核小体动力学研究
| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第1章 绪论 | 第15-31页 |
| 1.1 选题背景及研究意义 | 第15-17页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第17-26页 |
| 1.2.1 核小体结构 | 第17-19页 |
| 1.2.2 核小体的实验研究 | 第19-21页 |
| 1.2.3 核小体的理论和模拟研究 | 第21-24页 |
| 1.2.4 国内研究现状 | 第24-26页 |
| 1.3 存在问题 | 第26-28页 |
| 1.4 本文的研究内容 | 第28-31页 |
| 第2章 核小体动力学模拟的多尺度模型研究 | 第31-47页 |
| 2.1 DNA和组蛋白相互作用模型 | 第31-35页 |
| 2.1.1 连续模型 | 第33页 |
| 2.1.2 离散模型 | 第33-35页 |
| 2.2 系统模型 | 第35-42页 |
| 2.2.1 系统模型参数 | 第35页 |
| 2.2.2 系统控制方程 | 第35-42页 |
| 2.3 微观双电层模型 | 第42-43页 |
| 2.4 核小体形成的二级包装结构模型 | 第43-44页 |
| 2.5 核小体动力学的多尺度模型 | 第44-46页 |
| 2.5.1 系统模型建立 | 第44-45页 |
| 2.5.2 系统控制 | 第45-46页 |
| 2.6 本章小结 | 第46-47页 |
| 第3章 核小体动力学模拟的多尺度算法研究 | 第47-59页 |
| 3.1 核小体动力学模拟的多尺度模拟的流程 | 第47-48页 |
| 3.2 系统模型布朗动力学求解 | 第48-52页 |
| 3.2.1 LE方程 | 第49页 |
| 3.2.2 DNA单体的运动方程 | 第49-50页 |
| 3.2.3 组蛋白的运动方程 | 第50-51页 |
| 3.2.4 布朗随机力 | 第51页 |
| 3.2.5 布朗动力学模拟核小体形成过程 | 第51-52页 |
| 3.3 多个核小体的蒙特卡罗方法数值模拟 | 第52-54页 |
| 3.4 核小体的多尺度模拟 | 第54-57页 |
| 3.4.1 核小体的分子动力学模拟 | 第54-55页 |
| 3.4.2 聚合物球弹簧微观模型与分子动力学结合 | 第55-56页 |
| 3.4.3 求解过程 | 第56-57页 |
| 3.5 本章小结 | 第57-59页 |
| 第4章 核小体动力学模拟软件开发 | 第59-71页 |
| 4.1 多核计算方案 | 第59-61页 |
| 4.2 核小体动力学模拟软件主界面 | 第61-64页 |
| 4.3 参数设置界面 | 第64-68页 |
| 4.4 图形查看界面 | 第68-69页 |
| 4.5 本章小结 | 第69-71页 |
| 第5章 核小体缠绕过程模拟 | 第71-87页 |
| 5.1 核小体缠绕过程模拟参数设置 | 第71-73页 |
| 5.2 核小体形成的动力学过程 | 第73-79页 |
| 5.3 溶液浓度对核小体结构的影响 | 第79-85页 |
| 5.3.1 势能函数 | 第79-83页 |
| 5.3.2 溶液浓度对核小体结构的影响 | 第83-85页 |
| 5.4 本章小结 | 第85-87页 |
| 第6章 核小体拉伸过程模拟 | 第87-95页 |
| 6.1 核小体拉伸过程模拟参数设置 | 第87-88页 |
| 6.2 核小体拉伸的动力学过程 | 第88-93页 |
| 6.3 本章小结 | 第93-95页 |
| 第7章 核小体的多尺度模拟 | 第95-115页 |
| 7.1 核小体多尺度模拟参数设置 | 第95-99页 |
| 7.2 DNA链与两个组蛋白相互作用 | 第99-102页 |
| 7.3 两个核小体拉伸 | 第102-107页 |
| 7.4 长DNA链与多个组蛋白相互作用 | 第107-108页 |
| 7.5 多价盐溶液对核小体构象的影响 | 第108-113页 |
| 7.6 本章小结 | 第113-115页 |
| 第8章 全文总结 | 第115-119页 |
| 8.1 结论 | 第115-116页 |
| 8.2 展望 | 第116-119页 |
| 参考文献 | 第119-131页 |
| 作者简介 | 第131页 |
| 攻读博士学位期间主要研究成果 | 第131-133页 |
| 致谢 | 第133页 |
