| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-23页 |
| 1 表观遗传学概述 | 第12-13页 |
| 2 DNA 甲基化概述 | 第13-18页 |
| 2.1 DNA 甲基化的建立和维持机制 | 第13-14页 |
| 2.2 动植物基因组甲基化模式 | 第14-16页 |
| 2.3 DNA 甲基化调控基因表达的机制 | 第16页 |
| 2.4 DNA 甲基化的生物学功能 | 第16-18页 |
| 3 全基因组 DNA 甲基化的研究方法 | 第18-21页 |
| 3.1 全因组亚硫酸氢盐测序法 | 第19-20页 |
| 3.2 DNA 甲基化 DNA 免疫共沉淀测序 | 第20页 |
| 3.3 限制性内酶切测序法 | 第20-21页 |
| 4 DNA 甲基化在海洋生物中的研究现状 | 第21-22页 |
| 5.本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 三种养殖扇贝基因组 DNA 甲基化的 MSAP 分析 | 第23-30页 |
| 0 引言 | 第23页 |
| 1 实验材料 | 第23-24页 |
| 2 实验方法 | 第24-25页 |
| 2.1 DNA 提取 | 第24页 |
| 2.2 MSAP 分析 | 第24-25页 |
| 3 结果与分析 | 第25-28页 |
| 3.1 扇贝种间 DNA 甲基化模式分析 | 第25-26页 |
| 3.2 扇贝种间 DNA 甲基化水平分析 | 第26-27页 |
| 3.3 “海大金贝”与普通虾夷扇贝 DNA 甲基化差异分析 | 第27-28页 |
| 4 讨论 | 第28-30页 |
| 4.1 MSAP 技术体系在扇贝中应用的可行性 | 第28-29页 |
| 4.2 “海大金贝”与普通虾夷扇贝甲基化水平和模式比较 | 第29-30页 |
| 第三章 高通量全基因组 DNA 甲基化检测技术(MethylRAD-Seq)的建立 | 第30-44页 |
| 0 引言 | 第30页 |
| 1 实验材料 | 第30-31页 |
| 2 实验方法 | 第31-36页 |
| 2.1 DNA 的提取 | 第31页 |
| 2.2 修饰依赖性内切酶消化基因组 DNA | 第31页 |
| 2.3 设计有粘性末端的接头，连接标签 | 第31-32页 |
| 2.4 一轮 PCR 扩增富集甲基化标签 | 第32页 |
| 2.5 二轮 PCR 扩增-引入 barcode 序列 | 第32页 |
| 2.6 Solexa 测序 | 第32-33页 |
| 2.7 数据分析 | 第33-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-41页 |
| 3.1 拟南芥基因组 DNA 的检测结果 | 第36页 |
| 3.2 甲基化文库构建流程 | 第36-37页 |
| 3.3 数据的预处理 | 第37-38页 |
| 3.4 MethylRAD-Seq 技术评价 | 第38-41页 |
| 4 讨论 | 第41-44页 |
| 4.1 MethylRAD-Seq 可行性分析 | 第41-42页 |
| 4.2 MethylRAD-Seq 技术优势 | 第42-44页 |
| 第四章 利用 MethylRAD-Seq 技术研究“海大金贝”类胡萝卜素积累机制 | 第44-55页 |
| 0 引言 | 第44页 |
| 1 实验材料 | 第44页 |
| 2 实验方法 | 第44-46页 |
| 2.1 虾夷扇贝 DNA 提取 | 第44-45页 |
| 2.2 MethylRAD-Seq 建库 | 第45页 |
| 2.3 测序数据处理 | 第45-46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-51页 |
| 3.1 扇贝基因组 DNA 的检测结果 | 第46页 |
| 3.2 数据的预处理 | 第46-47页 |
| 3.3 MethylRAD-Seq 技术重复性 | 第47-48页 |
| 3.4 有甲基化位点的基因 GO 分类注释 | 第48-49页 |
| 3.5 甲基化水平差异位点筛选和分析 | 第49-51页 |
| 3.6 甲基化水平差异基因的 KEGG 分析 | 第51页 |
| 4 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 MethylRAD-Seq 在贝类应用的可行性 | 第51-52页 |
| 4.2 虾夷扇贝基因组中主要的甲基化模式 | 第52-53页 |
| 4.3 与类胡萝卜素积累调控相关的表观遗传学机制 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 个人简历 | 第60页 |
| 发表的学术论文 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
