| 摘要 | 第2-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-38页 |
| 1.1 前言 | 第15-16页 |
| 1.2 野生小家鼠来源1号染色体替换品系是复杂性状研究的优势资源 | 第16-18页 |
| 1.2.1 现有实验小鼠在复杂性状研究中的瓶颈问题 | 第16页 |
| 1.2.2 野生小家鼠是复杂性状研究的重要遗传资源 | 第16-17页 |
| 1.2.3 野生小家鼠来源1号染色体替换系群体 | 第17页 |
| 1.2.4 PCSS群体是QTL精细定位和相关基因定位克隆优势资源 | 第17-18页 |
| 1.3 小鼠在复杂性状研究中的进展 | 第18-28页 |
| 1.3.1 小鼠简介 | 第18页 |
| 1.3.2 近交系小鼠 | 第18-19页 |
| 1.3.2.1 多数近交系小鼠祖先来源单一 | 第18-19页 |
| 1.3.2.2 部分实验室近交系小鼠的多祖先起源 | 第19页 |
| 1.3.3 近交系小鼠在复杂性状中的研究策略 | 第19-23页 |
| 1.3.3.1 重组近交系 | 第19-20页 |
| 1.3.3.2 重组同类系 | 第20页 |
| 1.3.3.3 同类系 | 第20-21页 |
| 1.3.3.4 小鼠染色体替换品系 | 第21页 |
| 1.3.3.5 超大规模重组近交系 | 第21-23页 |
| 1.3.3.6 种间重组近交系 | 第23页 |
| 1.3.4 二代测序技术与小鼠遗传学研究 | 第23-27页 |
| 1.3.4.1 DNA测序技术的研究进展 | 第23-24页 |
| 1.3.4.2 Illumina二代测序技术 | 第24页 |
| 1.3.4.3 DNA测序技术的应用 | 第24-25页 |
| 1.3.4.4 小鼠基因组计划 | 第25-27页 |
| 1.3.4.4.1 大规模数据分析 | 第26页 |
| 1.3.4.4.2 可视化数据库 | 第26-27页 |
| 1.3.5 小鼠表型检测研究 | 第27-28页 |
| 1.3.5.1 EUMODIC的表型检测 | 第27页 |
| 1.3.5.2 SANGER-MGP的表型检测 | 第27-28页 |
| 1.4 本课题研究的背景、内容和意义 | 第28-30页 |
| 参考文献 | 第30-38页 |
| 第二章 构建野生小家鼠来源1号染色体替换系群体 | 第38-56页 |
| 2.1 引言 | 第38-39页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第39-43页 |
| 2.2.1 材料、药品及试剂 | 第39页 |
| 2.2.2 常用试剂配制 | 第39-40页 |
| 2.2.3 小鼠基因组DNA的制备 | 第40页 |
| 2.2.4 DNA测序 | 第40-41页 |
| 2.2.5 引物探针设计 | 第41页 |
| 2.2.6 PCR-LDR分型方案 | 第41页 |
| 2.2.7 基于cPCR的CNV检测方案 | 第41-43页 |
| 2.2.7.1 构建克隆质粒竞争性模板 | 第41-42页 |
| 2.2.7.2 质粒抽提、酶切及纯化 | 第42-43页 |
| 2.2.7.3 两步cPCR，aCGH，毛细管电泳和拷贝数分析 | 第43页 |
| 2.2.8 全基因组扫描 | 第43页 |
| 2.2.9 序列分析软件及程序 | 第43页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第43-53页 |
| 2.3.1 PCR-LDR分型方案用于PCSSs群体的构建 | 第43-44页 |
| 2.3.2 染色体工程小鼠的CNVs检测 | 第44-47页 |
| 2.3.2.1 质粒和DNA抽提及质量鉴定 | 第44-45页 |
| 2.3.2.2 CNVs位点验证 | 第45-46页 |
| 2.3.2.3 通用荧光多重cPCR检测方案 | 第46页 |
| 2.3.2.4 N7代样本CNV检测 | 第46-47页 |
| 2.3.3 染色体工程小鼠全基因组芯片扫描 | 第47-51页 |
| 2.3.4 N7代自交获得纯系PCSS群体 | 第51-52页 |
| 2.3.5 全基因组芯片扫描鉴定自交纯系 | 第52-53页 |
| 本章小结 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-56页 |
| 第三章 野生小家鼠来源PCSS群体的全基因组测序及分析 | 第56-77页 |
| 3.1 前言 | 第56-57页 |
| 3.2 实验材料和方法 | 第57-58页 |
| 3.2.1 小鼠饲养 | 第57页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第57-58页 |
| 3.3 结果分析与讨论 | 第58-75页 |
| 3.3.1 DNA抽提及质量检测 | 第58页 |
| 3.3.2 DNA测序分析 | 第58-61页 |
| 3.3.2.1 DNA测序数据统计及质控 | 第58-60页 |
| 3.3.2.2 比对分析 | 第60-61页 |
| 3.3.3 野生小家鼠来源1号染色体上遗传信息的丢失 | 第61-62页 |
| 3.3.4 遗传多样性分析 | 第62-67页 |
| 3.3.4.1 单核苷酸多态性 | 第62页 |
| 3.3.4.2 多核苷酸多态性 | 第62-63页 |
| 3.3.4.3 InDel | 第63-64页 |
| 3.3.4.4 复杂序列突变 | 第64页 |
| 3.3.4.5 倒位突变 | 第64页 |
| 3.3.4.6 缺失 | 第64-65页 |
| 3.3.4.7 重复 | 第65-67页 |
| 3.3.5 1号染色体纯合度 | 第67页 |
| 3.3.6 基因组背景纯度 | 第67-70页 |
| 3.3.7 功能注释 | 第70-72页 |
| 3.3.8 遗传结构分析 | 第72-75页 |
| 本章小结 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-77页 |
| 第四章 野生小家鼠来源1号染色体替换系品系表型数据的采集及初步分析 | 第77-88页 |
| 4.1 引言 | 第77页 |
| 4.2 实验材料和方法 | 第77-79页 |
| 4.2.1 材料药品和试剂 | 第77页 |
| 4.2.2 实验仪器及设备 | 第77-78页 |
| 4.2.3 实验方法 | 第78-79页 |
| 4.3 实验结果 | 第79-86页 |
| 4.3.1 小鼠样本信息 | 第79页 |
| 4.3.2 小鼠生长发育表型 | 第79-82页 |
| 4.3.2.1 体重 | 第79页 |
| 4.3.2.2 体长 | 第79-81页 |
| 4.3.2.3 尾长 | 第81页 |
| 4.3.2.4 小鼠发育表型 | 第81-82页 |
| 4.3.3 脏器重量 | 第82-83页 |
| 4.3.4 血液生化检测结果 | 第83-86页 |
| 4.3.5 表型数据库 | 第86页 |
| 本章小结 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-88页 |
| 第五章 结论与展望 | 第88-91页 |
| 附表 | 第91-97页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第97-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
