| 符号说明 | 第4-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 miRNA的研究进展及应用 | 第13-18页 |
| 1.1.1 MiRNA的发现 | 第13-14页 |
| 1.1.2 miRNA的生物合成及作用机制 | 第14-15页 |
| 1.1.3 miRNA在细菌感染中的调控 | 第15-16页 |
| 1.1.4 miRNA的鉴定及表达检测 | 第16-18页 |
| 1.2 沙门氏菌病研究进展 | 第18-24页 |
| 1.2.1 禽类主要沙门氏菌病 | 第18-20页 |
| 1.2.2 肠炎沙门氏菌的致病性及公共卫生学意义 | 第20-21页 |
| 1.2.3 肠炎沙门氏菌的检测方法 | 第21-23页 |
| 1.2.4 家禽沙门氏菌病的防治 | 第23-24页 |
| 1.3 抗病遗传育种研究进展 | 第24-26页 |
| 1.3.1 抗病育种的意义 | 第24页 |
| 1.3.2 抗病育种的研究方法 | 第24-26页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-39页 |
| 2.1 试验材料 | 第27-29页 |
| 2.1.1 试验菌种 | 第27页 |
| 2.1.2 白来航鸡动物接种试验及样品采集 | 第27页 |
| 2.1.3 寿光鸡动物接种试验及样品采集 | 第27页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第27-28页 |
| 2.1.5 主要试剂 | 第28-29页 |
| 2.1.6 主要的数据库及生物分析软件 | 第29页 |
| 2.2 试验方法 | 第29-39页 |
| 2.2.1 组织总RNA提取 | 第29-30页 |
| 2.2.2 microRNA cDNA文库构建 | 第30-31页 |
| 2.2.3 簇生成 | 第31-32页 |
| 2.2.4 Illumina Hiseq2000测序 | 第32页 |
| 2.2.5 Illumina/Solexa测序数据分析 | 第32-34页 |
| 2.2.6 差异表达miRNAs的qRT-PCR验证 | 第34-36页 |
| 2.2.7 基因的定量表达分析 | 第36-37页 |
| 2.2.8 数据统计与分析 | 第37-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-61页 |
| 3.1 RNA质量检测及文库构建 | 第39页 |
| 3.2 miRNA测序及数据生物信息学分析 | 第39-55页 |
| 3.2.1 测序原始数据的预处理 | 第39-41页 |
| 3.2.2 参考基因组比对 | 第41-44页 |
| 3.2.3 Rfam比对 | 第44-47页 |
| 3.2.4 新miRNA预测 | 第47-48页 |
| 3.2.5 miRNA表达谱分析 | 第48-49页 |
| 3.2.6 miRNA差异表达分析 | 第49-52页 |
| 3.2.7 差异表达miRNA靶基因预测 | 第52页 |
| 3.2.8 差异表达miRNA靶基因GO功能注释 | 第52-54页 |
| 3.2.9 差异表达miRNA靶基因的KEGG分析 | 第54-55页 |
| 3.3 差异表达miRNA的qRT-PCR验证结果 | 第55-56页 |
| 3.4 差异表达miRNAs感染后不同时间点表达 | 第56-57页 |
| 3.5 寿光鸡中差异表达miRNAs表达情况 | 第57-58页 |
| 3.6 差异表达miRNAs靶基因表达分析 | 第58-59页 |
| 3.7 寿光鸡中差异表达miRNA的靶基因表达分析 | 第59-61页 |
| 4 讨论 | 第61-65页 |
| 4.1 Solexa测序数据的有效性 | 第61页 |
| 4.2 差异表达miRNA | 第61-62页 |
| 4.3 差异表达miRNA靶基因功能分析 | 第62-64页 |
| 4.4 miRNA与靶基因的互作关系分析 | 第64-65页 |
| 5 结论与展望 | 第65-67页 |
| 5.1 结论 | 第65页 |
| 5.2 创新与展望 | 第65-67页 |
| 5.2.1 创新之处 | 第65-66页 |
| 5.2.2 研究展望 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第73页 |
