| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 1 基本理论 | 第10-21页 |
| 1.1 构象 | 第10-12页 |
| 1.2 氨基酸多肽简介 | 第12-13页 |
| 1.3 分子力场方法(MM) | 第13-15页 |
| 1.4 密度泛函理论 | 第15-16页 |
| 1.5 ABEEMσπ方法 | 第16-18页 |
| 1.6 ABEEMσπ/MM方法 | 第18-21页 |
| 2 以半胱氨酸二肽为例用从头算方法和ABEEMσπ/MM，OPLS/AA，CHARMM27，AMBER99不同力场方法探究其稳定构象 | 第21-28页 |
| 2.1 从头算方法 | 第21-25页 |
| 2.1.1 通过扫描寻找半胱氨酸二肽的稳定构象并用从头算方法进行结构的优化 | 第21-23页 |
| 2.1.2 命名半胱氨酸二肽分子稳定构象的方法 | 第23-25页 |
| 2.2 应用ABEEMσπ/MM，OPLS/AA，CHARMM27和AMBER99力场方法优化得到的半胱氨酸二肽分子稳定构象 | 第25-28页 |
| 2.2.1 在ABEEMσπ/MM力场中对半胱氨酸二肽分子的侧链二面角进行参数调节 | 第25页 |
| 2.2.2 半胱氨酸二肽分子在不同力场中稳定构象的比较 | 第25-28页 |
| 3 以半胱氨酸三肽为例用从头算方法和ABEEMσπ/MM，OPLS/AA，CHARMM27和AMBER99不同力场方法计算构象的比较 | 第28-42页 |
| 3.1 由半胱氨酸二肽分子的稳定构象组合后优化获得半胱氨酸三肽分子三肽上的构象 | 第28-35页 |
| 3.2 半胱氨酸三肽分子在 ABEEMσπ/MM，OPLS/AA，CHARMM27 和 AMBER99sb力场方法与从头算 MP2/6-311++G(d,p)方法计算分子稳定构象的比较 | 第35-40页 |
| 3.3 应用从头算方法与ABEEMσπ/MM方法计算半胱氨酸二肽、三肽分子构象的时间比较 | 第40-42页 |
| 结论 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-46页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第46-47页 |
| 致谢 | 第47页 |
