| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 本论文常用中英文缩写词 | 第14-15页 |
| 文献综述 | 第15-22页 |
| 引言 | 第22-24页 |
| 1 材料与方法 | 第24-39页 |
| 1.1 实验菌株与抗菌素标准品 | 第24页 |
| 1.2 主要试剂(盒)及酶类 | 第24页 |
| 1.3 主要培养基与溶液的配制 | 第24-26页 |
| 1.3.1 抗生素母液 | 第24-25页 |
| 1.3.2 TSA固体培养基 | 第25页 |
| 1.3.3 TSB液体培养基 | 第25页 |
| 1.3.4 MH液体培养基 | 第25页 |
| 1.3.5 Str抗性的TSA固体培养基 | 第25页 |
| 1.3.6 Cip抗性的TSA固体培养基 | 第25页 |
| 1.3.7 Tet抗性的TSA固体培养基 | 第25页 |
| 1.3.8 溴化乙锭(EB)贮存液 | 第25页 |
| 1.3.9 50 ×TAE电泳缓冲液 | 第25-26页 |
| 1.4 主要仪器 | 第26页 |
| 1.5 多杀性巴氏杆菌耐药菌株的体外诱导及其特性检测 | 第26-29页 |
| 1.5.1 耐药菌株的体外诱导 | 第26-28页 |
| 1.5.2 耐药菌株的生物学特性检测 | 第28页 |
| 1.5.3 其他抗生素对耐药菌株的MIC检测 | 第28页 |
| 1.5.4 耐药菌株的相关耐药基因检测 | 第28-29页 |
| 1.6 链霉素耐药菌株的转录组测序及分析 | 第29-37页 |
| 1.6.1 细菌总RNA的抽提与质检 | 第29-30页 |
| 1.6.2 转录组测序及其质量控制 | 第30-33页 |
| 1.6.3 生物信息学分析与耐药基因筛选 | 第33-35页 |
| 1.6.4 差异表达耐药基因的验证 | 第35-37页 |
| 1.7 环丙沙星耐药菌株的转录组测序及分析 | 第37-38页 |
| 1.7.1 样本总RNA的抽提与质检 | 第37页 |
| 1.7.2 转录组测序及其质量控制 | 第37页 |
| 1.7.3 生物信息学分析与耐药基因筛选 | 第37页 |
| 1.7.4 差异表达耐药基因的验证 | 第37-38页 |
| 1.8 四环素耐药菌株转录组测序及分析 | 第38-39页 |
| 1.8.1 样本总RNA的抽提与质检 | 第38页 |
| 1.8.2 转录组测序及其质量控制 | 第38页 |
| 1.8.3 生物信息学分析与耐药基因筛选 | 第38页 |
| 1.8.4 差异表达耐药基因的验证 | 第38-39页 |
| 2 结果与分析 | 第39-79页 |
| 2.1 体外诱导耐药菌株的鉴定 | 第39-40页 |
| 2.1.1 诱导菌株的MIC值 | 第39页 |
| 2.1.2 诱导菌株的PCR鉴定 | 第39-40页 |
| 2.2 耐药菌株的生物学特性 | 第40-41页 |
| 2.2.1 耐药菌株的生理生化特性 | 第40页 |
| 2.2.2 耐药菌株的生长曲线 | 第40-41页 |
| 2.2.3 耐药菌株的稳定性 | 第41页 |
| 2.3 其他抗生素对耐药菌株的MIC值 | 第41-42页 |
| 2.4 耐药菌株携带的耐药基因 | 第42-43页 |
| 2.5 耐药菌株的转录组测序分析 | 第43-46页 |
| 2.5.1 实验菌株总RNA的质量检测 | 第43-44页 |
| 2.5.2 转录组测序文库的构建及质检 | 第44-45页 |
| 2.5.3 转录组测序结果的质检 | 第45页 |
| 2.5.4 测序序列质量评估 | 第45-46页 |
| 2.5.5 测序数据预处理及基因组比对 | 第46页 |
| 2.6 表达相关性分析 | 第46-49页 |
| 2.7 链霉素耐药菌株生物信息学分析及耐药基因筛选 | 第49-59页 |
| 2.7.1 基因差异表达分析 | 第49-50页 |
| 2.7.2 差异表达基因的GO注释与富集性分析 | 第50-55页 |
| 2.7.3 差异表达基因的KEGG注释与富集性分析 | 第55-58页 |
| 2.7.4 差异表达基因耐药基因(ARDB)注释 | 第58-59页 |
| 2.8 环丙沙星耐药菌株生物信息学分析及耐药基因筛选 | 第59-64页 |
| 2.8.1 基因差异表达分析 | 第59-60页 |
| 2.8.2 差异表达基因的GO注释与富集性分析 | 第60-62页 |
| 2.8.3 差异表达基因的KEGG注释与富集性分析 | 第62-64页 |
| 2.8.4 差异表达基因耐药基因(ARDB)注释 | 第64页 |
| 2.9 四环素耐药菌株生物信息学分析及耐药基因筛选 | 第64-74页 |
| 2.9.1 基因差异表达分析 | 第64-65页 |
| 2.9.2 差异表达基因的GO注释与富集性分析 | 第65-69页 |
| 2.9.3 差异表达基因的KEGG注释与富集性分析 | 第69-73页 |
| 2.9.4 差异表达基因耐药基因(ARDB)注释 | 第73-74页 |
| 2.10 三株耐药菌共同差异表达基因的筛选 | 第74-75页 |
| 2.11 差异表达基因的验证 | 第75-79页 |
| 2.11.1 耐药菌株总RNA的提取及质检 | 第75页 |
| 2.11.2 实时荧光定量PCR的三线分析 | 第75-78页 |
| 2.11.3 差异基因的mRNA表达水平检测 | 第78-79页 |
| 3 讨论 | 第79-83页 |
| 3.1 多杀性巴氏杆菌耐药菌株人工诱导方法的选择 | 第79页 |
| 3.2 基因数据库在耐药菌株转录组学分析中的应用 | 第79-81页 |
| 3.3 实时荧光定量PCR验证差异表达耐药基因的条件优化 | 第81-83页 |
| 结论 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-90页 |
| 附录 | 第90-93页 |
| 作者简介 | 第93页 |
