| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-18页 |
| 1.1 实验预测必要基因的现状 | 第11-14页 |
| 1.2 计算预测必要基因的现状 | 第14-16页 |
| 1.3 必要基因相关研究的现状 | 第16-17页 |
| 1.4 本论文的研究内容与意义 | 第17-18页 |
| 第二章 必要基因预测的训练集选择 | 第18-31页 |
| 2.1 材料与方法 | 第18-20页 |
| 2.1.1 必要基因和基因序列 | 第18页 |
| 2.1.2 特征收集 | 第18-20页 |
| 2.1.3 基于 BLAST 搜索的同源基因的准则 | 第20页 |
| 2.2 结果与分析 | 第20-29页 |
| 2.2.1 不同训练集对预测精度的影响 | 第20-22页 |
| 2.2.2 训练集的质量 | 第22页 |
| 2.2.3 生长条件的不同 | 第22-23页 |
| 2.2.4 物种间的进化距离 | 第23页 |
| 2.2.5 表型与生活方式的不同 | 第23-25页 |
| 2.2.6 不完备的训练集 | 第25页 |
| 2.2.7 整合的训练集 | 第25-28页 |
| 2.2.8 按规则筛选训练集 | 第28-29页 |
| 2.3 讨论与结论 | 第29-31页 |
| 第三章 一种新的预测必要基因的计算模型 | 第31-42页 |
| 3.1 材料与方法 | 第31-32页 |
| 3.1.1 特征得分向量 Sij的计算 | 第31页 |
| 3.1.2 其他分类器 | 第31-32页 |
| 3.2 结果与分析 | 第32-40页 |
| 3.2.1 基因特征和基因必要性的关系 | 第32-34页 |
| 3.2.2 FWM 构建 | 第34-36页 |
| 3.2.3 FWM 准确率、稳定性和适应性 | 第36-37页 |
| 3.2.4 FWM 与 LRM, NBM, SVM 三类预测模型的比较 | 第37-39页 |
| 3.2.5 FWM 的最优化过程 | 第39-40页 |
| 3.3 讨论与结论 | 第40-42页 |
| 第四章 鉴定与分析人类必要基因组 | 第42-53页 |
| 4.1 材料与方法 | 第42-45页 |
| 4.1.1 必要基因与基因序列 | 第42页 |
| 4.1.2 千人基因组第一阶段数据 | 第42页 |
| 4.1.3 特征收集 | 第42-43页 |
| 4.1.4 疾病基因、肿瘤必要基因、药物靶点 | 第43页 |
| 4.1.5 其他分析与显著性检验 | 第43-44页 |
| 4.1.6 本研究流程图 | 第44-45页 |
| 4.2 结果与分析 | 第45-51页 |
| 4.2.1 构建预测模型 | 第45-46页 |
| 4.2.2 模型评价 | 第46-47页 |
| 4.2.3 人类必要基因组的 GO 分析 | 第47-49页 |
| 4.2.4 与疾病基因的比较 | 第49-50页 |
| 4.2.5 与肿瘤和致病菌的必要基因进行比较 | 第50-51页 |
| 4.3 讨论与结论 | 第51-53页 |
| 第五章 总结和展望 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-61页 |
| 附图 | 第61-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 作者简介 | 第66页 |