| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1 叶绿体基因组研究进展 | 第11-19页 |
| 1.1 叶绿体基因组的研究概括 | 第11-12页 |
| 1.2 叶绿体基因组的结构与功能特征 | 第12-13页 |
| 1.3 叶绿体基因组在系统发育分析中的应用 | 第13-14页 |
| 1.4 叶绿体基因与核基因互作 | 第14-17页 |
| 1.5 叶绿体全基因组测序技术研究发展 | 第17-19页 |
| 1.5.1 传统的DNA测序技术—Sanger测序法 | 第17-18页 |
| 1.5.2 基于二代测序(Illumina平台)的叶绿体基因组测序 | 第18页 |
| 1.5.3 第三代单分子实时测序技术 | 第18-19页 |
| 2 菊科系统分类及菊属与亚菊属的研究现状 | 第19-20页 |
| 3 本研究的目的及意义 | 第20-21页 |
| 第二章 菊属、亚菊属叶绿体DNA提取 | 第21-29页 |
| 1 材料与方法 | 第22-24页 |
| 1.1 植物材料 | 第22页 |
| 1.2 试剂与仪器 | 第22-23页 |
| 1.2.1 叶绿体提取所用的溶液配方 | 第22页 |
| 1.2.2 试剂盒提取叶绿体DNA所用的试剂 | 第22-23页 |
| 1.2.3 仪器与设备 | 第23页 |
| 1.3 提取方法 | 第23-24页 |
| 1.3.1 试剂盒法 | 第23页 |
| 1.3.2 改良试剂盒法 | 第23页 |
| 1.3.3 常规叶绿体DNA提取法 | 第23-24页 |
| 1.4 叶绿体DNA质量检测 | 第24页 |
| 2 结果与分析 | 第24-26页 |
| 2.1 叶绿体DNA质量检测结果 | 第24-26页 |
| 3 讨论 | 第26-29页 |
| 第三章 菊属、亚菊属叶绿体基因组结构分析 | 第29-51页 |
| 1 材料与方法 | 第30-31页 |
| 1.1 植物材料 | 第30页 |
| 1.2 叶绿体DNA测序 | 第30页 |
| 1.3 叶绿体基因组基因注释方法 | 第30-31页 |
| 1.4 叶绿体基因组基因比较方法 | 第31页 |
| 2 结果与分析 | 第31-49页 |
| 2.1 菊属、亚菊属叶绿体基因组基本特征 | 第31-38页 |
| 2.1.1 叶绿体基因组结构组成 | 第31-33页 |
| 2.1.2 AT含量比较 | 第33-35页 |
| 2.1.3 叶绿体基因组序列组成 | 第35-36页 |
| 2.1.4 叶绿体基因组中基因信息 | 第36-38页 |
| 2.2 菊属、亚菊属IR区边界比较分析 | 第38-43页 |
| 2.3 菊属、亚菊属重复序列和SSR分析 | 第43-48页 |
| 2.4 菊属、亚菊属叶绿体基因组全序列比对 | 第48-49页 |
| 3 讨论 | 第49-51页 |
| 第四章 菊属、亚菊属叶绿体基因组的系统进化分析 | 第51-57页 |
| 1 材料与方法 | 第52页 |
| 1.1 材料 | 第52页 |
| 1.2 叶绿体基因组系统进化树的构建方法 | 第52页 |
| 2 结果与分析 | 第52-54页 |
| 3 讨论 | 第54-57页 |
| 全文结论 | 第57-59页 |
| 创新之处 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 附录 | 第67-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |