| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 第1章 文献综述 | 第9-23页 |
| 1.1 引言 | 第9页 |
| 1.2 Genome shuffling技术与提高菌株耐受性 | 第9-11页 |
| 1.2.1 Genome shuffling技术原理 | 第9-11页 |
| 1.2.2 Genome shuffling技术应用 | 第11页 |
| 1.3 基因组测序及生物信息学 | 第11-14页 |
| 1.3.1 基因组测序技术 | 第11-12页 |
| 1.3.2 生物信息学 | 第12-14页 |
| 1.4 乳酸乳球菌基因组研究现状 | 第14-15页 |
| 1.5 乳酸乳球菌酸耐受研究现状 | 第15-16页 |
| 1.6 CRISPR/dCas9筛选及验证基因功能 | 第16-21页 |
| 1.6.1 CRISPR/dCas9系统调控基因转录原理 | 第16-17页 |
| 1.6.2 CRISPRa激活基因转录 | 第17-18页 |
| 1.6.3 CRISPRi抑制基因转录 | 第18-20页 |
| 1.6.4 CRISPR-dCas9系统的应用 | 第20-21页 |
| 1.7 本课题的研究内容与意义 | 第21-23页 |
| 第2章 基因组测序及全基因组比对 | 第23-43页 |
| 2.1 引言 | 第23-24页 |
| 2.2 实验材料 | 第24-26页 |
| 2.2.1 实验所用菌种和培养基 | 第24页 |
| 2.2.2 实验药品和试剂 | 第24-26页 |
| 2.2.3 实验仪器和设备 | 第26页 |
| 2.3 实验方法 | 第26-30页 |
| 2.3.1 菌株培养及活化 | 第26-27页 |
| 2.3.2 发酵及nisin效价检测 | 第27页 |
| 2.3.3 乳酸乳球菌酸耐受性检测 | 第27-28页 |
| 2.3.4 细菌DNA的提取 | 第28-29页 |
| 2.3.5 建库、测序及拼接基因组 | 第29页 |
| 2.3.6 原核生物基因组注释 | 第29-30页 |
| 2.3.7 全基因组比对分析 | 第30页 |
| 2.4 实验结果 | 第30-41页 |
| 2.4.1 重组菌株nisin产量及酸耐受性 | 第30-31页 |
| 2.4.2 细菌全基因组测序数据质量分析及de novo拼接 | 第31-32页 |
| 2.4.3 G423 基因组注释和分析 | 第32-37页 |
| 2.4.4 G423和F44基因组测序及注释的准确性 | 第37页 |
| 2.4.5 G423和F44编码蛋白基因的COG分类比较 | 第37-38页 |
| 2.4.6 乳酸乳球菌G423与F44基因组比对 | 第38-41页 |
| 2.5 本章小结 | 第41-43页 |
| 第3章 转录组测序及分析 | 第43-53页 |
| 3.1 引言 | 第43页 |
| 3.2 实验材料 | 第43-44页 |
| 3.2.1 实验菌株和培养基 | 第43页 |
| 3.2.2 实验药品和试剂 | 第43页 |
| 3.2.3 实验仪器和设备 | 第43-44页 |
| 3.3 实验方法 | 第44-47页 |
| 3.3.1 样品处理 | 第44页 |
| 3.3.2 建库及转录组测序 | 第44页 |
| 3.3.3 数据处理及生物信息学分析 | 第44-45页 |
| 3.3.4 新的转录本发现和分析 | 第45页 |
| 3.3.5 总RNA提取及cDNA合成 | 第45页 |
| 3.3.6 实时荧光定量PCR验证及相对定量 | 第45-47页 |
| 3.4 实验结果 | 第47-52页 |
| 3.4.1 酸胁迫下转录组测序 | 第47页 |
| 3.4.2 差异基因的COG分类分析 | 第47-50页 |
| 3.4.3 结合全基因组比对的转录差异分析 | 第50-51页 |
| 3.4.4 新的转录本的发现和qRT-PCR验证 | 第51-52页 |
| 3.5 本章小结 | 第52-53页 |
| 第4章 基因功能研究及CRISPR/dCas9系统构建 | 第53-71页 |
| 4.1 引言 | 第53页 |
| 4.2 实验材料 | 第53-54页 |
| 4.2.1 菌株和质粒 | 第53页 |
| 4.2.2 主要设备和仪器 | 第53-54页 |
| 4.2.3 培养基 | 第54页 |
| 4.3 实验方法 | 第54-63页 |
| 4.3.1 总RNA的提取及c DNA的合成 | 第54页 |
| 4.3.2 实时荧光定量PCR验证及相对定量 | 第54页 |
| 4.3.3 乳酸乳球菌DNA提取 | 第54页 |
| 4.3.4 引物的设计和验证 | 第54-56页 |
| 4.3.5 目标片段的扩增和回收 | 第56-57页 |
| 4.3.6 线线同源重组(LLHR) | 第57-58页 |
| 4.3.7 质粒与片段的酶切回收 | 第58-59页 |
| 4.3.8 设计oilgo DNA及插入载体 | 第59-60页 |
| 4.3.9 大肠杆菌TG1感受态的制备与化转 | 第60-61页 |
| 4.3.10 转化子筛选及菌落PCR验证 | 第61页 |
| 4.3.11 乳酸乳球菌电转化感受态的制备与转化 | 第61-62页 |
| 4.3.12 酸耐受性检测 | 第62页 |
| 4.3.13 发酵及Nisin效价的检测 | 第62页 |
| 4.3.14 生物信息学预测靶标 | 第62-63页 |
| 4.4 实验结果 | 第63-70页 |
| 4.4.1 基因工程菌株酸耐受性及nisin产量检测 | 第63-64页 |
| 4.4.2 生物信息学分析sRNA NC- | 第64-65页 |
| 4.4.3 CRISPR/dCas9系统载体构建 | 第65-67页 |
| 4.4.4 CRISPRi系统验证 | 第67-68页 |
| 4.4.5 CRISPRa系统验证 | 第68-70页 |
| 4.5 本章小结 | 第70-71页 |
| 第5章 结论与展望 | 第71-73页 |
| 5.1 结论 | 第71-72页 |
| 5.2 展望 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-81页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第81-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
