| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-35页 |
| 1 水生动物遗传图谱的构建 | 第14-18页 |
| ·作图原理 | 第15页 |
| ·遗传图谱的构建 | 第15-16页 |
| ·遗传图谱的应用 | 第16-17页 |
| ·水生动物遗传图谱构建的进展 | 第17-18页 |
| 2 多基因家族协同进化的研究 | 第18-24页 |
| ·多基因家族协同进化现象的发现 | 第19-20页 |
| ·协同进化的主要机制 | 第20-22页 |
| ·协同进化的生物学意义 | 第22-23页 |
| ·协同进化机制的研究进展 | 第23-24页 |
| 3 RNA 二级结构与分子系统学 | 第24-27页 |
| ·RNA 的二级结构单元 | 第24-25页 |
| ·RNA 二级结构的预测 | 第25页 |
| ·RNA 二级结构在分子系统学研究中的应用 | 第25-27页 |
| 4 转座元件的研究进展 | 第27-35页 |
| ·转座子的主要类型 | 第27-28页 |
| ·反转座元件的起源 | 第28-29页 |
| ·反转座的机制 | 第29-30页 |
| ·转座子的转座调控 | 第30页 |
| ·转座子的应用 | 第30-35页 |
| 第二章 栉孔扇贝 AFLP 遗传连锁图谱的构建 | 第35-47页 |
| 引言 | 第35-36页 |
| 1 材料与方法 | 第36-38页 |
| ·动物材料 | 第36页 |
| ·DNA 提取 | 第36页 |
| ·AFLP 分析 | 第36页 |
| ·数据统计和标记的命名 | 第36页 |
| ·分离分析 | 第36-37页 |
| ·连锁分析 | 第37页 |
| ·图谱长度和覆盖率 | 第37页 |
| ·AFLP 标记的分布 | 第37-38页 |
| 2 结果 | 第38-43页 |
| ·栉孔扇贝AFLP 标记的多样性水平 | 第38-39页 |
| ·分离分析 | 第39-40页 |
| ·连锁图谱的构建 | 第40-42页 |
| ·图谱的长度和覆盖率 | 第42-43页 |
| ·AFLP 标记的分布 | 第43页 |
| 3 讨论 | 第43-47页 |
| ·栉孔扇贝AFLP 标记多样性水平 | 第43-44页 |
| ·标记的偏分离现象 | 第44页 |
| ·栉孔扇贝AFLP 标记的遗传作图 | 第44-45页 |
| ·图谱的长度和覆盖率 | 第45页 |
| ·AFLP 标记的分布 | 第45页 |
| ·AFLP 标记在栉孔扇贝遗传育种中的应用 | 第45-47页 |
| 第三章 栉孔扇贝rDNA 家族协同进化机制的研究 | 第47-66页 |
| 第一节 栉孔扇贝rDNA 家族在自然群体内的动态协同进化模式 | 第47-56页 |
| 引言 | 第47-48页 |
| 1 材料与方法 | 第48-49页 |
| ·扇贝材料，DNA 提取和精子分离 | 第48页 |
| ·PCR 扩增，克隆，测序和序列比对 | 第48页 |
| ·DHPLC 分析 | 第48-49页 |
| 2 结果 | 第49-52页 |
| ·自然群体40 个个体ITS 序列的indel 多态性 | 第49页 |
| ·不同峰型个体ITS 序列的indel 多态性 | 第49-51页 |
| ·不同峰型个体单精子ITS 序列的indel 多态性 | 第51-52页 |
| 3 讨论 | 第52-56页 |
| ·应用DHPLC 系统检测ITS 序列indel 多态性 | 第52页 |
| ·快速的染色体内重组驱动rDNA 阵列的均质化 | 第52-53页 |
| ·rDNA 家族均质化过程中的染色体间重组 | 第53-54页 |
| ·栉孔扇贝自然群体rDNA 家族协同进化的模式图 | 第54-56页 |
| 第二节 栉海杂交扇贝（Chlamys farreri ♀× Argopecten irradians ♂）早期发育过程中rDNA 家族由偏向性基因转变介导的快速协同进化 | 第56-66页 |
| 引言 | 第56-57页 |
| 1 材料与方法 | 第57-58页 |
| ·扇贝材料 | 第57页 |
| ·DNA 的提取 | 第57页 |
| ·PCR 扩增 | 第57页 |
| ·PCR-RFLP 分析 | 第57页 |
| ·克隆，测序及序列比对 | 第57-58页 |
| ·染色体制备，FISH 和GISH 分析 | 第58页 |
| 2 结果 | 第58-62页 |
| ·利用PCR-RFLP 技术分析早期发育阶段杂交幼虫的ITS 组成 | 第58-59页 |
| ·应用FISH 技术对杂种子代中双亲ITS 序列进行染色体定位 | 第59-60页 |
| ·应用PCR-RFLP 技术鉴别杂种中的ITS 重组子和潜在的重组区 | 第60-62页 |
| 3 讨论 | 第62-66页 |
| ·位点特异性重组和双链断裂模型(DSBs) | 第63-64页 |
| ·偏向性的基因转变 | 第64页 |
| ·偏向性基因转变的速率与有丝分裂 | 第64页 |
| ·非同源染色体间的基因转变 | 第64-66页 |
| 第四章 栉孔扇贝与扇贝科其它7 种扇贝 ITS1 二级结构的系统进化与结构进化分析 | 第66-76页 |
| 引言 | 第66-67页 |
| 1 材料与方法 | 第67-69页 |
| ·序列 | 第67页 |
| ·基于序列比对结果的系统推断 | 第67-68页 |
| ·基于二级结构比对结果的系统推断 | 第68页 |
| ·预测ITS1 二级结构中的结构域和结构模序 | 第68-69页 |
| 2 结果 | 第69-73页 |
| ·基于序列比对结果的系统推断 | 第69-70页 |
| ·基于结构比对结果的系统推断 | 第70-72页 |
| ·ITS1 二级结构上的结构域和结构模序 | 第72-73页 |
| 3 讨论 | 第73-76页 |
| ·基于序列比对和结构比对结果的系统推断 | 第73-75页 |
| ·扇贝科ITS1 的结构进化 | 第75-76页 |
| 第五章 栉孔扇贝和虾夷扇贝 Ty3/Gypsy 类群 Mag 系反转座子 CFG1 和 PYG1的克隆与特性分析 | 第76-88页 |
| 引言 | 第76-77页 |
| 1 材料与方法 | 第77-80页 |
| ·CFG1 和PYG1 元件的克隆 | 第77页 |
| ·序列分析及系统发生推断 | 第77-78页 |
| ·反转录酶（RT）的3D 结构建模 | 第78页 |
| ·实时RT-PCR 分析CFG1 元件mRNA 的差异表达 | 第78-79页 |
| ·估算CFG1 元件在基因组内的拷贝数目 | 第79页 |
| ·CFG1 元件启动子和编码区的甲基化分析 | 第79-80页 |
| 2 结果与讨论 | 第80-88页 |
| ·CFG1 和PYG1 元件的序列特征和系统发生分析 | 第80-84页 |
| ·CFG1、PYG1 和其它Mag 系元件RT 域的3D 结构 | 第84-85页 |
| ·实时RT-PCR 分析CFG1 元件mRNA 的差异表达 | 第85页 |
| ·估算CFG1 基因组内拷贝数目 | 第85-86页 |
| ·CFG1 元件启动子和编码区的甲基化状态 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-106页 |
| 学术成果 | 第106-109页 |
| 致谢 | 第109页 |
