪酸名称对照表 | 第9-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-17页 |
| 1 选题背景及意义 | 第14-15页 |
| 2 研究目的 | 第15-16页 |
| 参考文献 | 第16-17页 |
| 第二章 文献综述 | 第17-35页 |
| 1 脂肪组织沉积及其调控的研究进展 | 第18-23页 |
| ·脂肪组织的形成和发育 | 第18页 |
| ·脂肪组织的类型和分布 | 第18-19页 |
| ·脂肪组织的功能 | 第19-20页 |
| ·脂肪沉积的调控机制 | 第20-22页 |
| ·猪脂肪沉积的特点 | 第22-23页 |
| 2 表达谱基因芯片技术 | 第23-28页 |
| ·表达谱基因芯片 | 第23-24页 |
| ·表达谱基因芯片的分类和技术流程 | 第24-25页 |
| ·表达谱基因芯片的优点 | 第25页 |
| ·表达谱基因芯片在基因组学中的应用 | 第25-27页 |
| ·表达谱基因芯片存在的问题 | 第27-28页 |
| ·全基因组表达谱基因芯片 | 第28页 |
| 3 基因芯片研究猪脂肪表达谱的概况 | 第28-30页 |
| 参考文献 | 第30-35页 |
| 第三章 荣昌猪和长白猪脂肪沉积性状的比较研究 | 第35-57页 |
| 1 前言 | 第35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-40页 |
| ·试验群体 | 第35页 |
| ·样本采集和性状指标测定 | 第35-39页 |
| ·实验的主要仪器及试剂 | 第39-40页 |
| 3 数据分析 | 第40-41页 |
| 4 结果与分析 | 第41-53页 |
| ·猪肥胖指数的测定结果 | 第41页 |
| ·胴体性状指标的分析 | 第41-43页 |
| ·ELISA指标分析 | 第43-48页 |
| ·脂肪酸组成的差异 | 第48-53页 |
| 5 讨论 | 第53-56页 |
| ·两猪种生长性能差异 | 第53-54页 |
| ·两猪种细胞因子含量和脂肪酸组成的差异 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-57页 |
| 第四章 利用全基因组表达谱芯片研究影响猪脂肪沉积基因的表达谱 | 第57-72页 |
| 1 前言 | 第57页 |
| 2 材料与方法 | 第57-65页 |
| ·试验材料 | 第57页 |
| ·实验中主要仪器和试剂 | 第57-59页 |
| ·实验方法 | 第59-64页 |
| ·数据预处理和标准化 | 第64-65页 |
| 3 实验结果分析 | 第65-69页 |
| ·Total RNA的甲醛变性琼脂糖电泳结果 | 第65-66页 |
| ·RNA池的bioanalyzer2100电泳结果 | 第66页 |
| ·猪全基因组芯片扫描结果 | 第66-67页 |
| ·标准化结果 | 第67-69页 |
| 4 讨论 | 第69-71页 |
| ·芯片类型的选择 | 第69页 |
| ·实验数据的标准化处理 | 第69-70页 |
| ·缺失值估计 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-72页 |
| 第五章 差异表达分析,表达模式识别和数据降维 | 第72-94页 |
| 前言 | 第72页 |
| 1 基因的差异表达分析,表达模式识别和数据降维 | 第72-74页 |
| ·猪基因组芯片探针注释文件的重注解 | 第72-73页 |
| ·基因差异表达分析——T检验和ANOVA | 第73页 |
| ·表达模式识别—基因的自组织映射(SOM)和样本的层级聚类(HCL) | 第73-74页 |
| ·主成分分析(PCA) | 第74页 |
| 2 结果与分析 | 第74-84页 |
| ·基因差异表达分析--T检验和ANOVA | 第74-82页 |
| ·基因差异表达的ANOVA | 第82-84页 |
| 3 差异基因的表达模式识别——自组织映射和主成分映射 | 第84-89页 |
| ·差异基因的自组织映射和主成分映射 | 第84-86页 |
| ·样本的层级聚类的分割和主成分映射 | 第86-88页 |
| ·主成分分析(PCA) | 第88-89页 |
| 4 讨论 | 第89-92页 |
| ·基因差异表达分析 | 第89-90页 |
| ·聚类分析及主成分验证 | 第90页 |
| ·主成分分析 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-94页 |
| 第六章 表达谱基因芯片数据的生物学功能发掘 | 第94-125页 |
| 1 前言 | 第94-95页 |
| ·基因分组检验(Gene class test,GCT)分析 | 第94页 |
| ·基因集合富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA) | 第94页 |
| ·染色体富集分析(Chromosome co-localization analysis,CCLA) | 第94-95页 |
| 2 分析策略 | 第95-96页 |
| ·GCT分析 | 第95页 |
| ·基因集合富集分析 | 第95-96页 |
| ·染色体富集分析 | 第96页 |
| 3 结果与分析 | 第96-116页 |
| ·差异表达基因的GCT分析 | 第96-106页 |
| ·基因集合富集分析(GSEA) | 第106-114页 |
| ·染色体富集分析 | 第114-116页 |
| 4 讨论 | 第116-121页 |
| ·基因分组检验(GCT)分析 | 第116-117页 |
| ·基因集合富集分析(GSEA) | 第117-119页 |
| ·染色体富集分析 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-125页 |
| 第七章 基因芯片数据可靠性的验证 | 第125-133页 |
| 1 材料与方法 | 第125-127页 |
| ·芯片实验自身的质控 | 第125页 |
| ·荧光定量PCR验证 | 第125-127页 |
| 2 结果与分析 | 第127-131页 |
| ·芯片实验片内和样本的变异系数 | 第127-128页 |
| ·荧光定量PCR与芯片检测结果的相关性 | 第128-131页 |
| 3 讨论 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-133页 |
| 结论与展望 | 第133-135页 |
| 1 结论 | 第133-134页 |
| 2 下一步要进行的工作 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 博士期间发表论文 | 第136-137页 |
