| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 计算机辅助药物设计概述 | 第12-22页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·虚拟筛选方法 | 第13-17页 |
| ·基于配体的虚拟筛选 | 第14-15页 |
| ·基于结构的虚拟筛选 | 第15-17页 |
| ·分子对接中的蛋白柔性问题 | 第17页 |
| ·结合自由能计算方法 | 第17-20页 |
| ·分子动力学方法 | 第18-19页 |
| ·基于分子动力学基础上的结合自由能计算 | 第19-20页 |
| ·功能蛋白结合位点的寻找与确证 | 第20-21页 |
| ·本论文研究目标与总体安排 | 第21-22页 |
| 第二章 虚拟筛选方法评价 | 第22-56页 |
| ·2D分子指纹和3D形状相似性方法在虚拟筛选中的性能评价 | 第22-29页 |
| ·材料与方法 | 第23-24页 |
| ·结果与讨论 | 第24-29页 |
| ·小结 | 第29页 |
| ·对接打分方法的性能评价 | 第29-36页 |
| ·材料和方法 | 第30-32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-36页 |
| ·小结 | 第36页 |
| ·基于配体和基于结构的虚拟筛选方法比较 | 第36-47页 |
| ·材料和方法 | 第37-38页 |
| ·结果与讨论 | 第38-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| ·诱导契合模型与晶体结构在虚拟筛选中的性能评价 | 第47-55页 |
| ·材料和方法 | 第47-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-54页 |
| ·小结 | 第54-55页 |
| ·本章小结 | 第55-56页 |
| 第三章 靶向HIV-1整合酶与人类LEDGF/p75蛋白相互作用界面的抑制剂的发现研究 | 第56-100页 |
| ·研究背景 | 第56-64页 |
| ·整合酶的结构与功能 | 第56-59页 |
| ·LEDGF/p75的结构与功能 | 第59-61页 |
| ·蛋白—蛋白相互作用 | 第61页 |
| ·靶向HIV-1整合酶与LEDGF/p75相互作用界面的抑制剂 | 第61-64页 |
| ·材料与方法 | 第64-68页 |
| ·药物库DrugBank的筛选 | 第68-75页 |
| ·虚拟筛选的策略 | 第68-69页 |
| ·结果与讨论 | 第69-74页 |
| ·小结 | 第74-75页 |
| ·NCRC天然产物库的筛选 | 第75-79页 |
| ·虚拟筛选的策略 | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-79页 |
| ·小结 | 第79页 |
| ·课题组内天然产物库的筛选 | 第79-84页 |
| ·虚拟筛选的策略 | 第79-80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-84页 |
| ·小结 | 第84页 |
| ·商业化合物库SPECS和ENAMINE的筛选 | 第84-87页 |
| ·课题组内FXR拮抗剂库的筛选 | 第87-89页 |
| ·GFP模型筛选整合酶界面抑制剂 | 第89-90页 |
| ·抗病毒活性测试 | 第90-95页 |
| ·实验方法 | 第90-91页 |
| ·结果与讨论 | 第91-95页 |
| ·结论 | 第95页 |
| ·基于靶标结构的先导化合物的优化 | 第95-98页 |
| ·以D77为先导化合物的结构改造 | 第95-97页 |
| ·以Lmmd_IN_1_29为先导化合物的结构改造 | 第97页 |
| ·以HL132021为先导化合物的结构改造 | 第97-98页 |
| ·小结 | 第98页 |
| ·本章小结 | 第98-100页 |
| 第四章 全文总结 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-114页 |
| 攻读博士学位期间取得的科研成果 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115页 |
