| 中文摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第14-35页 |
| 1.1 普通小麦种质资源的研究及有效利用现状 | 第14-20页 |
| 1.1.1 小麦的基因组起源与演化 | 第15-16页 |
| 1.1.2 普通小麦种质资源遗传多样性的研究及利用 | 第16-20页 |
| 1.1.2.1 形态学标记水平上的遗传多样性研究 | 第16-17页 |
| 1.1.2.2 细胞学水平上的遗传多样性研究 | 第17页 |
| 1.1.2.3 生化标记水平上的遗传多样性研究 | 第17-18页 |
| 1.1.2.4 DNA分子标记水平上的遗传多样性研究 | 第18-20页 |
| 1.2 粗山羊草种质资源的研究及有效利用现状 | 第20-25页 |
| 1.2.1 粗山羊草的起源及地理分布 | 第20-21页 |
| 1.2.2 粗山羊草的亚种分类及分布 | 第21-22页 |
| 1.2.3 粗山羊草的遗传多样性研究 | 第22-24页 |
| 1.2.3.1 DNA分子水平上的遗传多样性研究 | 第22-23页 |
| 1.2.3.2 蛋白质水平的遗传多样性研究 | 第23-24页 |
| 1.2.4 粗山羊优异基因的有效利用 | 第24-25页 |
| 1.3 关联分析——种质资源研究的新领域 | 第25-32页 |
| 1.3.1 关联分析的优势 | 第25-26页 |
| 1.3.2 关联分析的基础—连锁不平衡 | 第26-28页 |
| 1.3.2.1 连锁不平衡的基本概念 | 第26-27页 |
| 1.3.2.2 连锁不平衡的度量 | 第27页 |
| 1.3.2.3 连锁不平衡的影响因素 | 第27-28页 |
| 1.3.3 关联分析的关键—群体结构的估计 | 第28页 |
| 1.3.4 关联分析的基本策略 | 第28-29页 |
| 1.3.5 关联分析的综合应用 | 第29-32页 |
| 1.3.5.1 关联分析在麦类作物上的应用 | 第29-31页 |
| 1.3.5.2 关联分析与功能标记的开发应用 | 第31页 |
| 1.3.5.3 关联分析与植物基因组学的结合应用 | 第31-32页 |
| 1.4 本研究的目的和意义、主要研究内容和技术路线 | 第32-35页 |
| 1.4.1 本研究的目的和意义 | 第32-33页 |
| 1.4.2 主要研究内容 | 第33-34页 |
| 1.4.3 技术路线 | 第34-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-56页 |
| 2.1 试验材料 | 第35页 |
| 2.2 田间试验设计 | 第35页 |
| 2.3 农艺性状调查或测定 | 第35-48页 |
| 2.3.1 株高和穗部性状的调查 | 第35-47页 |
| 2.3.2 生育期相关性状的调查 | 第47页 |
| 2.3.3 籽粒性状的测定 | 第47-48页 |
| 2.4 SSR标记分析方法 | 第48-53页 |
| 2.4.1 基因组DNA的提取 | 第48-49页 |
| 2.4.1.1 DNA的提取 | 第48-49页 |
| 2.4.1.2“SDS”缓冲液配置 | 第49页 |
| 2.4.2 微卫星标记分析 | 第49-53页 |
| 2.4.2.1 微卫星引物的筛选 | 第49页 |
| 2.4.2.2 PCR反应体系 | 第49页 |
| 2.4.2.3 SSR扩增程序 | 第49页 |
| 2.4.2.4 扩增产物的检测 | 第49-51页 |
| 2.4.2.5 硝酸银染色步骤 | 第51页 |
| 2.4.2.6 所用试剂的配制 | 第51-53页 |
| 2.5 数据分析方法 | 第53-56页 |
| 2.5.1 表型数据的统计分析 | 第53页 |
| 2.5.2 遗传分子数据分析 | 第53-56页 |
| 2.5.2.1 群体遗传多样性分析 | 第53页 |
| 2.5.2.2 群体分化分析 | 第53页 |
| 2.5.2.3 群体结构和聚类分析 | 第53-54页 |
| 2.5.2.4 连锁不平衡分析 | 第54页 |
| 2.5.2.5 关联分析及基因效应分析 | 第54-56页 |
| 3 结果与分析 | 第56-156页 |
| 3.1 粗山羊草和普通小麦性状表现及相关分析 | 第56-63页 |
| 3.1.1 群体的农艺性状表现 | 第56页 |
| 3.1.2 群体农艺性状的相关性分析 | 第56-63页 |
| 3.2 粗山羊草和普通小麦遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析 | 第63-89页 |
| 3.2.1 群体遗传多样性分析 | 第63-73页 |
| 3.2.1.1 群体材料来源多样性分析 | 第63页 |
| 3.2.1.2 SSR标记位点多样性分析 | 第63-73页 |
| 3.2.2 群体结构分析 | 第73-87页 |
| 3.2.2.1 基于模型的聚类分析 | 第73-85页 |
| 3.2.2.2 UPGMA聚类分析 | 第85-87页 |
| 3.2.3 群体连锁不平衡分析 | 第87-89页 |
| 3.3 粗山羊草和普通小麦的遗传演化关系研究 | 第89-97页 |
| 3.3.1 各亚群的群体遗传多样性分析 | 第89-90页 |
| 3.3.2 群体分化的遗传基础 | 第90-92页 |
| 3.3.2.1 亚群间分子方差分析 | 第90页 |
| 3.3.2.2 亚群间的遗传分化分析 | 第90-92页 |
| 3.3.3 群体间的遗传演化关系 | 第92-97页 |
| 3.3.3.1 全部材料的联合聚类分析 | 第92-94页 |
| 3.3.3.2 亚群间遗传关系分析 | 第94-97页 |
| 3.4 粗山羊草和普通小麦性状与SSR标记的关联分析 | 第97-156页 |
| 3.4.1 与群体性状关联的SSR位点总体情况 | 第97页 |
| 3.4.2 与群体性状相关联的SSR位点 | 第97-133页 |
| 3.4.2.1 株高性状的关联位点 | 第97-131页 |
| 3.4.2.2 穗部性状的关联位点 | 第131页 |
| 3.4.2.3 生育期性状的关联位点 | 第131-132页 |
| 3.4.2.4 籽粒性状的关联位点 | 第132-133页 |
| 3.4.3 与群体性状稳定关联的SSR位点 | 第133-145页 |
| 3.4.3.1 株高性状的稳定关联位点 | 第133-142页 |
| 3.4.3.2 穗部性状的稳定关联位点 | 第142-143页 |
| 3.4.3.3 与生育期性状稳定关联的SSR位点 | 第143-144页 |
| 3.4.3.4 籽粒性状的稳定关联位点 | 第144-145页 |
| 3.4.4 两群体间性状共有的稳定关联位点 | 第145-147页 |
| 3.4.4.1 两群体间与株高性状共有的稳定关联位点 | 第145页 |
| 3.4.4.2 两群体间与穗部性状共有的稳定关联位点 | 第145页 |
| 3.4.4.3 两群体间与生育期性状共有的稳定关联位点 | 第145-147页 |
| 3.4.4.4 两群体间与籽粒性状共有的稳定关联位点 | 第147页 |
| 3.4.5 性状关联位点的基因效应分析 | 第147-156页 |
| 3.4.5.1 株高性状关联位点的基因效应分析 | 第153页 |
| 3.4.5.2 穗部性状关联位点的基因效应分析 | 第153页 |
| 3.4.5.3 生育期性状关联位点的基因效应分析 | 第153-154页 |
| 3.4.5.4 籽粒性状关联位点的基因效应分析 | 第154-156页 |
| 4 讨论 | 第156-160页 |
| 4.1 粗山羊草和普通小麦种质资源遗传多样性评价 | 第156-157页 |
| 4.2 粗山羊草和普通小麦遗传演化关系 | 第157-158页 |
| 4.3 粗山羊草和普通小麦农艺性状与SSR标记的关联分析 | 第158-160页 |
| 5 结论 | 第160-161页 |
| 5.1 粗山羊草和小麦群体的遗传多样性丰富 | 第160页 |
| 5.2 粗山羊草和小麦的群体结构和连锁不平衡（LD）状况 | 第160页 |
| 5.3 粗山羊草和小麦群体演化与地理分化存在密切联系 | 第160页 |
| 5.4 粗山羊草和小麦群体多个标记与不同性状存在显著关联 | 第160-161页 |
| 5.5 粗山羊草和小麦群体发掘出不同性状的多个优异等位变异 | 第161页 |
| 6 创新点 | 第161-162页 |
| 参考文献 | 第162-176页 |
| 致谢 | 第176-178页 |
| 攻读学位期间发论文表情况 | 第178页 |
