| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-20页 |
| 1.1.1 高通量测序技术 | 第13-15页 |
| 1.1.2 lncRNA研究 | 第15-18页 |
| 1.1.2.1 lncRNA概述 | 第15-16页 |
| 1.1.2.2 lncRNA与肝癌研究 | 第16-18页 |
| 1.1.3 TNF-α简介 | 第18-20页 |
| 1.1.3.1 TNF-α的命名及结构 | 第18-19页 |
| 1.1.3.2 TNF-α的功能 | 第19页 |
| 1.1.3.3 TNF-α的信号通路 | 第19-20页 |
| 1.2 研究内容及意义 | 第20-21页 |
| 1.3 论文组织结构 | 第21-22页 |
| 第二章 HL-7702/HepG2肝癌细胞lncRNA/mRNA表达谱 | 第22-42页 |
| 2.1 引言 | 第22页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第22-30页 |
| 2.2.1 细胞培养 | 第22页 |
| 2.2.2 Trizol法Total RNA提取 | 第22-23页 |
| 2.2.3 总RNA样本质量检测 | 第23页 |
| 2.2.4 测序流程 | 第23-25页 |
| 2.2.5 mRNA/lncRNA测序数据质量分析 | 第25-30页 |
| 2.3 mRNA表达谱分析 | 第30-36页 |
| 2.3.1 表达差异归一化方法 | 第30-31页 |
| 2.3.2 数据筛选 | 第31-32页 |
| 2.3.3 mRNA功能注释 | 第32-34页 |
| 2.3.4 可变剪切分析 | 第34-36页 |
| 2.4 lncRNA表达谱 | 第36-39页 |
| 2.4.1 lncRNA统计分析 | 第36页 |
| 2.4.2 lncRNA-miRNA-mRNA调控网络 | 第36-39页 |
| 2.4.2.1 lncRNA-miRNA相互调控分析 | 第36-37页 |
| 2.4.2.2 mRNA-miRNA表达谱关联分析 | 第37-38页 |
| 2.4.2.3 lncRNA-miRNA-mRNA调控分析结果 | 第38-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-42页 |
| 第三章 TNF-α处理前后HepG2肝癌细胞mRNA/lncRNA表达谱 | 第42-56页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第42-48页 |
| 3.2.1 细胞培养 | 第42页 |
| 3.2.2 总RNA样本质量检测 | 第42页 |
| 3.2.3 测序流程 | 第42-44页 |
| 3.2.4 mRNA/lncRNA测序数据质量分析 | 第44-48页 |
| 3.3 mRNA表达谱分析 | 第48-51页 |
| 3.3.1 mRNA表达差异基因 | 第48-49页 |
| 3.3.2 mRNA功能注释 | 第49-50页 |
| 3.3.3 可变剪切分析 | 第50-51页 |
| 3.4 lncRNA差异分析 | 第51-53页 |
| 3.4.1 lncRNA统计分析 | 第51-52页 |
| 3.4.2 lncRNA-miRNA-mRNA调控网络 | 第52-53页 |
| 3.4.2.1 lncRNA-miRNA相互调控分析 | 第52页 |
| 3.4.2.2 mRNA-miRNA表达谱关联分析 | 第52页 |
| 3.4.2.3 lncRNA-miRNA-mRNA调控分析结果 | 第52-53页 |
| 3.5 本章小结 | 第53-56页 |
| 第四章 总结与展望 | 第56-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 附表一 与癌症相关的mRNA及其富集部分GO Term | 第66-73页 |
| 附表二 lncRNA-miRNA-mRNA调控网络图 | 第73-75页 |
| 附表三 与TNF-α诱导相关的mRNA及其富集的GO Tem | 第75-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 作者简介 | 第81页 |
