| 致谢 | 第4-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-36页 |
| 1 烟草根结线虫危害及防控现状 | 第10-11页 |
| 1.1 烟草根结线虫的危害 | 第10页 |
| 1.2 烟草根结线虫的寄生过程和种群分布 | 第10-11页 |
| 1.3 烟草根结线虫防控现状 | 第11页 |
| 2 植物抗病调控机制研究进展 | 第11-30页 |
| 2.1 植物和病原物之间的关系 | 第11-13页 |
| 2.2 植物物理抗性研究进展 | 第13页 |
| 2.3 植物生理抗性研究进展 | 第13-21页 |
| 2.4 植物抗性基因研究进展 | 第21-24页 |
| 2.5 植物信号物质研究进展 | 第24-28页 |
| 2.6 植物转录因子研究进展 | 第28-30页 |
| 3 转录组在植物上的研究进展 | 第30-34页 |
| 3.1 转录组概论 | 第30-31页 |
| 3.2 转录组测序技术平台 | 第31-32页 |
| 3.3 转录组生物信息学分析 | 第32-33页 |
| 3.4 转录组在植物胁迫研究中的应用 | 第33-34页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第34-36页 |
| 第二章 两个烟草品种对南方根结线虫抗性鉴定 | 第36-43页 |
| 1 材料与方法 | 第36-37页 |
| 1.1 南方根结线虫的繁育 | 第36页 |
| 1.2 材料培养 | 第36-37页 |
| 1.3 测定指标和方法 | 第37页 |
| 1.4 数据处理和统计分析 | 第37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-41页 |
| 2.1 不同烟草品种对南方根结线虫侵染的抗性鉴定 | 第37-38页 |
| 2.2 南方根结线虫侵染对不同烟草品种生物量的影响 | 第38-39页 |
| 2.3 南方根结线虫侵染对不同烟草品种根系的影响 | 第39-41页 |
| 3 结论与讨论 | 第41-43页 |
| 第三章 南方根结线虫侵染前后不同抗性烟草品种的转录组学分析 | 第43-79页 |
| 1 材料与方法 | 第43-49页 |
| 1.1 南方根结线虫繁育 | 第43页 |
| 1.2 试验材料培养 | 第43-44页 |
| 1.3 RNA提取和文库构建 | 第44-45页 |
| 1.4 RNA-seq数据的生物信息学分析 | 第45-46页 |
| 1.4.1 测序数据质量评估 | 第45页 |
| 1.4.2 参考序列比对分析 | 第45-46页 |
| 1.4.3 差异表达基因筛选 | 第46页 |
| 1.4.4 差异基因富集分析 | 第46页 |
| 1.4.5 差异基因转录因子分析 | 第46页 |
| 1.5 荧光定量PCR(Quantitativereal-timePCR,qRT-PCR)验证 | 第46-49页 |
| 2 结果与分析 | 第49-75页 |
| 2.1 不同测序样品间形态差异 | 第49-50页 |
| 2.2 TotalRNA样品质量检测 | 第50-51页 |
| 2.3 RNA-seq文库数据质量评估 | 第51-55页 |
| 2.3.1 测序错误率分布检查 | 第51-52页 |
| 2.3.2 A/T/G/C含量分布检查 | 第52-53页 |
| 2.3.3 测序数据过滤 | 第53-55页 |
| 2.4 参考序列比对分析 | 第55-58页 |
| 2.5 基因表达水平分析 | 第58-59页 |
| 2.6 不同品种中差异表达基因分析 | 第59-64页 |
| 2.6.1 不同品种中差异表达基因数量统计 | 第59-62页 |
| 2.6.2 不同品种中差异表达基因聚类分析 | 第62-64页 |
| 2.7 qRT-PCR验证 | 第64-65页 |
| 2.8 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的差异代谢途径分析 | 第65-75页 |
| 2.8.1 共同表达基因的功能分析 | 第65-69页 |
| 2.8.2 参与细胞壁修饰的线虫侵染响应基因 | 第69-70页 |
| 2.8.3 参与内源激素调控的线虫侵染响应基因 | 第70页 |
| 2.8.4 参与蛋白激酶和转录调控的线虫侵染响应基因 | 第70-73页 |
| 2.8.5 参与抗氧化反应的线虫侵染响应基因 | 第73-74页 |
| 2.8.6 参与苯丙烷类合成代谢的线虫侵染响应基因 | 第74-75页 |
| 3 结论与讨论 | 第75-79页 |
| 第四章 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的生理差异分析 | 第79-96页 |
| 1 材料与方法 | 第79-80页 |
| 1.1 线虫繁育 | 第79页 |
| 1.2 材料培养 | 第79页 |
| 1.3 测定指标及方法 | 第79-80页 |
| 1.4 数据处理 | 第80页 |
| 2 结果与分析 | 第80-91页 |
| 2.1 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的活性氧代谢差异分析 | 第80-84页 |
| 2.2 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的苯丙烷类代谢差异分析 | 第84-86页 |
| 2.3 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的谷胱甘肽代谢差异分析 | 第86-88页 |
| 2.4 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的内源激素差异分析 | 第88-91页 |
| 3 结论与讨论 | 第91-96页 |
| 3.1 南方根结线虫侵染对烟草活性氧代谢的影响 | 第91页 |
| 3.2 南方根结线虫侵染对烟草苯丙烷类代谢的影响 | 第91-92页 |
| 3.3 南方根结线虫侵染对烟草谷胱甘肽代谢的影响 | 第92-93页 |
| 3.4 南方根结线虫侵染对烟草内源激素代谢的影响 | 第93-94页 |
| 3.5 结论 | 第94-96页 |
| 第五章 创新点和展望 | 第96-97页 |
| 1 创新点 | 第96页 |
| 2 展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-125页 |
| 英文摘要 | 第125-127页 |
