| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-17页 |
| ·病原微生物比较基因组学 | 第10页 |
| ·病原微生物比较基因组学研究进展 | 第10-13页 |
| ·毒力岛(Pathogenicity Islands) | 第11页 |
| ·基因组减少(Genome Reduction) | 第11-12页 |
| ·基因组重排(Genomic rearrangement) | 第12-13页 |
| ·论文的研究工作 | 第13-17页 |
| ·微生物比较基因组的生物信息学方法 | 第13-14页 |
| ·基因岛的研究在两株猪链球菌菌株的比较基因组分析中的应用 | 第14页 |
| ·序列多态的研究在两株表皮葡萄球菌的比较基因组分析中的应用 | 第14-15页 |
| ·序列多态的研究在酿酒酵母 YJM789 菌株的比较基因组分析中的应用 | 第15-17页 |
| 第二章 微生物比较基因组分析方法 | 第17-25页 |
| ·基因组注释 | 第18-19页 |
| ·基因预测 | 第18页 |
| ·基因注释 | 第18-19页 |
| ·.其它注释分析 | 第19页 |
| ·全基因组序列的比较分析 | 第19-22页 |
| ·全局比对 | 第19-21页 |
| ·基因岛的检测 | 第21-22页 |
| ·全基因组基因的比较分析 | 第22-25页 |
| ·局部比对（local alignment） | 第22-23页 |
| ·gene 的相关分析 | 第23-25页 |
| 第三章 基因岛－两株猪链球菌菌株的比较基因组分析 | 第25-41页 |
| ·本章摘要 | 第25页 |
| ·猪链球菌介绍 | 第25-27页 |
| ·猪链球菌比较分析结果 | 第27-36页 |
| ·基因组总体结构和特征 | 第27-30页 |
| ·基因功能分类 | 第30-32页 |
| ·毒性因子 | 第32-34页 |
| ·基因岛与菌株特异的基因 | 第34-35页 |
| ·蛋白质相互作用的结果 | 第35页 |
| ·代谢途径分析结果 | 第35-36页 |
| ·猪链球菌分析结果讨论 | 第36-39页 |
| ·功能分类结果讨论 | 第36-38页 |
| ·病理分析结果的讨论 | 第38-39页 |
| ·猪链球菌的分析展望 | 第39-41页 |
| 第四章 序列多态I－两株表皮葡萄球菌的比较基因组分析 | 第41-56页 |
| ·本章摘要 | 第41-42页 |
| ·表皮葡萄球菌介绍 | 第42-43页 |
| ·表皮葡萄球菌RP62A 与ATCC1228 比较基因组分析结果 | 第43-52页 |
| ·表皮葡萄球菌PR62A 与ATCC1228 之间的序列多态 | 第43-45页 |
| ·与致病性相关的基因与高表达的基因进化模式不同 | 第45-47页 |
| ·可能在致病过程中起作用的基因 | 第47-52页 |
| ·结果讨论 | 第52-54页 |
| ·结论与展望 | 第54-56页 |
| 第五章 序列多态II－酿酒酵母YJM789 菌株的比较基因组分析 | 第56-67页 |
| ·本章摘要 | 第56页 |
| ·酿酒酵母（S. cerevisiae）YJM789 菌株 | 第56-57页 |
| ·酿酒酒酵母YJM789 与S288c 菌株基因组比较分析结果 | 第57-65页 |
| ·YJM789 基因组测序和与S288c 的基因组比较 | 第57页 |
| ·YJM789 基因预测与分析 | 第57-58页 |
| ·基因组的翻转（inversion）和移位（translocation） | 第58-59页 |
| ·单核苷酸多态 | 第59-60页 |
| ·基因渗入 | 第60-61页 |
| ·高多态性的基因 | 第61-63页 |
| ·插入缺失 | 第63页 |
| ·导致表型差异的序列多态 | 第63-65页 |
| ·线粒体基因组 | 第65页 |
| ·总结与展望 | 第65-67页 |
| 第六章 讨论与展望 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-80页 |
| 攻读博士学位期间发表及完成的论文目录 | 第80-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
