| 摘要 | 第6-9页 |
| abstract | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-25页 |
| 1.1 新城疫病毒的研究进展 | 第17-20页 |
| 1.1.1 NDV的分类及病原学 | 第17-18页 |
| 1.1.2 NDV的分子生物学特征 | 第18-20页 |
| 1.2 高通量测序技术在NDV感染中的应用 | 第20-23页 |
| 1.2.1 转录组测序 | 第20-21页 |
| 1.2.2 microRNA | 第21-23页 |
| 1.2.3 高通量测序技术在NDV感染中的研究进展 | 第23页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第23-25页 |
| 第二章 鸡胚感染NDV后内脏组织miRNAs表达谱测序及分析 | 第25-53页 |
| 2.1 材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒 | 第25页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第25页 |
| 2.1.3 主要仪器及常用试剂配制 | 第25-26页 |
| 2.2 方法 | 第26-33页 |
| 2.2.1 NDV感染试验及测序样品准备 | 第26页 |
| 2.2.2 小RNA测序 | 第26-27页 |
| 2.2.3 数据处理及分析 | 第27页 |
| 2.2.4 测序结果验证 | 第27-29页 |
| 2.2.5 质粒构建及细胞转染 | 第29-30页 |
| 2.2.6 NDV感染细胞及病毒滴度测定 | 第30-31页 |
| 2.2.7 Westernblot | 第31页 |
| 2.2.8 双荧光素酶报告基因检测 | 第31页 |
| 2.2.9 Real-timequantitativePCR检测目的基因表达 | 第31-32页 |
| 2.2.10 统计学分析 | 第32-33页 |
| 2.3 结果 | 第33-51页 |
| 2.3.1 NDV的感染 | 第33页 |
| 2.3.2 SmallRNA测序结果概述 | 第33-36页 |
| 2.3.3 miRNAs差异分析及RT-qPCR结果验证 | 第36-43页 |
| 2.3.4 差异表达miRNAs靶基因的预测及生物信息学分析 | 第43-45页 |
| 2.3.5 差异表达基因gga-miR-375对NDV复制的影响 | 第45-51页 |
| 2.4 讨论 | 第51-52页 |
| 2.5 小结 | 第52-53页 |
| 第三章 鸡胚感染NDV后内脏组织转录组测序分析及抗病毒基因筛选 | 第53-82页 |
| 3.1 材料 | 第53-54页 |
| 3.1.1 SPF鸡、鸡胚、细胞与病毒 | 第53页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第53页 |
| 3.1.3 主要仪器及常用试剂配制 | 第53-54页 |
| 3.2 方法 | 第54-59页 |
| 3.2.1 NDV感染试验及测序样品准备 | 第54页 |
| 3.2.2 转录组测序 | 第54-55页 |
| 3.2.3 数据处理及分析 | 第55页 |
| 3.2.4 测序结果验证 | 第55-57页 |
| 3.2.5 基因扩增、质粒构建及细胞转染 | 第57-58页 |
| 3.2.6 IFI35序列分析 | 第58页 |
| 3.2.7 组织表达谱检测 | 第58页 |
| 3.2.8 NDV感染细胞及病毒滴度测定 | 第58-59页 |
| 3.2.9 Westernblot | 第59页 |
| 3.2.10 间接免疫荧光 | 第59页 |
| 3.2.11 统计学分析 | 第59页 |
| 3.3 结果 | 第59-78页 |
| 3.3.1 NDV的感染与样品收集 | 第59页 |
| 3.3.2 转录组测序结果概述 | 第59-61页 |
| 3.3.3 mRNAs差异分析及RT-qPCR结果验证 | 第61-63页 |
| 3.3.4 差异表达基因生物信息学分析 | 第63-68页 |
| 3.3.5 宿主免疫应答NDV感染相关差异表达基因筛选 | 第68-71页 |
| 3.3.6 NDV逃逸宿主免疫反应差异表达基因筛选 | 第71-73页 |
| 3.3.7 差异表达基因IFI35对NDV复制的影响 | 第73-78页 |
| 3.4 讨论 | 第78-81页 |
| 3.5 小结 | 第81-82页 |
| 第四章 miRNAs-mRNAs关联分析及抗病毒基因筛选 | 第82-101页 |
| 4.1 材料 | 第82页 |
| 4.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒 | 第82页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第82页 |
| 4.1.3 主要仪器及常用试剂的配制 | 第82页 |
| 4.2 方法 | 第82-86页 |
| 4.2.1 miRNAs-mRNAs关联分析 | 第82-83页 |
| 4.2.2 靶基因生物信息学分析 | 第83-84页 |
| 4.2.3 质粒构建及细胞转染 | 第84-85页 |
| 4.2.4 NDV感染细胞及病毒滴度测定 | 第85页 |
| 4.2.5 Westernblot | 第85页 |
| 4.2.6 双荧光素酶报告基因检测 | 第85页 |
| 4.2.7 Real-timequantitativePCR检测目的基因表达 | 第85页 |
| 4.2.8 rAd-miR-203a感染鸡胚实验 | 第85页 |
| 4.2.9 统计学分析 | 第85-86页 |
| 4.3 结果 | 第86-98页 |
| 4.3.1 NDV感染共同差异表达miRNAs的筛选 | 第86-89页 |
| 4.3.2 NDV感染共同差异表达mRNAs的筛选 | 第89-91页 |
| 4.3.3 miRNAs-mRNAs关联分析 | 第91-94页 |
| 4.3.4 gga-miR-203a与TGM2相关性研究 | 第94-98页 |
| 4.4 讨论 | 第98-100页 |
| 4.5 小结 | 第100-101页 |
| 第五章 病毒基因转录高通量测序研究 | 第101-116页 |
| 5.1 材料 | 第101-102页 |
| 5.1.1 SPF鸡胚、细胞与病毒 | 第101页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第101-102页 |
| 5.1.3 主要仪器及常用试剂的配制 | 第102页 |
| 5.2 方法 | 第102-105页 |
| 5.2.1 转录组病毒P/V/W转录分析 | 第102页 |
| 5.2.2 样品收集及测序样品准备 | 第102-104页 |
| 5.2.3 高通量测序及序列分析 | 第104-105页 |
| 5.3 结果 | 第105-113页 |
| 5.3.1 转录组测序P/V/W频率变化分析 | 第105-107页 |
| 5.3.2 P基因编辑频率研究 | 第107-113页 |
| 5.4 讨论 | 第113-115页 |
| 5.5 小结 | 第115-116页 |
| 全文总结 | 第116-117页 |
| 本研究创新点 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-129页 |
| 附录1 主要仪器及常见试剂配方 | 第129-130页 |
| 附录2 小RNA测序数据分析方法 | 第130-133页 |
| 附录3 转录组测序数据分析方法 | 第133-135页 |
| 附录4 数据补充材料 | 第135-136页 |
| 主要缩略词及中英文对照表 | 第136-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 作者简介 | 第139页 |
