| 摘要 | 第2-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 符号说明 | 第9-11页 |
| 综述 全基因组测序技术在结核分枝杆菌研究中的应用 | 第11-28页 |
| 1 全基因组测序技术进展概况 | 第12-13页 |
| 2 耐药性研究 | 第13-14页 |
| 3 比较基因组学方面的应用 | 第14-15页 |
| 4 在流行学方面的应用 | 第15-17页 |
| 5 确定结核分枝杆菌分离株亚群分类 | 第17-18页 |
| 6 分类学方面的应用 | 第18-19页 |
| 7 在临床上的应用 | 第19-20页 |
| 8 结核病数据库平台建设 | 第20-22页 |
| 9 挑战和展望 | 第22-23页 |
| 参考文献 | 第23-28页 |
| 第一章 扬州市结核病流行病学研究 | 第28-42页 |
| 1 材料和方法 | 第29-33页 |
| 1.1 材料 | 第29-31页 |
| 1.2 方法 | 第31-33页 |
| 2 结果 | 第33-39页 |
| 2.1 菌株鉴定结果 | 第33页 |
| 2.2 药敏试验结果 | 第33-35页 |
| 2.3 临床流行病学调查 | 第35-36页 |
| 2.4 结核分枝杆菌总体流行趋势 | 第36-39页 |
| 3 讨论 | 第39-41页 |
| 参考文献 | 第41-42页 |
| 第二章 扬州市结核分枝杆菌MLVA研究 | 第42-58页 |
| 1 材料和方法 | 第42-46页 |
| 1.1 材料 | 第42-45页 |
| 1.2 方法 | 第45-46页 |
| 2 结果 | 第46-53页 |
| 2.1 电泳结果 | 第46-49页 |
| 2.2 聚类分析结果 | 第49-53页 |
| 3 讨论 | 第53-56页 |
| 参考文献 | 第56-58页 |
| 第三章 扬州市结核分枝杆菌分离株全基因组测序初步分析 | 第58-70页 |
| 1 材料和方法 | 第59-61页 |
| 1.1 材料 | 第59页 |
| 1.2 方法 | 第59-61页 |
| 2 结果 | 第61-68页 |
| 2.1 有效数据的碱基含量和质量分布 | 第61页 |
| 2.2 Reads质控结果 | 第61-62页 |
| 2.3 SNVs的结果 | 第62-63页 |
| 2.4 耐药基因预测和谱系分析 | 第63-66页 |
| 2.5 核心基因组进化分析 | 第66-67页 |
| 2.6 基于全基因组序列对结核分枝杆菌分离株Spoligotying分析 | 第67-68页 |
| 3 讨论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-70页 |
| 附录 | 第70-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |