| Acknowledgements | 第6-7页 |
| TABLE OF CONTENTS | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9页 |
| 摘要 | 第11-12页 |
| 1 Introduction | 第12-13页 |
| 2 Literature review | 第13-22页 |
| 2．1 Germplasm resources | 第13-15页 |
| 2．2 What is a core collection? | 第15-19页 |
| 2．2．1 Methods for creating core collections | 第15-17页 |
| 2．2．1．1 Definition of the material domain | 第15页 |
| 2．2．1．2 Division of the domain into groups | 第15-16页 |
| 2．2．1．3 Allocation of entries to the core set | 第16页 |
| 2．2．1．4 Choice of accessions in the core | 第16-17页 |
| 2．2．2 Challenges facing core collections | 第17页 |
| 2．2．3 Promise | 第17-18页 |
| 2．2．4 Core collection sample size | 第18页 |
| 2．2．5 Core development strategies | 第18-19页 |
| 2．3 Recent advances and plant breeding applications of core collections | 第19-22页 |
| 2．3．1 The link between Core collections and genebank research | 第19页 |
| 2．3．2 Study of plant diversity | 第19-20页 |
| 2．3．3 Core concept with user's interest | 第20-21页 |
| 2．3．3．1 The 'core selector' approach | 第20-21页 |
| 2．3．3．2 The'bulk core collection'approach | 第21页 |
| 2．3．4 Synteny among plant genomes | 第21-22页 |
| 3 Materials and methods | 第22-28页 |
| 3．1 Rice sample preparation | 第22页 |
| 3．2 Spectroscopic analysis | 第22-23页 |
| 3．2．1 NIR Spectroscopy | 第22页 |
| 3．2．2 Development of sample calibration | 第22页 |
| 3．2．3 Data preprocessing | 第22-23页 |
| 3．2．4 Derivation of calibration equations | 第23页 |
| 3．2．5 NIRS rice sample trait analysis | 第23页 |
| 3．3 Statistical models | 第23-27页 |
| 3．3．1 Mahalanobis distance | 第24页 |
| 3．3．2 Cluster analysis | 第24-27页 |
| 3．3．2．1 Single linkage | 第25页 |
| 3．3．2．2 Complete linkage clustering | 第25页 |
| 3．3．2．3 Median linkage method | 第25页 |
| 3．3．2．4 Centroid Method | 第25-26页 |
| 3．3．2．5 Average Linkage (UPGMA) | 第26页 |
| 3．3．2．6 Ward's Minimum-Variance Method | 第26页 |
| 3．3．2．7 WPGMA-Weighted arithmetic average clustering | 第26页 |
| 3．3．2．8 Flexible-Beta Method | 第26-27页 |
| 3．4 Sampling strategies | 第27页 |
| 3．5 Evaluation of core collection | 第27-28页 |
| 4 Results | 第28-57页 |
| 4．1 Phenotypic values for 26 rice quality traits | 第28页 |
| 4．2 Predicted genotypic values for 26 rice quality traits | 第28-29页 |
| 4．3 Trend of core collection at increasing sample proportion | 第29-33页 |
| 4．4 Development of 24 core collections | 第33-52页 |
| 4．4．1 Core development procedure | 第33-38页 |
| 4．4．2 Dendrograms for 24-core collections based on hierarchical cluster methods and sampling strategies | 第38-52页 |
| 4．5 Comparison of core collections at different sampling proportion | 第52-57页 |
| 4．5．1 Comparison of core collection at 10%, 15% and 20% | 第52-54页 |
| 4．5．2 Analysis of the different cluster methods | 第54页 |
| 4．5．3 Comparison of core collection with initial collection for traits | 第54-57页 |
| 5 Discussion | 第57-60页 |
| 5．1 Gemplasm genetic resource | 第57页 |
| 5．2 Core collections approaches and sampling strategies | 第57-58页 |
| 5．3 Sample size and cluster methods | 第58-59页 |
| 5．4 NIRS quality trait analysis | 第59-60页 |
| 6 References | 第60-67页 |
| 7 Appendix | 第67-73页 |
