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基于生物信息学的冷休克结构域蛋白家族进化研究

中文摘要第1-4页
Abstract第4-8页
第一章 基因与基因组进化研究中的生物信息学第8-13页
   ·生物信息学概述第8页
   ·比较基因组学与进化基因组学第8-10页
     ·比较基因组学与生物进化第9页
     ·进化基因组学与生物进化第9-10页
   ·基因家族进化研究中的若干概念简述第10-13页
     ·基因家族与蛋白质家族第10-11页
     ·系统发生分析与系统发生树第11页
     ·基因或蛋白家族分析方法和步骤第11-12页
     ·基因家族进化研究中存在的问题第12-13页
第二章 冷休克结构域蛋白家族研究进展第13-22页
   ·原核生物冷休克蛋白对低温环境的应答第13-14页
   ·真核生物冷休克结构域蛋白的研究第14-20页
     ·无脊椎动物Y-box蛋白的研究第15-16页
     ·脊椎动物Y-box蛋白的研究第16-17页
     ·人类YB-1蛋白对肿瘤发生的影响第17-20页
   ·植物冷休克蛋白对低温环境的应答第20-22页
第三章 日本七鳃鳗口腔腺Y-box基因Lyb的克隆第22-30页
   ·材料和方法第22-24页
     ·材料第22页
     ·方法第22-24页
   ·结果第24-28页
     ·日本七鳃鳗总RNA的提取和Y-box基因CSD区域的克隆第24页
     ·3'、5'RACE克隆产物第24-25页
     ·日本七鳃鳗Y-box结合蛋白基因的全长序列第25-26页
     ·蛋白质的功能位点分析第26页
     ·蛋白质序列多重比对和进化树的构建第26-28页
   ·讨论第28-30页
第四章 冷休克结构域蛋白超家族的分子进化及其起源机制的探讨第30-43页
   ·数据的获得第30页
   ·分析方法第30-31页
   ·结果第31-42页
     ·Y-box基因家族成员的聚类第31-36页
     ·保守基序motif的分析第36页
     ·Y-box基因3'和5'非翻译区(untranslated region)序列分析第36-38页
     ·Y-box基因家族的内含子系统发育分析第38-42页
   ·Y-box基因家族的进化模型第42-43页
第五章 全文小结第43-46页
参考文献第46-53页
附录第53-66页
 附录 1:文章中所选物种一览表第53-56页
 附录 2:基因结构示意图第56-59页
 附录 3:氨基酸保守序列motif的MEME分析结果示意图第59-64页
 附录 4:具有CPE功能元件物种的3'UTR序列做的同源比对第64-65页
 附录 5:具有IRES功能元件物种的3'UTR序列做的同源比对第65-66页
致谢第66-67页
研究成果及学术论文第67页
个人简历第67-68页

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