| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 主要英文缩写 | 第10-12页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-22页 |
| 1.1 高等植物线粒体基因组 | 第12-16页 |
| 1.1.1 线粒体简介 | 第12-13页 |
| 1.1.2 高等植物线粒体基因组的一般特征 | 第13-14页 |
| 1.1.3 高等植物线粒体包含的基因 | 第14-15页 |
| 1.1.4 高等植物线粒体基因的转录加工 | 第15-16页 |
| 1.2 RNA编辑 | 第16-18页 |
| 1.2.1 线粒体RNA编辑的研究现状 | 第17页 |
| 1.2.2 RNA编辑的分子机制 | 第17-18页 |
| 1.2.3 RNA编辑的进化研究 | 第18页 |
| 1.2.4 RNA-Seq与RNA编辑 | 第18页 |
| 1.3 棉花线粒体基因组的研究进展 | 第18-21页 |
| 1.3.1 棉花线粒体基因组的测定 | 第19-20页 |
| 1.3.2 棉花线粒体基因的克隆及功能研究 | 第20-21页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第21-22页 |
| 第2章 棉花纤维及胚珠线粒体基因RNA-seq测序 | 第22-42页 |
| 2.1 引言 | 第22页 |
| 2.2 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.2.1 植物材料 | 第22-23页 |
| 2.3 实验主要仪器和设备 | 第23页 |
| 2.4 实验主要试剂 | 第23-24页 |
| 2.5 实验方法 | 第24-26页 |
| 2.5.1 纤维和胚珠线粒体基因RNA-seq测序 | 第24-25页 |
| 2.5.2 转录丰度差异的显著性检测 | 第25页 |
| 2.5.3 转录丰度计算 | 第25-26页 |
| 2.6 结果与分析 | 第26-42页 |
| 2.6.1 样品检测报告 | 第26-27页 |
| 2.6.2 高通量测序数据统计 | 第27-30页 |
| 2.6.3 棉花线粒体基因转录丰度分析及其差异表达分析 | 第30-33页 |
| 2.6.4 WT与fl的DOC分析 | 第33-36页 |
| 2.6.5 RNA-seq测定编辑位点 | 第36-39页 |
| 2.6.6 内含子区与间隔区差异编辑位点分析 | 第39-42页 |
| 第3章 棉花线粒体蛋白编码基因RNA编辑位点确定 | 第42-62页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 实验材料 | 第42页 |
| 3.3 实验的主要仪器和设备 | 第42页 |
| 3.4 实验主要试剂 | 第42-44页 |
| 3.5 实验方法 | 第44-53页 |
| 3.5.1 引物设计 | 第44-46页 |
| 3.5.2 棉花总DNA的提取 | 第46页 |
| 3.5.3 棉花总RNA的提取 | 第46-48页 |
| 3.5.4 RT-PCR及DNA污染检测 | 第48-49页 |
| 3.5.5 线粒体蛋白编码基因PCR扩增 | 第49-50页 |
| 3.5.6 胶回收目的基因 | 第50页 |
| 3.5.7 目的片段与pEASYTM-Blunt Zero载体的连接与转化 | 第50-52页 |
| 3.5.8 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第52-53页 |
| 3.5.9 编辑位点的确定 | 第53页 |
| 3.5.10 测序 | 第53页 |
| 3.5.11 兼并引物设计 | 第53页 |
| 3.6 结果与分析 | 第53-62页 |
| 3.6.1 棉花线粒体蛋白编码基因克隆测序 | 第53-57页 |
| 3.6.2 克隆测序法确定蛋白编码基因的编辑位点 | 第57-59页 |
| 3.6.3 纤维和胚珠线粒体蛋白编码基因的编辑位点比较 | 第59-61页 |
| 3.6.4 编辑生成新的起始及终止密码子 | 第61-62页 |
| 第4章 棉花线粒体基因RNA编辑位点的特性分析 | 第62-69页 |
| 4.1 引言 | 第62页 |
| 4.2 结果与分析 | 第62-69页 |
| 4.2.1 棉花线粒体RNA编辑位点在各类基因中的分布 | 第62-63页 |
| 4.2.2 RNA编辑改变氨基酸类型 | 第63-64页 |
| 4.2.3 线粒体RNA编辑密码子位置偏好性 | 第64-65页 |
| 4.2.4 植物线粒体RNA编辑进化趋势分析 | 第65-69页 |
| 第5章 讨论 | 第69-74页 |
| 5.1 植物线粒体转录组高通量测序与传统克隆测序比较 | 第69-70页 |
| 5.2 棉花胚珠与纤维线粒体RNA编辑位点的比较 | 第70-71页 |
| 5.3 线粒体RNA编辑的特点及进化分析 | 第71-72页 |
| 5.4 棉花叶绿体编辑位点与棉花线粒体编辑位点的比较 | 第72-74页 |
| 结论 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-86页 |
| 附录 | 第86-126页 |
| 致谢 | 第126-128页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第128页 |
