| 摘要 | 第2-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 符号及缩写说明 | 第11-13页 |
| 综述:高通量测序技术的发展与应用 | 第13-25页 |
| 1 测序技术的发展 | 第13-17页 |
| 1.1 第一代测序技术的原理与发展 | 第13页 |
| 1.2 第二代测序技术的原理和发展 | 第13-15页 |
| 1.3 第三代测序技术的原理与发展 | 第15-17页 |
| 2 全基因组关联研究的发展 | 第17-19页 |
| 2.1 全基因组关联研究的发展现状 | 第18-19页 |
| 2.2 基于全基因组关联研究的基因分型平台 | 第19页 |
| 2.3 全基因组关联研究过程与方法 | 第19页 |
| 3 肠炎沙门菌的生物学性质和耐药性研究 | 第19-21页 |
| 4 研究目的与意义 | 第21页 |
| 参考文献 | 第21-25页 |
| 第一章 肠炎沙门菌的生物辨识 | 第25-36页 |
| 1 研究背景 | 第25页 |
| 2 材料、试剂与仪器 | 第25-26页 |
| 2.1 菌种 | 第25-26页 |
| 2.2 主要试剂 | 第26页 |
| 2.3 主要仪器 | 第26页 |
| 2.4 公开数据 | 第26页 |
| 3 方法 | 第26-31页 |
| 3.1 肠炎沙门氏菌的血清型鉴定 | 第26页 |
| 3.2 肠炎沙门氏菌的全基因组提取 | 第26-27页 |
| 3.3 基于拼接方法的生物辨识流程 | 第27页 |
| 3.4 高通量测序原始数据的处理 | 第27-29页 |
| 3.5 对高质量数据的拼接 | 第29页 |
| 3.6 拼接序列文件的质量评估 | 第29页 |
| 3.7 基于拼接方法的生物辨识pipline | 第29-31页 |
| 4 结果分析 | 第31-32页 |
| 5 讨论 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-36页 |
| 第二章 肠炎沙门菌的耐药基因与耐药性研究 | 第36-62页 |
| 1 研究背景 | 第36页 |
| 2 方法 | 第36-37页 |
| 3 结果分析 | 第37-59页 |
| 3.1 190株微生物MIC耐药表型总体分析 | 第37-39页 |
| 3.2 不同宿主来源的肠炎沙门菌耐药性分析 | 第39-43页 |
| 3.3 耐药基因检测分析 | 第43-44页 |
| 3.4 耐药基因型与耐药表型对应性分析 | 第44-49页 |
| 3.5 可移动原件及其携带耐药基因检测分析 | 第49-51页 |
| 3.6 耐药基因的点突变分析 | 第51-54页 |
| 3.7 耐药表型与全基因组序列聚类分析 | 第54-59页 |
| 4 讨论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-62页 |
| 第三章 肠炎沙门菌的进化与耐药性研究 | 第62-78页 |
| 1 研究背景 | 第62页 |
| 2 方法 | 第62-63页 |
| 3 结果分析 | 第63-74页 |
| 3.1 190株肠炎沙门菌进化树构建与整体背景关联分析 | 第63-66页 |
| 3.2 进化关系与耐药表型的对应分析 | 第66-68页 |
| 3.3 进化关系与耐药基因的对应分析 | 第68-70页 |
| 3.4 进化关系与可移动元件的对应分析 | 第70-72页 |
| 3.5 世界范围内肠炎沙门菌进化谱系分析 | 第72-74页 |
| 4 讨论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |