参考基因压缩库间快速迁移算法研究
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 研究背景 | 第9页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第9-11页 |
| 1.2.1 基因数据的压缩 | 第10-11页 |
| 1.2.2 龙芯平台上的生物信息处理软件 | 第11页 |
| 1.3 研究意义 | 第11-12页 |
| 1.4 论文内容和结构安排 | 第12-14页 |
| 第2章 DNA序列压缩技术 | 第14-23页 |
| 2.1 DNA数据存储格式 | 第14-15页 |
| 2.2 非参考基因组的DNA序列压缩算法 | 第15-16页 |
| 2.3 基于参考基因组的DNA序列压缩算法 | 第16-18页 |
| 2.4 基于参考基因组的压缩工具 | 第18-22页 |
| 2.4.1 FRESCO压缩工具 | 第18-19页 |
| 2.4.2 ODI压缩工具 | 第19-21页 |
| 2.4.3 ERGC压缩工具 | 第21-22页 |
| 2.5 本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 基于部分索引的基因迁移算法 | 第23-35页 |
| 3.1 迁移算法的设计 | 第23-30页 |
| 3.1.1 算法总体框架 | 第23-24页 |
| 3.1.2 迁移前的压缩数据 | 第24-25页 |
| 3.1.3 匹配迁移压缩 | 第25-29页 |
| 3.1.4 编码序列化和压缩 | 第29-30页 |
| 3.2 实验结果分析 | 第30-33页 |
| 3.3 本章小结 | 第33-35页 |
| 第4章 基于全局索引的快速迁移算法 | 第35-44页 |
| 4.1 基于全局索引的快速迁移算法 | 第35-39页 |
| 4.1.1 TGI算法的设计 | 第35-36页 |
| 4.1.2 索引的构造 | 第36-37页 |
| 4.1.3 TGI匹配算法 | 第37-39页 |
| 4.2 实验结果分析 | 第39-43页 |
| 4.3 本章小结 | 第43-44页 |
| 第5章 基因数据管理工具TReC的设计与实现 | 第44-53页 |
| 5.1 多种压缩数据相互迁移 | 第44-45页 |
| 5.2 龙芯平台上的基因数据管理工具 | 第45-48页 |
| 5.3 实验结果分析 | 第48-52页 |
| 5.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 第6章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 6.1 论文总结 | 第53-54页 |
| 6.2 研究工作展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第61页 |
