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基于全基因组重测序的肠炎沙门菌耐药性研究

摘要第2-5页
ABSTRACT第5-8页
符号及缩写说明第11-13页
综述:高通量测序技术的发展与应用第13-25页
    1 测序技术的发展第13-17页
        1.1 第一代测序技术的原理与发展第13页
        1.2 第二代测序技术的原理和发展第13-15页
        1.3 第三代测序技术的原理与发展第15-17页
    2 全基因组关联研究的发展第17-19页
        2.1 全基因组关联研究的发展现状第18-19页
        2.2 基于全基因组关联研究的基因分型平台第19页
        2.3 全基因组关联研究过程与方法第19页
    3 肠炎沙门菌的生物学性质和耐药性研究第19-21页
    4 研究目的与意义第21页
    参考文献第21-25页
第一章 肠炎沙门菌的生物辨识第25-36页
    1 研究背景第25页
    2 材料、试剂与仪器第25-26页
        2.1 菌种第25-26页
        2.2 主要试剂第26页
        2.3 主要仪器第26页
        2.4 公开数据第26页
    3 方法第26-31页
        3.1 肠炎沙门氏菌的血清型鉴定第26页
        3.2 肠炎沙门氏菌的全基因组提取第26-27页
        3.3 基于拼接方法的生物辨识流程第27页
        3.4 高通量测序原始数据的处理第27-29页
        3.5 对高质量数据的拼接第29页
        3.6 拼接序列文件的质量评估第29页
        3.7 基于拼接方法的生物辨识pipline第29-31页
    4 结果分析第31-32页
    5 讨论第32-33页
    参考文献第33-36页
第二章 肠炎沙门菌的耐药基因与耐药性研究第36-62页
    1 研究背景第36页
    2 方法第36-37页
    3 结果分析第37-59页
        3.1 190株微生物MIC耐药表型总体分析第37-39页
        3.2 不同宿主来源的肠炎沙门菌耐药性分析第39-43页
        3.3 耐药基因检测分析第43-44页
        3.4 耐药基因型与耐药表型对应性分析第44-49页
        3.5 可移动原件及其携带耐药基因检测分析第49-51页
        3.6 耐药基因的点突变分析第51-54页
        3.7 耐药表型与全基因组序列聚类分析第54-59页
    4 讨论第59-60页
    参考文献第60-62页
第三章 肠炎沙门菌的进化与耐药性研究第62-78页
    1 研究背景第62页
    2 方法第62-63页
    3 结果分析第63-74页
        3.1 190株肠炎沙门菌进化树构建与整体背景关联分析第63-66页
        3.2 进化关系与耐药表型的对应分析第66-68页
        3.3 进化关系与耐药基因的对应分析第68-70页
        3.4 进化关系与可移动元件的对应分析第70-72页
        3.5 世界范围内肠炎沙门菌进化谱系分析第72-74页
    4 讨论第74-75页
    参考文献第75-78页
致谢第78-79页

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