| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| ·研究背景 | 第9-13页 |
| ·药物发现与虚拟筛选 | 第10-11页 |
| ·分子相似性计算方法介绍 | 第11-12页 |
| ·GPU及CPU的特点 | 第12-13页 |
| ·主要研究内容和目标 | 第13页 |
| ·本文的组织结构 | 第13-14页 |
| 第2章 基于形状和化学特征的分子相似性计算方法 | 第14-22页 |
| ·基于高斯形状的分子相似性计算方法 | 第14-18页 |
| ·高斯形状叠合方法 | 第14-15页 |
| ·搜索最佳叠合模式 | 第15-18页 |
| ·评价分子相似性 | 第18页 |
| ·基于形状和化学特征的分子相似性计算方法 | 第18-21页 |
| ·小分子构象生成器 | 第19页 |
| ·药效团匹配算法 | 第19-21页 |
| ·评价分子相似性 | 第21页 |
| ·小结 | 第21-22页 |
| 第3章 基于高斯形状的分子相似性计算方法并行化 | 第22-44页 |
| ·算法流程 | 第22-27页 |
| ·并行策略设计与实现 | 第27-38页 |
| ·基于CPU+GPU的并行策略 | 第27-32页 |
| ·基于GPU的并行策略 | 第32-38页 |
| ·实验设计 | 第38-40页 |
| ·实验平台 | 第38-39页 |
| ·实验相关参数设定 | 第39-40页 |
| ·实验方法设计 | 第40页 |
| ·实验结果与分析 | 第40-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 第4章 基于形状和化学特征的分子相似性计算方法并行化 | 第44-54页 |
| ·算法流程 | 第44-46页 |
| ·并行策略 | 第46-50页 |
| ·已实现的并行策略 | 第46-48页 |
| ·实验设计 | 第48页 |
| ·实验结果分析 | 第48-49页 |
| ·其他并行策略 | 第49-50页 |
| ·并行方案总结 | 第50-53页 |
| ·并行方案分类 | 第50-52页 |
| ·影响并行性能的因素 | 第52-53页 |
| ·小结 | 第53-54页 |
| 第5章 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·本文总结 | 第54页 |
| ·不足与展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 致谢 | 第60页 |