| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 课题背景及研究意义 | 第10-12页 |
| 1.1.1 氮沉降概念 | 第10页 |
| 1.1.2 氮沉降形成原因 | 第10-11页 |
| 1.1.3 利用微生物基因测序技术开展对土壤微生物的研究 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外发展现状 | 第12-13页 |
| 1.2.1 土壤微生物群落对施氮的响应 | 第12页 |
| 1.2.2 土壤-植物-微生物三者相互作用机制 | 第12-13页 |
| 1.3 目前存在的问题及主要研究内容 | 第13-14页 |
| 1.4 章节安排 | 第14-16页 |
| 第2章 样地自然状况、实验设计和研究方法 | 第16-26页 |
| 2.1 样地自然状况 | 第16页 |
| 2.2 气候及地貌 | 第16-17页 |
| 2.3 土壤及资源 | 第17页 |
| 2.4 氮沉降实验设计及研究方法 | 第17-20页 |
| 2.4.1 生物实验设计及土壤样本设计 | 第18-19页 |
| 2.4.2 土壤样本提取 | 第19-20页 |
| 2.5 测序 | 第20-24页 |
| 2.5.1 微生物组总DNA提取及PCR扩增 | 第20-22页 |
| 2.5.2 测序文库的制备及高通量测序 | 第22-24页 |
| 2.6 本章小结 | 第24-26页 |
| 第3章 氮沉降下根系土壤微生物结构多样性分析 | 第26-50页 |
| 3.1 前言 | 第26页 |
| 3.2 原始数据的分类及精简 | 第26-29页 |
| 3.2.1 对原始数据进行分类 | 第27-28页 |
| 3.2.2 对分类结果进行精简优化 | 第28-29页 |
| 3.3 分类效果统计 | 第29-37页 |
| 3.3.1 α多样性验证 | 第30-36页 |
| 3.3.2 β多样性验证 | 第36-37页 |
| 3.4 提取关键物种及分析 | 第37-49页 |
| 3.4.1 OTU分析 | 第37-41页 |
| 3.4.2 提取关键物种及分析 | 第41-48页 |
| 3.4.3 最佳施氮区间的选择 | 第48-49页 |
| 3.5 结论 | 第49-50页 |
| 第4章 基于优化K-MER频率的宏基因组聚类方法 | 第50-64页 |
| 4.1 传统微生物基因测序分类方法 | 第50-51页 |
| 4.1.1 测序原理不同 | 第50页 |
| 4.1.2 研究侧重点不同 | 第50-51页 |
| 4.1.3 物种鉴定深度不同 | 第51页 |
| 4.1.4 传统的宏基因组分类算法 | 第51页 |
| 4.2 基于优化K-MER频率的宏基因组聚类方法 | 第51-56页 |
| 4.2.1 方法介绍 | 第53页 |
| 4.2.2 K-MER频率提取 | 第53-54页 |
| 4.2.3 利用NMF算法进行特征优化 | 第54-55页 |
| 4.2.4 聚类 | 第55-56页 |
| 4.3 实验结果 | 第56-62页 |
| 4.3.1 实验数据 | 第56-58页 |
| 4.3.2 评价指标 | 第58-59页 |
| 4.3.3 实验结果 | 第59-62页 |
| 4.4 本章小结 | 第62-64页 |
| 第5章 全文总结与展望 | 第64-66页 |
| 5.1 论文总结与创新点 | 第64-65页 |
| 5.2 后期展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-74页 |
| 作者简介及科研成果 | 第74-76页 |
| 致谢 | 第76页 |