| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-33页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13页 |
| 1.2 文献综述 | 第13-32页 |
| 1.2.1 表观遗传学的概念 | 第13-14页 |
| 1.2.2 表观修饰 | 第14-25页 |
| 1.2.2.1 DNA甲基化 | 第15-21页 |
| 1.2.2.2 组蛋白甲基化修饰 | 第21-25页 |
| 1.2.3 染色质变构因子 | 第25-27页 |
| 1.2.4 表观调控 | 第27-29页 |
| 1.2.5 跨代表观遗传 | 第29-32页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第32-33页 |
| 2 材料与方法 | 第33-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第33-34页 |
| 2.1.1 水稻材料 | 第33页 |
| 2.1.2 菌株 | 第33页 |
| 2.1.3 质粒 | 第33页 |
| 2.1.4 抗体 | 第33-34页 |
| 2.1.5 基因序列信息获取和分析 | 第34页 |
| 2.2 实验方法 | 第34-39页 |
| 2.2.1 载体构建 | 第34页 |
| 2.2.2 农杆菌介导的水稻遗传转化 | 第34页 |
| 2.2.3 水稻叶片DNA抽提 | 第34页 |
| 2.2.4 RNA抽提 | 第34-35页 |
| 2.2.5 原核蛋白表达、纯化 | 第35页 |
| 2.2.6 花粉碘-碘化钾染色 | 第35页 |
| 2.2.7 组蛋白抽提 | 第35页 |
| 2.2.8 Hispull down | 第35-36页 |
| 2.2.9 Western杂交 | 第36页 |
| 2.2.10 realtime-qPCR | 第36页 |
| 2.2.11 GUS染色 | 第36-37页 |
| 2.2.12 液相色谱和质谱联用检测DNA甲基化 | 第37页 |
| 2.2.13 重亚硫酸盐测序(BS-seq)及数据分析 | 第37页 |
| 2.2.14 DMC、DMR、DMG的鉴定 | 第37页 |
| 2.2.15 小RNA测序(sRNA-seq)数据分析 | 第37-38页 |
| 2.2.16 转录组测序(RNA-seq)数据分析 | 第38页 |
| 2.2.17 LC-MS测量野生型和突变体基因组总体DNA甲基化水平 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-87页 |
| 3.1 OsDDM1维持基因组DNA甲基化的功能分析 | 第39-82页 |
| 3.1.1 OsDDM1a和OsDDM1b两个基因非常同源,存在功能冗余 | 第39-43页 |
| 3.1.2 osddm1a、osddm1b突变体的鉴定及双突变体的构建 | 第43-45页 |
| 3.1.3 osddm1a/1b双突变体存在严重的生长发育缺陷 | 第45-48页 |
| 3.1.4 osddm1a/1b双突变体基因组DNA甲基化降低 | 第48-51页 |
| 3.1.5 BS-seq分析osddm1a、osddm1a和双突变体DNA甲基化 | 第51-58页 |
| 3.1.6 OsDDM1维持非转座子基因的CG、CHG、CHH甲基化 | 第58页 |
| 3.1.7 OsDDM1维持TE-related genes和TEs的CG、CHG甲基化,抑制长的TEs的CHH甲基化 | 第58-64页 |
| 3.1.8 OsDDM1突变体差异甲基化分析 | 第64-67页 |
| 3.1.9 OsDDM1突变对基因表达的影响 | 第67-71页 |
| 3.1.10 OsDDM1突变对sRNA表达的影响 | 第71-76页 |
| 3.1.11 osddm1a/1b突变体中增加的CHH甲基化是通过DRM2介导的 | 第76-82页 |
| 3.2 OsDDM1和CHR729共同调控苗期芽的产生 | 第82-85页 |
| 3.3 表观重组自交系的构建 | 第85-87页 |
| 4 讨论 | 第87-94页 |
| 4.1 水稻染色体上CHH甲基化和CG、CHG甲基化的分布不一致 | 第87-89页 |
| 4.2 水稻OsDDM1在CHH甲基化维持途径上扮演的角色 | 第89-90页 |
| 4.3 水稻osddm1a/1b突变体CHH甲基化和sRNA变化呈正相关 | 第90-91页 |
| 4.4 水稻osddm1a/1b突变体着丝粒CHH甲基化的增加对突变体着丝粒功能的影响 | 第91-92页 |
| 4.5 DNA混和池BS-seq克隆表观等位基因 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-107页 |
| 附录 | 第107-116页 |
| 附录 Ⅰ 本研究中用到的引物信息 | 第107-112页 |
| 附录 Ⅱ 部分实验操作步骤介绍 | 第112-116页 |
| protocol Ⅰ 农杆菌介导的水稻遗传转化 | 第112-114页 |
| protocol Ⅱ 高质量叶片基因组DNA抽提 | 第114页 |
| protocol Ⅲ 亚硫酸盐测序(Bisulfite-sequencing) | 第114-115页 |
| Protocol Ⅳ McrBC-PCR | 第115页 |
| Protocol IIV LC-MS测量基因组总体DNA甲基化 | 第115-116页 |
| 作者简介 | 第116页 |
| 已发表的论文 | 第116页 |
| 会议摘要 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
