| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| 1.1 根瘤菌选择性结瘤的研究意义 | 第13页 |
| 1.2 根瘤菌选择性结瘤的决定影响因素研究进展 | 第13-20页 |
| 1.2.1 类黄酮与NodD的特异性识别 | 第14-15页 |
| 1.2.2 结瘤信号的特异感知 | 第15-16页 |
| 1.2.3 根瘤菌表面多糖 | 第16-17页 |
| 1.2.4 根瘤菌的分泌系统 | 第17-19页 |
| 1.2.5 其他影响因素 | 第19-20页 |
| 1.3 根瘤菌结瘤诱导物质的研究 | 第20-21页 |
| 1.4 根瘤菌转录组学研究进展 | 第21-24页 |
| 1.4.1 根瘤菌类菌体基因表达的研究 | 第21-22页 |
| 1.4.2 根瘤菌共生所需基因的研究 | 第22页 |
| 1.4.3 根瘤菌共生信号作用的研究 | 第22-23页 |
| 1.4.4 根瘤菌抗逆性和其他响应机理的研究 | 第23-24页 |
| 1.4.5 根瘤菌进化遗传方面的研究 | 第24页 |
| 1.5 存在的问题 | 第24-25页 |
| 1.6 本文研究内容及目的 | 第25-26页 |
| 第二章 Bradyrhizobium diazoefficiens有效根系分泌物提取及评价 | 第26-36页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-30页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第26页 |
| 2.1.2 仪器与试剂 | 第26-27页 |
| 2.1.3 根瘤菌生长曲线的测定 | 第27页 |
| 2.1.4 大豆根系分泌物的收集 | 第27-28页 |
| 2.1.5 大豆根系分泌物有效性评价 | 第28-30页 |
| 2.2 结果与分析 | 第30-35页 |
| 2.2.1 根瘤菌生长曲线测定 | 第30页 |
| 2.2.2 大豆根系分泌物收集装置 | 第30-31页 |
| 2.2.3 not/基因的诱导 | 第31-35页 |
| 2.3 讨论 | 第35-36页 |
| 第三章 大豆根系分泌物诱导后两Bradyrhizobium diazoefficiens转录组测序及分析 | 第36-51页 |
| 3.1 试验材料 | 第36页 |
| 3.1.1 菌株和大豆 | 第36页 |
| 3.1.2 培养基 | 第36页 |
| 3.2 试验方法 | 第36-40页 |
| 3.2.1 大豆根系分泌物的收集 | 第36-37页 |
| 3.2.2 菌体的培养 | 第37页 |
| 3.2.3 根系分泌物对根瘤菌的诱导 | 第37页 |
| 3.2.4 总RNA的提取 | 第37-38页 |
| 3.2.5 RNA质量检测 | 第38页 |
| 3.2.6 转录组文库的构建和测序 | 第38页 |
| 3.2.7 原始测序数据质量优化 | 第38-39页 |
| 3.2.8 与测序基因组比对 | 第39页 |
| 3.2.9 基因组的注释与分析 | 第39-40页 |
| 3.2.10 转录组表达差异分析 | 第40页 |
| 3.3 结果与分析 | 第40-49页 |
| 3.3.1 样品RNA浓度和纯度检测 | 第40-41页 |
| 3.3.2 样品RNA完整性检测 | 第41页 |
| 3.3.3 数据的整理与统计 | 第41-42页 |
| 3.3.4 与基因组数据比对 | 第42-43页 |
| 3.3.5 Unigene功能注释及分析 | 第43页 |
| 3.3.6 COG功能注释 | 第43-44页 |
| 3.3.7 Unigene GO功能注释 | 第44-46页 |
| 3.3.8 KEGG功能注释 | 第46-47页 |
| 3.3.9 根系分泌物诱导下两菌株转录组的差异分析 | 第47-48页 |
| 3.3.10 差异基因表达模式聚类 | 第48-49页 |
| 3.4 讨论 | 第49-51页 |
| 第四章 Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤相关的差异表达基因分析 | 第51-69页 |
| 4.1 试验材料 | 第51页 |
| 4.1.1 菌株和大豆 | 第51页 |
| 4.1.2 主要仪器设备 | 第51页 |
| 4.2 试验方法 | 第51-53页 |
| 4.2.1 RNA的提取 | 第51页 |
| 4.2.2 RNA反转录为cDNA | 第51-52页 |
| 4.2.3 GO功能分析 | 第52页 |
| 4.2.4 GO功能富集分析 | 第52页 |
| 4.2.5 KEGG pathway富集分析 | 第52页 |
| 4.2.6 转录组实时荧光定量PCR验证 | 第52-53页 |
| 4.3 结果与分析 | 第53-67页 |
| 4.3.1 差异表达基因GO功能注释 | 第53-55页 |
| 4.3.2 差异表达基因GO功能富集分析 | 第55-57页 |
| 4.3.3 差异表达基因KEGG代谢途径注释 | 第57页 |
| 4.3.4 差异表达基因KEGG代谢途径富集分析 | 第57-59页 |
| 4.3.5 两根瘤菌基因表达差异分析 | 第59-66页 |
| 4.3.6 实时荧光定量PCR验证 | 第66-67页 |
| 4.4 讨论 | 第67-69页 |
| 第五章 全文结论 | 第69-72页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第69-70页 |
| 5.2 创新点 | 第70页 |
| 5.3 有待进一步研究的问题 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 博士后期间的文章与荣誉 | 第88-89页 |
| 博士后期间参与的课题 | 第89-90页 |
| 个人简历 | 第90页 |
