| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-24页 |
| 1 生物信息学简介 | 第11-17页 |
| ·生物信息学及其产生 | 第11页 |
| ·生物信息学研究内容 | 第11-15页 |
| ·生物分子数据的收集与管理 | 第12页 |
| ·数据库搜索及序列比较 | 第12-13页 |
| ·基因组序列分析 | 第13-14页 |
| ·基因表达数据的分析与处理 | 第14页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第14-15页 |
| ·生物信息学研究的基本方法 | 第15-16页 |
| ·建立生物数据库 | 第15页 |
| ·数据库检索 | 第15页 |
| ·序列分析 | 第15页 |
| ·统计模型 | 第15-16页 |
| ·算法 | 第16页 |
| ·PERL、BIOPERL 与生物信息学 | 第16-17页 |
| ·Perl 简介 | 第16页 |
| ·Bioperl 简介 | 第16-17页 |
| 2. 表达序列标签(EST)的研究进展 | 第17-22页 |
| ·EST 技术的原理和方法 | 第17-19页 |
| ·EST 技术的形成 | 第18页 |
| ·EST 数据库的建立 | 第18-19页 |
| ·EST 序列的分析 | 第19页 |
| ·EST 技术与功能基因组学 | 第19-20页 |
| ·EST 技术与比较基因组学 | 第20页 |
| ·EST 技术与生物信息学 | 第20页 |
| ·EST 在林木研究中的应用 | 第20-22页 |
| ·EST 技术的不足之处及解决策略 | 第22页 |
| 3 本研究的目的与意义 | 第22-24页 |
| 第二章 林木 EST 数据分析系统的构建 | 第24-44页 |
| 1 系统的总体设计 | 第24-26页 |
| 2.E ST 序列自动聚类拼接子系统的构建 | 第26-29页 |
| ·软件包的获取及安装 | 第26-27页 |
| ·序列生成过程及相应设置 | 第27页 |
| ·测序峰图判读及读取有效序列 | 第27页 |
| ·短片段重复序列去除 | 第27页 |
| ·序列自动拼接 | 第27页 |
| ·聚类拼接系统自动化的实现 | 第27-29页 |
| ·相应分析软件的比较 | 第29页 |
| 3. 本地化 BLAST 自动分析子系统的构建 | 第29-41页 |
| ·BLAST 软件的获得及安装 | 第30页 |
| ·检索数据库的准备 | 第30-33页 |
| ·下载混合数据库 | 第31页 |
| ·数据库的解压缩 | 第31页 |
| ·数据文件格式 | 第31-32页 |
| ·过滤程序算法描述 | 第32页 |
| ·分离混合数据库中指定物种的序列 | 第32页 |
| ·数据库格式化 | 第32-33页 |
| ·获取数据库已知序列 | 第33页 |
| ·命令行方式本地化 BLAST 系统的使用 | 第33-37页 |
| ·序列同源性分析自动化程序的分析与实现 | 第37-40页 |
| ·自动 GO 功能分类的实现 | 第40-41页 |
| 4 EST-SSR 分子标记开发子系统的构建 | 第41-42页 |
| ·构建 EST-SSR 分子标记开发子系统的必要性 | 第41页 |
| ·EST-SSR 分子标记开发子系统的构建 | 第41-42页 |
| 5 EST-SNP 分子标记开发子系统的构建 | 第42-43页 |
| ·构建 EST-SNP 分子标记开发子系统的必要性 | 第42页 |
| ·EST-SNP 分子标记开发子系统的构建 | 第42-43页 |
| 6 系统数据更新 | 第43页 |
| 7 EST 序列数据分析平台特点 | 第43页 |
| 8 实验室专业网站的建立 | 第43-44页 |
| 第三章 杉木 EST 数据分析 | 第44-54页 |
| 1 EST 数据的生物信息学分析方法 | 第44-46页 |
| ·EST 数据的初步处理 | 第44-45页 |
| ·聚类前处理 | 第44页 |
| ·聚类 | 第44-45页 |
| ·拼接 | 第45页 |
| ·EST 数据注释 | 第45-46页 |
| ·DIGITAL NORTHERN 分析 | 第46页 |
| ·从EST 中开发 SSR 标记 | 第46页 |
| ·目的基因的查找与分析 | 第46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-54页 |
| ·EST 数据的初步处理结果 | 第46-48页 |
| ·BLASTN 注释结果 | 第48-49页 |
| ·BLASTX 注释结果 | 第49-50页 |
| ·DIGITAL NORTHERN 分析结果 | 第50-51页 |
| ·从EST 中开发SSR 标记结果 | 第51-53页 |
| ·目的基因的查找与分析结果 | 第53-54页 |
| 第四章 杉木 CCOAOMT 蛋白的生物信息学分析与同源模建 | 第54-61页 |
| 1 材料与方法 | 第54-55页 |
| ·材料 | 第54页 |
| ·CCOAOMT 蛋白一级结构分析 | 第54页 |
| ·CCOAOMT 蛋白二级结构分析 | 第54-55页 |
| ·CCOAOMT 蛋白三级结构分析 | 第55页 |
| ２结果与分析 | 第55-61页 |
| ·杉木CCOAOMT 蛋白的氨基酸组成特性 | 第55-57页 |
| ·杉木与欧洲云杉、拟南芥、水稻 CCOAOMT 蛋白等电点的预测及对比.. | 第57-58页 |
| ·杉木 CCOAOMT 蛋白的亲/疏水性分析 | 第58页 |
| ·杉木CCOAOMT 蛋白的二级结构分析 | 第58-59页 |
| ·杉木CCOAOMT 蛋白的三级结构分析 | 第59-61页 |
| 第五章 结论与讨论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 附录 | 第70-72页 |
| 攻读硕士学位期间发表和待发表的学术论文 | 第72页 |
