| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 英文缩略表 | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-16页 |
| 1.1 抗病育种的必要性 | 第11页 |
| 1.2 鸡肠炎沙门氏菌病 | 第11页 |
| 1.3 鸡抗沙门氏菌感染机制研究进展 | 第11-13页 |
| 1.4 功能基因鉴定新方法 | 第13-14页 |
| 1.4.1 从头测序和全基因组重测序 | 第13-14页 |
| 1.4.2 目标序列捕获测序 | 第14页 |
| 1.4.3 转录组测序 | 第14页 |
| 1.5 转录组测序的数据分析方法 | 第14-15页 |
| 1.6 RNA-seq在家禽疾病相关基因筛选中的应用 | 第15页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第15-16页 |
| 第二章 RNA-seq技术筛选鸡肠炎沙门氏菌抗性相关功能基因 | 第16-35页 |
| 2.1 引言 | 第16页 |
| 2.2 材料与方法 | 第16-21页 |
| 2.2.1 实验动物和菌株 | 第16页 |
| 2.2.2 试剂和设备 | 第16-17页 |
| 2.2.3 感染用肠炎沙门氏菌液的准备 | 第17页 |
| 2.2.4 SPF鸡攻毒和样品采集 | 第17页 |
| 2.2.5 血液载菌量检测 | 第17-18页 |
| 2.2.6 测序样本的选择 | 第18页 |
| 2.2.7 测序文库构建和上机测序 | 第18-19页 |
| 2.2.8 数据的生物信息学分析 | 第19-21页 |
| 2.3 结果与分析 | 第21-33页 |
| 2.3.1 鸡感染肠炎沙门氏菌后体温和体重的变化规律 | 第21-22页 |
| 2.3.2 抗病鸡和易感鸡血液沙门氏菌载菌量的差异分析 | 第22页 |
| 2.3.3 总RNA提取和质检结果 | 第22-24页 |
| 2.3.4 测序数据产出统计 | 第24页 |
| 2.3.5 转录本组装结果 | 第24-25页 |
| 2.3.6 可变剪切事件统计 | 第25-26页 |
| 2.3.7 Reads在染色体上的分布 | 第26页 |
| 2.3.8 样本的重复性分析 | 第26-27页 |
| 2.3.9 组间差异基因功能富集分析 | 第27-33页 |
| 2.4 讨论 | 第33-34页 |
| 2.4.1 肠炎沙门氏菌感染对SPF鸡的影响 | 第33页 |
| 2.4.2 肠炎沙门氏菌感染对SPF鸡脾脏转录活动的影响 | 第33-34页 |
| 2.5 小结 | 第34-35页 |
| 第三章 鸡沙门氏菌抗性相关候选基因表达模式分析 | 第35-43页 |
| 3.1 引言 | 第35页 |
| 3.2 材料和方法 | 第35-38页 |
| 3.2.1 试剂和设备 | 第35页 |
| 3.2.2 实验材料 | 第35页 |
| 3.2.3 总RNA质量检测 | 第35-36页 |
| 3.2.4 反转录 | 第36页 |
| 3.2.5 SYBR Green荧光定量PCR | 第36-37页 |
| 3.2.6 RT-qPCR所用引物序列信息 | 第37页 |
| 3.2.7 数据处理 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与分析 | 第38-41页 |
| 3.3.1 测序结果可靠性验证 | 第38-40页 |
| 3.3.2 候选基因的表达规律研究 | 第40-41页 |
| 3.4 讨论 | 第41-42页 |
| 3.4.1 测序结果可靠性验证 | 第41页 |
| 3.4.2 候选基因的表达规律研究 | 第41-42页 |
| 3.5 小结 | 第42-43页 |
| 第四章 全文结论 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-49页 |
| 附录 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 作者简介 | 第51页 |
