| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-25页 |
| 1、DNA甲基化及其高通量测序方法 | 第14-16页 |
| 1.1、DNA甲基化 | 第14页 |
| 1.2、基因组范围的高通量DNA甲基化检测方法 | 第14-16页 |
| 2、肺癌与DNA甲基化 | 第16-21页 |
| 2.1、肺癌 | 第16页 |
| 2.2、肺癌早期检测现状 | 第16-18页 |
| 2.2.1、影像学 | 第17页 |
| 2.2.2、肺癌相关抗原抗体检测 | 第17页 |
| 2.2.3、基因诊断 | 第17-18页 |
| 2.3、肺癌特异表观遗传学生物标志物的研究 | 第18-20页 |
| 2.3.1、Noncoding RNA (miRNAs & lncRNAs) | 第18-19页 |
| 2.3.2、组蛋白修饰 | 第19页 |
| 2.3.3、DNA甲基化的生物标志物 | 第19-20页 |
| 2.4、DNA甲基化在肺癌中的应用 | 第20-21页 |
| 2.4.1、DNA甲基化与肺癌的早期诊断和亚型检测 | 第20页 |
| 2.4.2、DNA甲基化与肺癌的治疗 | 第20-21页 |
| 2.4.3、DNA甲基化与肺癌的预后 | 第21页 |
| 3、SNP和DNA甲基化 | 第21-24页 |
| 3.1、经典遗传学中的SNP和肿瘤的易感性 | 第21-22页 |
| 3.2、SNP和DNA甲基化在肿瘤中的关联分析 | 第22-23页 |
| 3.3、经重亚硫酸盐处理获得的DNA甲基化高通量数据中SNP的calling | 第23-24页 |
| 4、本研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 第二章 实验材料、方法和数据分析 | 第25-39页 |
| 1、实验材料 | 第25-27页 |
| 1.1、细胞株与质粒 | 第25页 |
| 1.2、实验试剂 | 第25-26页 |
| 1.3、引物序列 | 第26页 |
| 1.4、实验仪器 | 第26-27页 |
| 2、实验方法 | 第27-34页 |
| 2.1、RRBS文库构建 | 第27-32页 |
| 2.1.1、样本收集 | 第27-28页 |
| 2.1.2、RRBS文库构建 | 第28-32页 |
| 2.2、肿瘤组织样本总RNA的提取和mRNA逆转录 | 第32-33页 |
| 2.2.1、肿瘤组织样本总RNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.2.2、mRNA的逆转录 | 第33页 |
| 2.3、用5-aza-2'-deoxycytidine处理验证试验 | 第33页 |
| 2.4、重亚硫酸盐扩增子建库测序(BSAS) | 第33页 |
| 2.5、细胞增殖实验 | 第33-34页 |
| 3、RRBS数据常规流程分析以及新流程的开发 | 第34-39页 |
| 3.1、RRBS数据常规流程分析 | 第34-35页 |
| 3.2、TSV与所在区域甲基化相关性流程的开发 | 第35-36页 |
| 3.2.1、建立严格质量控制标准 | 第35页 |
| 3.2.2、SNV的calling | 第35页 |
| 3.2.3、TSV的筛选和甲基化计算 | 第35-36页 |
| 3.3、数据分析软件和数据库 | 第36-39页 |
| 第三章 实验结果 | 第39-63页 |
| 1、肺癌中DNA甲基化异常的研究结果 | 第39-53页 |
| 1.1、RRBS文库数据测序质量、覆盖度、重复(Duplication) | 第39-40页 |
| 1.2、基本信息和整体DNA甲基化变化统计 | 第40-42页 |
| 1.3、差异DNA甲基化分析 | 第42-53页 |
| 1.3.1、差异甲基化CG的分析 | 第42-44页 |
| 1.3.2、落入启动子区域的差异甲基化区域(DMR)分析 | 第44-53页 |
| 2、肿瘤特异性变异(Tumor specific variations,TSV)与甲基化相关性研究结果 | 第53-63页 |
| 2.1、TSV筛选标准与各样本TSV基本统计信息 | 第53-54页 |
| 2.1.1、SNV判断标准 | 第53页 |
| 2.1.2、TSV筛选流程 | 第53-54页 |
| 2.1.3、各样本中TSV的基本统计信息 | 第54页 |
| 2.2、高频出现启动子区TSV基因与信号通路分析 | 第54-56页 |
| 2.3、TSV与所在reads整体甲基化关联分析 | 第56-58页 |
| 2.4、TSV和临近CG位点甲基化关联分析 | 第58-63页 |
| 第四章 讨论 | 第63-66页 |
| 攻读学位期间待发表论文 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-75页 |
| 附录 | 第75-78页 |
| 1、DMR-KEGG信号通路 | 第75-77页 |
| 2、高频突变基因KEGG信号通路 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
