| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-24页 |
| ·大丽轮枝菌分泌蛋白致病性研究进展 | 第13-14页 |
| ·植物细胞壁降解酶 | 第13页 |
| ·毒素蛋白 | 第13-14页 |
| ·研究植物病原性真菌分泌蛋白的方法 | 第14-16页 |
| ·蛋白质组学研究方法 | 第14-15页 |
| ·通过功能基因组学研究方法 | 第15-16页 |
| ·真菌基因敲除研究进展 | 第16-23页 |
| ·基因敲除质粒构建方法 | 第17-20页 |
| ·基因敲除常用的转化体系 | 第20-22页 |
| ·基因敲除转化子的筛选方法 | 第22-23页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 高效大丽轮枝菌基因敲除质粒的构建方法 | 第24-35页 |
| ·材料 | 第24-25页 |
| ·菌株与质粒 | 第24页 |
| ·试剂仪器 | 第24-25页 |
| ·方法 | 第25-30页 |
| ·大丽轮枝菌基因组DNA 的提取 | 第25页 |
| ·靶标基因同源重组片段的构建 | 第25-28页 |
| ·靶标基因同源重组片段与基因敲除载体pGK02-Gateway 连接 | 第28-29页 |
| ·重组质粒的转化、筛选 | 第29页 |
| ·重组质粒提取及测序 | 第29-30页 |
| ·结果 | 第30-32页 |
| ·ADE4和ChsV同源重组片段的构建 | 第30-31页 |
| ·ADE4和ChsV基因敲除质粒的获得 | 第31-32页 |
| ·讨论 | 第32-35页 |
| ·融合PCR 技术 | 第33页 |
| ·Gateway 技术 | 第33-35页 |
| 第三章 高效筛选基因敲除突变体方法的建立 | 第35-47页 |
| ·材料 | 第35-36页 |
| ·菌株和质粒 | 第35页 |
| ·试剂和仪器 | 第35-36页 |
| ·方法 | 第36-41页 |
| ·质粒pBHt2-tk（T-DNA 中带有致死基因HSVtk）转化农杆菌 | 第36页 |
| ·致死基因HSVtk 经农杆菌T-DNA 介导插入大丽轮枝菌基因组 | 第36-37页 |
| ·插入突变体△tk 对F2dU 的敏感性测试 | 第37页 |
| ·基因敲除载体转化大丽轮枝菌 | 第37页 |
| ·基因敲除转化子的筛选 | 第37页 |
| ·候选基因敲除转化子的分子生物学验证--基因组水平 | 第37-38页 |
| ·候选基因敲除转化子的分子生物学验证--转录水平 | 第38-40页 |
| ·ADE4 基因敲除突变体的表型分析 | 第40-41页 |
| ·ChsV 基因敲除突变体的表型验证 | 第41页 |
| ·结果 | 第41-46页 |
| ·添加50 μmol/L F2dU 有助于转化子的“反向筛选” | 第41-42页 |
| ·ADE4 和ChsV 候选基因敲除转化子的获得 | 第42-43页 |
| ·分子生物学证据支持ADE4 和ChsV 基因敲除突变体的成功构建 | 第43-44页 |
| ·生物学表型验证支持ADE4 和ChsV 基因敲除突变体的成功构建 | 第44-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| 第四章 大丽轮枝菌（V. dahliae VdLs.17）分泌组预测方法的建立及初步分析 | 第47-62页 |
| ·材料 | 第47页 |
| ·方法 | 第47-49页 |
| ·大丽轮枝菌全基因组分泌蛋白预测及染色体定位分析 | 第47-48页 |
| ·分泌蛋白的信号肽分析 | 第48页 |
| ·果胶酶与纤维素酶预测 | 第48-49页 |
| ·病原菌寄主互作蛋白的预测 | 第49页 |
| ·含有RxLx[EDQ]模体蛋白的预测 | 第49页 |
| ·富含半胱氨酸的小分子量分泌蛋白的预测 | 第49页 |
| ·大丽轮枝菌特有分泌蛋白分析 | 第49页 |
| ·结果 | 第49-59页 |
| ·大丽轮枝菌分泌蛋白预测 | 第49-51页 |
| ·信号肽长度分析 | 第51页 |
| ·信号肽的氨基酸组成分析 | 第51-52页 |
| ·信号肽C 区特性分析 | 第52页 |
| ·分泌蛋白中的果胶酶与纤维素酶 | 第52-54页 |
| ·病原菌寄主互作蛋白分析 | 第54页 |
| ·含RxLx[EDQ]模体蛋白分析 | 第54-56页 |
| ·富含半胱氨酸的小分子量分泌蛋白分析 | 第56-58页 |
| ·大丽轮枝菌分泌组特有蛋白分析 | 第58-59页 |
| ·讨论 | 第59-62页 |
| ·大丽轮枝菌分泌蛋白预测方法的改进 | 第59-60页 |
| ·大丽轮枝菌分泌组中潜在的致病性蛋白的挖掘 | 第60-62页 |
| 第五章 强毒力菌株（Vd991）相对弱毒力菌株（Vd114）特有分泌蛋白的功能验证 | 第62-80页 |
| ·材料 | 第62页 |
| ·基因组数据 | 第62页 |
| ·实验材料 | 第62页 |
| ·方法 | 第62-67页 |
| ·Vd114与Vd991基因组原始Solexa数据的获得 | 第62-63页 |
| ·基因组数据的组装 | 第63页 |
| ·Vd114与Vd991全基因组基因的详细注释 | 第63页 |
| ·Vd114与Vd991中分泌蛋白预测 | 第63页 |
| ·Vd114与Vd991差异分泌蛋白预测 | 第63-64页 |
| ·Vd114与Vd991差异分泌蛋白的PCR 验证 | 第64-65页 |
| ·Vd991特有分泌蛋白的突变体构建 | 第65-66页 |
| ·突变体的生长速率测定 | 第66-67页 |
| ·突变体的产孢量测定 | 第67页 |
| ·突变体的致病性实验 | 第67页 |
| ·病情指数的调查和统计 | 第67页 |
| ·结果 | 第67-78页 |
| ·基因组原始序列的产生 | 第67-68页 |
| ·基因组数据的组装 | 第68-69页 |
| ·基因组的功能注释 | 第69页 |
| ·分泌蛋白预测 | 第69页 |
| ·Vd991相对Vd114特有分泌蛋白的序列分析 | 第69-74页 |
| ·Vd991特异性分泌蛋白的生物信息学分析 | 第74-75页 |
| ·突变体的构建 | 第75-77页 |
| ·突变体的生长速率和产孢量分析 | 第77-78页 |
| ·突变体致病性分析 | 第78页 |
| ·讨论 | 第78-80页 |
| 第六章 大丽轮枝菌一个分泌系统蛋白VdLHS的功能验证 | 第80-94页 |
| ·材料 | 第80-81页 |
| ·试剂 | 第80页 |
| ·主要仪器 | 第80-81页 |
| ·方法 | 第81-86页 |
| ·大丽轮枝菌中LHS基因序列的获得 | 第81-83页 |
| ·大丽轮枝菌中VdLHS系统发育分析 | 第83-84页 |
| ·LHS 基因缺失的大丽轮枝菌△Lhs的构建 | 第84页 |
| ·突变体△Lhs在不同培养基上的生长速率测定 | 第84-85页 |
| ·突变体△Lhs产胞外分泌蛋白能力分析 | 第85页 |
| ·突变体△Lhs 的致病性鉴定 | 第85-86页 |
| ·结果 | 第86-92页 |
| ·Vd991中LHS基因的克隆 | 第86-87页 |
| ·VdLHS 蛋白在不同真菌中的系统发育关系 | 第87-88页 |
| ·LHS 基因缺失的大丽轮枝菌△Lhs的构建 | 第88-89页 |
| ·突变体△Lhs产胞外分泌蛋白能力较野生型菌株显著下降 | 第89-91页 |
| ·突变体△Lhs致病性显著下降 | 第91-92页 |
| ·讨论 | 第92-94页 |
| 第七章 全文结论 | 第94-96页 |
| ·成功构建大丽轮枝菌高效的基因敲除体系 | 第94页 |
| ·成功构建分泌蛋白预测模型并用于比较基因组学分析 | 第94-95页 |
| ·分泌系统（secretion system）蛋白基因VdLHS 可做为防治棉花黄萎病的一个潜在生物学靶点 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 作者简历 | 第107页 |
