| ABSTRACT | 第2-5页 |
| 摘要 | 第6-16页 |
| LIST OF ABBREVIATION AND SYMBOLS | 第16-17页 |
| CHAPTER 1: LITERATURE REVIEW | 第17-51页 |
| 1.0 INTRODUCTION | 第17页 |
| 1.1 ESCHERICHIA COLI | 第17-22页 |
| 1.1.1 Biology and biochemistry | 第17-18页 |
| 1.1.2 Diversity of E. coli strains | 第18-19页 |
| 1.1.3 Genomics | 第19-20页 |
| 1.1.4 Pathogenic Escherichia coli strains | 第20-21页 |
| 1.1.5 Antibiotic therapy and resistance | 第21-22页 |
| 1.2 ANTIMICROBIAL RESISTANCE | 第22-28页 |
| 1.2.1 Definition | 第22-23页 |
| 1.2.2 Modes of antimicrobial action | 第23-24页 |
| 1.2.3 Types of resistance | 第24-26页 |
| 1.2.4 Mechanisms of resistance to antimicrobials | 第26-28页 |
| 1.3 RESISTANCE AGAINST COLISTIN | 第28-35页 |
| 1.3.1 Colistin action on Enteobacteriaceae | 第28-29页 |
| 1.3.2 Mechanisms of Enterobacteriaceae resistance to colistin | 第29-31页 |
| 1.3.3 Epidemiology of colistin resistance genes | 第31-35页 |
| 1.4 ROLE OF FLIES IN TRANSMITTING PATHOGENS AND ANTIMICROBIAL RESISTANCEGENES | 第35-37页 |
| REFERENCE | 第37-51页 |
| CHAPTER 2: ANTIMICROBIAL RESISTANCE IN CLINICAL ESCHERICHLA COLIISOLATES FROM POULTRY AND LIVESTOCK, CHINA | 第51-65页 |
| 2.1 INTRODUCTION | 第52-53页 |
| 2.2 MATERIALS AND METHODS | 第53-54页 |
| 2.2.1 Bacterial isolates | 第53页 |
| 2.2.2 Antimicrobial susceptibility testing | 第53-54页 |
| 2.2.3 Statistical analysis | 第54页 |
| 2.3 RESULTS | 第54-57页 |
| 2.4 DISCUSSION | 第57-60页 |
| REFERENCE | 第60-65页 |
| CHAPTER 3: GENETIC CHARACTERIZATION OF MULTIDRUG RESISTANTCLINICAL ESCHERICHIA COLI ISOLATED FROM POULTRY AND LIVESTOCK,CHINA | 第65-85页 |
| 3.1 INTRODUCTION | 第66-67页 |
| 3.2 MATERIALS AND METHODS | 第67-70页 |
| 3.2.1 Bacterial strains | 第67-68页 |
| 3.2.2 Genome sequencing and assembly | 第68-69页 |
| 3.2.3 Identification of resistance genes | 第69页 |
| 3.2.4 MLS Typing and virulence typing | 第69-70页 |
| 3.2.5 Presence of plasmids | 第70页 |
| 3.3 RESULT | 第70-76页 |
| 3.3.1 Antibiotic resistance genes | 第70-73页 |
| 3.3.2 Prevalence of plasmid replicons | 第73-74页 |
| 3.3.3 Virulence genes and multilocus sequence type (MLST) | 第74-76页 |
| 3.4 DISCUSSION | 第76-79页 |
| REFERENCE | 第79-85页 |
| CHAPTER 4: DETECTION OF THE COLISTIN-RESISTANCE GENE MCR-1 INSAMPLES FROM CATTLE, DOGS, PEOPLE, PIGS, AND POULTRY IN CHINA | 第85-103页 |
| 4.1 INTRODUCTION | 第86-87页 |
| 4.2 MATERIALS AND METHODS | 第87-93页 |
| 4.2.1 Ethics statement | 第87页 |
| 4.2.2 Swabs from cattle, dogs, pigs, people and poultry | 第87页 |
| 4.2.3 DNA extraction | 第87-88页 |
| 4.2.4 PCR assay | 第88-93页 |
| 4.3 RESULTS | 第93-97页 |
| 4.3.1 Establishment of the mcr-1 qPCR and the total-bacteria qPCR | 第93页 |
| 4.3.2 Prevalence of mcr-1 in swabs from poultry, pigs, cattle, dogs and people | 第93-96页 |
| 4.3.3 Quantification of mcr-1 in swabs from poultry, pigs, cattle, dogs and people | 第96-97页 |
| 4.4 DISCUSSION | 第97-100页 |
| REFERENCE | 第100-103页 |
| CHAPTER 5: HOUSEFLY (MUSCA DOMESTICA) AND BLOW FLY(PROTOPHORMIA TERRAENOVAE) AS VECTORS OF COLISTIN RESISTANCEGENES-CARRYING BACTERIA | 第103-135页 |
| 5.1 INTRODUCTION | 第104页 |
| 5.2 MATERIALS AND METHODS | 第104-109页 |
| 5.2.1 Flies | 第104-105页 |
| 5.2.2 Bacterial isolates from flies | 第105页 |
| 5.2.3 DNA extraction | 第105页 |
| 5.2.4 PCR assays | 第105-108页 |
| 5.2.5 Susceptibility testing | 第108-109页 |
| 5.2.6 Phylogenetic analysis | 第109页 |
| 5.3 RESULTS | 第109-124页 |
| 5.3.1 Flies | 第109页 |
| 5.3.2 Bacterial isolates from flies | 第109页 |
| 5.3.3 Development of mcr-l-qPCR, mcr-2-qPCR, and mcr-3-qPCR | 第109-110页 |
| 5.3.4 Prevalence of the mcr-1,mcr-2 and mcr-3 in flies | 第110页 |
| 5.3.5 Prevalence of the mcr-1, mcr-2 and mcr-3 in bacterial isolates | 第110-113页 |
| 5.3.6 Susceptibility testing | 第113-114页 |
| 5.3.7 Phylogenetic comparison | 第114-124页 |
| 5.4 DISCUSSION | 第124-128页 |
| REFERENCE | 第128-135页 |
| CHAPTER 6: IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF MCR MEDIATEDCOLISTIN RESISTANCE IN PATHOGENIC ESCHERICHIA COLI FROM POULTRYAND LIVESTOCK IN CHINA | 第135-160页 |
| 6.1 INTRODUCTION | 第136-137页 |
| 6.2 MATERIALS AND METHODS | 第137-142页 |
| 6.2.1 Bacterial isolates | 第137页 |
| 6.2.2 DNA extraction | 第137-138页 |
| 6.2.3 mcr-1,mcr-2 and mcr-3 qPCRs | 第138-140页 |
| 6.2.4 E. coli FRET-qPCR | 第140-141页 |
| 6.2.5 Colistin susceptibility testing | 第141页 |
| 6.2.6 Determination of in vitro maintenance and transfer of mcr-1 in the presenceand absence of colistin | 第141-142页 |
| 6.2.7 Statistical analysis | 第142页 |
| 6.3 RESULTS | 第142-147页 |
| 6.3.1 Development of | 第142-143页 |
| 6.3.2 Prevalence of the mcr-1 in pathogenic E. coli | 第143页 |
| 6.3.3 Susceptibility testing | 第143页 |
| 6.3.4 Differentiation of E. coli strain E249 (mcr-1 positive) and E254 (mcr-1negative) with a gyrA FRET-qPCR | 第143-144页 |
| 6.3.5 Determination of in vitro maintenance and transfer of mcr-1 in the presenceand absence of colistin | 第144-147页 |
| 6.4 DISCUSSION | 第147-150页 |
| REFERENCE | 第150-160页 |
| CONCLUSIONS OF THIS STUDY | 第160-162页 |
| List of Publication | 第162-163页 |
| Acknowledgements | 第163-164页 |
