| 中文摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 英汉缩略语名词对照 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-31页 |
| 1.1 问题的提出 | 第15-17页 |
| 1.2 MIRNA的发现及生物合成 | 第17-21页 |
| 1.2.1 miRNA的发现 | 第17-19页 |
| 1.2.2 miRNAs的生物合成 | 第19-21页 |
| 1.3 MIRNA的功能作用机制及靶基因预测 | 第21-24页 |
| 1.3.1 miRNA的功能作用机制 | 第21页 |
| 1.3.2 miRNA表达与疾病的发展关联 | 第21-22页 |
| 1.3.3 miRNA靶基因预测方法进展 | 第22-24页 |
| 1.4 基因功能注释分析 | 第24-25页 |
| 1.4.1 KEGG pathway分析 | 第24-25页 |
| 1.4.2 Gene ontology分析 | 第25页 |
| 1.5 MIRNA表达谱分析方法总结 | 第25-26页 |
| 1.5.1 基于miRNAs表达浓度的分析方法 | 第25-26页 |
| 1.5.2 基于miRNAs排序的分析方法 | 第26页 |
| 1.5.3 基于miRNAs协同调控网络的分析方法 | 第26页 |
| 1.6 本文的研究思路及结构安排 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-31页 |
| 第二章 miRNA表达谱的系统分析方法 | 第31-53页 |
| 2.1 引言 | 第31-32页 |
| 2.2 方法 | 第32-35页 |
| 2.2.1 结直肠癌miRNA表达谱数据的预处理 | 第32-33页 |
| 2.2.2 基于miRNA-mRNA调控系数的抑制分数计算模型 | 第33-34页 |
| 2.2.3 差异表达分析方法 | 第34页 |
| 2.2.4 细胞周期检测 | 第34-35页 |
| 2.3 数据 | 第35-37页 |
| 2.3.1 结直肠癌miRNA表达谱数据 | 第35页 |
| 2.3.2 miRNA靶基因调控数据 | 第35-37页 |
| 2.4 结果 | 第37-48页 |
| 2.4.1 分析流程概述 | 第37-38页 |
| 2.4.2 KEGG信号通路分析及关键miRNAs筛选 | 第38-45页 |
| 2.4.3 miR-21相关生物实验验证 | 第45-48页 |
| 2.5 讨论 | 第48-49页 |
| 2.6 本章小结 | 第49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 第三章 基于mRNA实验数据的miRNA表达谱深度分析方法 | 第53-93页 |
| 3.1 引言 | 第53-54页 |
| 3.2 方法 | 第54-59页 |
| 3.2.1 miRNA和mRNA表达谱数据预处理 | 第54页 |
| 3.2.2 靶基因数据筛选 | 第54页 |
| 3.2.3 差异表达分析 | 第54-55页 |
| 3.2.4 整合miRNA、mRNA表达谱数据计算抑制分数模型 | 第55-57页 |
| 3.2.5 最短路径表的构建 | 第57-58页 |
| 3.2.6 量化miRNA对细胞命运基因的影响 | 第58-59页 |
| 3.3 数据 | 第59-62页 |
| 3.3.1 肿瘤miRNA和mRNA表达谱数据 | 第59-61页 |
| 3.3.2 miRNA靶基因调控数据 | 第61-62页 |
| 3.3.3 mRNAs互作用调控数据 | 第62页 |
| 3.4 结直肠癌MIRNA、MRNA表达谱数据综合分析 | 第62-72页 |
| 3.4.1 分析流程概述 | 第62-63页 |
| 3.4.2 miRNA-mRNA抑制分数计算及差异分析 | 第63-64页 |
| 3.4.3 KEGG信号通路分析 | 第64-65页 |
| 3.4.4 GO分析 | 第65-67页 |
| 3.4.5 基于细胞命运相关基因的调控网络构建 | 第67-70页 |
| 3.4.6 miRNA影响指数(ImpactIndex)分析 | 第70-72页 |
| 3.5 MIRNAS对生物系统平衡的影响分析 | 第72-85页 |
| 3.5.1 分析流程 | 第72-73页 |
| 3.5.2 细胞命运相关基因的整理总结 | 第73-78页 |
| 3.5.3 基于细胞命运基因为中心的最短路径网络的构建 | 第78-80页 |
| 3.5.4 细胞命运相关基因的功能注释验证 | 第80-83页 |
| 3.5.5 差异变化的miRNAs对生物系统平衡影响分析 | 第83-85页 |
| 3.6 讨论 | 第85-87页 |
| 3.7 本章小结 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-93页 |
| 第四章 基于mRNA局域网络的miRNA精确筛选方法 | 第93-113页 |
| 4.1 引言 | 第93页 |
| 4.2 方法 | 第93-95页 |
| 4.2.1 miRNAs/mRNAs干性基因相关调节网络的构建 | 第93-94页 |
| 4.2.2 广义逻辑动态信号仿真模型 | 第94-95页 |
| 4.3 数据 | 第95-96页 |
| 4.3.1 结直肠癌肿瘤干细胞miRNA表达谱数据 | 第95页 |
| 4.3.2 miRNA-mRNA靶基因数据 | 第95-96页 |
| 4.3.3 mRNAs互作用调控网络 | 第96页 |
| 4.4 结果 | 第96-106页 |
| 4.4.0 分析流程概述 | 第96-97页 |
| 4.4.1 Real-timePCR验证差异显著的miRNAs | 第97-98页 |
| 4.4.2 KEGG信号通路分析 | 第98-100页 |
| 4.4.3 基于肿瘤干性基因的miRNAs/mRNAs调控网络构建 | 第100-102页 |
| 4.4.4 计算差异变化的miRNAs对肿瘤干性基因的影响 | 第102-103页 |
| 4.4.5 miRNAs/mRNAs调控网络动态模拟 | 第103-106页 |
| 4.4.6 生物验证性实验 | 第106页 |
| 4.5 讨论 | 第106-108页 |
| 4.6 本章小结 | 第108页 |
| 参考文献 | 第108-113页 |
| 第五章 全文总结及展望 | 第113-119页 |
| 5.1 研究总结 | 第113-116页 |
| 5.2 本文的创新与不足 | 第116-117页 |
| 5.2.1 本文的创新 | 第116页 |
| 5.2.2 本文的不足 | 第116-117页 |
| 5.3 展望 | 第117-119页 |
| 附录 | 第119-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
| 成果介绍 | 第127-128页 |
