| 摘要 | 第1-7页 |
| abstract | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| ·微生物多样性研究 | 第12-16页 |
| ·基于生化技术的方法 | 第12-13页 |
| ·基于分子生物学技术的方法 | 第13-16页 |
| ·微生物可培养性研究 | 第16-18页 |
| ·不可培养微生物 | 第16页 |
| ·活的非可培养（VBNC）状态细菌的检测技术 | 第16-17页 |
| ·提高细菌可培养性的方法 | 第17-18页 |
| ·水-沉积物界面细菌群落结构 | 第18-19页 |
| ·水体富营养化 | 第18-19页 |
| ·水-沉积物界面微生物 | 第19页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-34页 |
| ·样品来源 | 第20页 |
| ·主要仪器设备 | 第20页 |
| ·主要试剂及其配制 | 第20-22页 |
| ·培养基、试剂盒及酶 | 第22-23页 |
| ·样品理化性质测定 | 第23页 |
| ·沉积物基因组DNA提取方法的优化 | 第23-25页 |
| ·氯仿异戊醇法 | 第23-24页 |
| ·蛋白酶K+SDS法 | 第24页 |
| ·玻璃珠+蛋白酶K+SDS法 | 第24页 |
| ·试剂盒法 | 第24页 |
| ·基因组DNA的纯度检测及纯化 | 第24-25页 |
| ·16S rRNA基因的PCR扩增 | 第25页 |
| ·界面沉积物原始细菌群落结构研究 | 第25-29页 |
| ·沉积物基因组DNA的提取 | 第26页 |
| ·16S rRNA基因的PCR扩增和纯化 | 第26页 |
| ·PCR产物与载体连接和转化 | 第26-27页 |
| ·阳性克隆筛选 | 第27-28页 |
| ·16S rRNA基因的限制性内切酶酶切分析 | 第28页 |
| ·插入片段测序及序列比对 | 第28页 |
| ·克隆文库的评估 | 第28-29页 |
| ·基于PMA处理的界面沉积物细菌群落结构研究 | 第29-30页 |
| ·PMA处理条件及对沉积物样品的处理 | 第29页 |
| ·16S rRNA基因克隆文库的构建和分析 | 第29-30页 |
| ·高通量测序法研究界面沉积物细菌群落结构 | 第30-33页 |
| ·实验方案 | 第30页 |
| ·分析方法 | 第30-33页 |
| ·依赖于培养的界面沉积物细菌种群研究 | 第33-34页 |
| ·菌悬液的制备 | 第33页 |
| ·分离培养方法 | 第33页 |
| ·16S r RNA基因的PCR扩增 | 第33页 |
| ·基因测序和比对分析 | 第33-34页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第34-76页 |
| ·沉积物样品理化性质 | 第34页 |
| ·沉积物基因组DNA的提取 | 第34-37页 |
| ·提取DNA的电泳检测结果 | 第34-35页 |
| ·提取的DNA纯度 | 第35-36页 |
| ·提取DNA的 16S r RNA基因PCR扩增应用结果 | 第36-37页 |
| ·界面沉积物原始细菌群落结构 | 第37-44页 |
| ·基因组DNA及其电泳检测结果 | 第37页 |
| ·16S rRNA基因PCR扩增和纯化 | 第37-38页 |
| ·16S rRNA基因克隆文库 | 第38页 |
| ·16S rRNA基因的限制性内切酶酶切分型结果 | 第38-41页 |
| ·文库评估结果 | 第41页 |
| ·基因型代表克隆序列测定和比对结果 | 第41-44页 |
| ·讨论 | 第44页 |
| ·基于PMA处理的界面沉积物细菌群落结构 | 第44-53页 |
| ·PMA处理条件的优化结果 | 第45-48页 |
| ·16S rRNA基因克隆文库构建及阳性克隆筛选 | 第48页 |
| ·16S rRNA基因的限制性内切酶酶切分型结果 | 第48-50页 |
| ·文库评估结果 | 第50-51页 |
| ·基因型代表克隆序列测定和比对结果 | 第51-52页 |
| ·讨论 | 第52-53页 |
| ·16S r RNA V3-V4区序列高通量测序结果 | 第53-69页 |
| ·序列的质量控制 | 第53页 |
| ·去除嵌合体及靶区域外序列 | 第53-54页 |
| ·操作分类单元（OTU）分类 | 第54页 |
| ·物种分类单元 | 第54-60页 |
| ·种群组成分析和比较 | 第60-67页 |
| ·Alpha多样性 | 第67-68页 |
| ·讨论 | 第68-69页 |
| ·依赖于培养的界面沉积物细菌组成 | 第69-74页 |
| ·菌种分离结果 | 第69-70页 |
| ·系统发育地位及组成 | 第70-72页 |
| ·讨论 | 第72-74页 |
| ·界面沉积物细菌可培养性特征分析 | 第74-76页 |
| 第四章 结论 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 个人简历 | 第85页 |