| 致谢 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-38页 |
| ·硅藻概述 | 第13-19页 |
| ·硅藻的分布及影响因素 | 第13-14页 |
| ·硅藻的经济价值及生态意义 | 第14-16页 |
| ·硅藻的进化地位与二次吞噬假说 | 第16-19页 |
| ·硅藻的分类 | 第19页 |
| ·三角褐指藻概述 | 第19-25页 |
| ·三角褐指藻形态特征 | 第20-21页 |
| ·三角褐指藻备受关注的原因 | 第21-22页 |
| ·三角褐指藻的基因组特点 | 第22-23页 |
| ·三角褐指藻对营养盐限制的响应 | 第23-24页 |
| ·三角褐指藻光合作用特点及研究现状 | 第24-25页 |
| ·miRNA 特点及其在藻类中的研究现状 | 第25-33页 |
| ·miRNA 的发现历程 | 第25-26页 |
| ·miRNA 的特点 | 第26-27页 |
| ·miRNA 的功能 | 第27-28页 |
| ·动植物 miRNA 的差别 | 第28-29页 |
| ·miRNA 研究方法 | 第29-33页 |
| ·藻类 miRNA 研究现状 | 第33页 |
| ·代谢流量分析及其在藻类研究中的应用 | 第33-36页 |
| ·论文的研究内容 | 第36-38页 |
| 第二章 三角褐指藻、喜温淡水红藻及假微型海链藻 miRNA 预测 | 第38-54页 |
| 引言 | 第38-39页 |
| ·材料与方法 | 第39-41页 |
| ·miRNA 数据集选取及基因组数据下载 | 第39页 |
| ·miRNA 预测 | 第39-40页 |
| ·miRNA 靶基因的预测 | 第40-41页 |
| ·进化树构建 | 第41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-54页 |
| ·三角褐指藻 miRNA 及靶基因的预测 | 第41-45页 |
| ·假微型海链藻 miRNA 及靶基因的预测 | 第45-46页 |
| ·喜温淡水红藻 miRNA 的预测 | 第46-47页 |
| ·相同 miRNA 家族分析 | 第47-51页 |
| ·三角褐指藻、假微型海链藻、喜温淡水红藻、拟南芥及小鼠中的相似蛋白数目 | 第51-53页 |
| ·三角褐指藻和假微型海链藻中同时存在与动物及植物来源 miRNA 家族的可能性 | 第53-54页 |
| 第三章 三角褐指藻小 RNA 测序及相关生物信息学分析 | 第54-84页 |
| 引言 | 第54-55页 |
| ·材料与方法 | 第55-63页 |
| ·藻种纯化 | 第55页 |
| ·材料培养与收集 | 第55页 |
| ·缺氮和缺硅处理 | 第55-56页 |
| ·总 RNA 提取及检测 | 第56页 |
| ·小 RNA 分离、文库的构建及测序 | 第56-58页 |
| ·基础数据分析 | 第58-59页 |
| ·miRNA 的识别 | 第59-61页 |
| ·新 miRNA 靶基因预测 | 第61页 |
| ·Northern 杂交 | 第61-63页 |
| ·结果 | 第63-79页 |
| ·三角褐指藻内源小 RNA | 第63-70页 |
| ·三角褐指藻 miRNA | 第70-75页 |
| ·三角褐指藻 miRNA 在正常、缺氮和缺硅条件下的表达模式及靶基因预测 | 第75页 |
| ·三角褐指藻 siRNA | 第75-78页 |
| ·部分 miRNA 及其前体的表达的验证 | 第78-79页 |
| ·讨论 | 第79-83页 |
| ·三角褐指藻 miRNA 是否独立进化 | 第79-80页 |
| ·miRNA 在三角褐指藻代谢中的可能作用 | 第80-82页 |
| ·小 RNA 富集于 13 号染色体负链和叶绿体基因组正负链的可能原因 | 第82页 |
| ·Northern 杂交未检测到成熟 miRNA 的原因 | 第82-83页 |
| ·结论 | 第83-84页 |
| 第四章 三角褐指藻代谢流量分析 | 第84-97页 |
| 引言 | 第84-85页 |
| ·方法 | 第85-87页 |
| ·材料培养 | 第85页 |
| ·不同碳源优化 | 第85页 |
| ·不同甘油浓度优化 | 第85页 |
| ·不同营养盐条件培养 | 第85页 |
| ·细胞生长及甘油浓度测定 | 第85-86页 |
| ·(13)~C 稳定同位素标记 | 第86页 |
| ·GC-MS 样品准备 | 第86页 |
| ·GC-MS 样品用量优化 | 第86页 |
| ·GC-MS 数据处理 | 第86-87页 |
| ·结果 | 第87-95页 |
| ·细胞干重与 OD730nm 的关系 | 第87页 |
| ·碳源的选择 | 第87-88页 |
| ·甘油浓度的确定 | 第88-89页 |
| ·不同营养盐条件下三角褐指藻的生长 | 第89-90页 |
| ·GC-MS 样品用量的确定 | 第90-91页 |
| ·不同碳源适应对三角褐指藻代谢的影响 | 第91-94页 |
| ·甘油培养下的三角褐指藻代谢流量分析 | 第94-95页 |
| ·讨论 | 第95-97页 |
| ·三角褐指藻对有机碳源的利用 | 第95-96页 |
| ·三角褐指藻对不同碳源的适应 | 第96-97页 |
| 第五章 三角褐指藻 C4相关基因荧光定量 PCR 及细胞染色 | 第97-107页 |
| 引言 | 第97-98页 |
| ·方法 | 第98-100页 |
| ·材料处理 | 第98页 |
| ·RNA 提取及反转录 | 第98页 |
| ·实时荧光定量 PCR | 第98-99页 |
| ·细胞染色 | 第99-100页 |
| ·结果 | 第100-106页 |
| ·三角褐指藻 ppdk、ca 和 pepck 在缺碳条件下的表达分析 | 第100-101页 |
| ·三角褐指藻细胞染色结果 | 第101-106页 |
| ·讨论 | 第106-107页 |
| 结论 | 第107-108页 |
| 论文的后续工作 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-128页 |
| 作者简历 | 第128-129页 |
| 已完成或发表论文目录 | 第129页 |
