| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-30页 |
| 1 紫菜的生物学特征及分子遗传学研究进展 | 第12-15页 |
| ·紫菜概述 | 第12-13页 |
| ·紫菜生活史 | 第13-14页 |
| ·紫菜的研究价值及分子遗传学研究进展 | 第14-15页 |
| 2 线粒体基因组研究进展 | 第15-22页 |
| ·线粒体概述及起源与进化 | 第15-19页 |
| ·线粒体概述 | 第15-17页 |
| ·线粒体的起源与进化 | 第17-19页 |
| ·线粒体基因组的结构组成及特征 | 第19-22页 |
| ·线粒体基因组概述 | 第19-20页 |
| ·高等植物线粒体基因组结构组成及特性 | 第20-21页 |
| ·真菌线粒体基因组结构组成及特性 | 第21-22页 |
| 3 藻类线粒体基因组概述 | 第22-27页 |
| ·绿藻线粒体基因组概述 | 第24页 |
| ·红藻线粒体基因组概述 | 第24-25页 |
| ·褐藻类线粒体基因组概述 | 第25-26页 |
| ·藻类线粒体基因组与系统演化 | 第26-27页 |
| 4 分子系统发生建树方法及线粒体基因组测定方法 | 第27-29页 |
| ·分子系统发生学简介 | 第27页 |
| ·分子系统发生学常用建树方法 | 第27-28页 |
| ·邻接法 | 第27-28页 |
| ·最大简约法 | 第28页 |
| ·最大似然法 | 第28页 |
| ·贝叶斯推理法 | 第28页 |
| ·线粒体全基因组测定方法 | 第28-29页 |
| ·经典方法 | 第28-29页 |
| ·同源 PCR 扩增法 | 第29页 |
| ·高通量测序法 | 第29页 |
| 5 本研究目的及意义 | 第29-30页 |
| 第二章 坛紫菜和条斑紫菜线粒体全基因组测序及特征分析 | 第30-63页 |
| 1 材料 | 第30-31页 |
| ·样品来源 | 第30页 |
| ·质粒和菌株 | 第30页 |
| ·仪器和试剂 | 第30-31页 |
| ·实验仪器 | 第30-31页 |
| ·实验药品及试剂 | 第31页 |
| 2 方法 | 第31-37页 |
| ·基因组 DNA 的提取及质量鉴定 | 第31-32页 |
| ·紫菜总基因组的制备 | 第31-32页 |
| ·总基因组 DNA 的质量检测 | 第32页 |
| ·基因组 DNA 的测序及组装 | 第32页 |
| ·Gap 填充及低质量区域的验证 | 第32-36页 |
| ·引物的设计和合成 | 第32-33页 |
| ·DNA 片段的扩增 | 第33页 |
| ·PCR 产物的琼脂糖凝胶纯化回收 | 第33-34页 |
| ·目的片段与载体的连接 | 第34页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第34-35页 |
| ·重组质粒转入大肠杆菌感受态细胞 | 第35页 |
| ·阳性克隆的鉴定（菌落 PCR）及测序 | 第35-36页 |
| ·序列的拼接 | 第36页 |
| ·序列的注释与分析 | 第36-37页 |
| 3 结果 | 第37-59页 |
| ·总 DNA 提取结果 | 第37页 |
| ·454 高通量测序拼接结果及 PCR 结果 | 第37-38页 |
| ·结构和组成 | 第38-43页 |
| ·坛紫菜线粒体基因组的结构与组成 | 第38-41页 |
| ·条斑紫菜线粒体基因组的结构与组成 | 第41-43页 |
| ·蛋白编码基因 | 第43-49页 |
| ·坛紫菜线粒体蛋白编码基因 | 第43-46页 |
| ·条斑紫菜线粒体蛋白编码基因 | 第46-49页 |
| ·dN/dS 分析 | 第49-51页 |
| ·rRNA 基因 | 第51-52页 |
| ·坛紫菜线粒体 rRNA 基因 | 第51-52页 |
| ·条斑紫菜线粒体 rRNA 基因 | 第52页 |
| ·tRNA 基因 | 第52-53页 |
| ·坛紫菜线粒体 tRNA 基因 | 第52页 |
| ·条斑紫菜线粒体 tRNA 基因 | 第52-53页 |
| ·复制起点预测 | 第53-56页 |
| ·坛紫菜线粒体复制起点的预测 | 第53-54页 |
| ·条斑紫菜线粒体复制起点的预测 | 第54-56页 |
| ·紫菜线粒体基因组的比较分析 | 第56-59页 |
| 4 讨论 | 第59-63页 |
| ·紫菜线粒体基因组的比较分析 | 第59-61页 |
| ·复制起点预测 | 第61-63页 |
| 第三章 红藻线粒体基因组比较基因组学和系统发育研究 | 第63-72页 |
| 1 材料与方法 | 第63-64页 |
| ·数据来源 | 第63页 |
| ·方法 | 第63-64页 |
| 2 结果 | 第64-70页 |
| ·红藻线粒体基因组的比较分析 | 第64-66页 |
| ·红藻分子系统发生分析 | 第66-70页 |
| 3 讨论 | 第70-72页 |
| ·红藻线粒体基因组的比较分析 | 第70页 |
| ·红藻门的系统发生 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-80页 |
| 附录 | 第80-89页 |
| 致谢 | 第89页 |