| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-30页 |
| 1 微生物基因组学 | 第15-22页 |
| ·微生物基因组学的发展历史 | 第15-16页 |
| ·微生物基因组学的研究现状 | 第16-18页 |
| ·微生物基因组学研究的内容 | 第18-20页 |
| ·微生物基因组学相关分析方法 | 第20-21页 |
| ·微生物基因组学面临的问题与机遇 | 第21-22页 |
| 2 芽孢杆菌属和类芽孢杆菌属基因组研究现状 | 第22-25页 |
| ·芽孢杆菌属基因组研究现状 | 第22-23页 |
| ·类芽孢杆菌属基因组研究现状 | 第23-25页 |
| 3 胶质类芽孢杆菌研究进展 | 第25-29页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的生物学特性 | 第25-26页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的发现与命名 | 第25-26页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的形态学特征 | 第26页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的功能及作用机理 | 第26-29页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的溶磷解钾功能及其机理 | 第26-27页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的固氮作用 | 第27页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的促生长作用 | 第27-28页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的吸附作用 | 第28-29页 |
| 4 课题的立题依据及意义 | 第29-30页 |
| 第二章 Paenibacillus mucilaginosus KNP414 基因组测序与组装 | 第30-48页 |
| 1 材料 | 第30-31页 |
| ·菌株 | 第30页 |
| ·主要试剂 | 第30-31页 |
| ·主要仪器 | 第31页 |
| 2 方法 | 第31-38页 |
| ·菌株培养及总基因组的提取 | 第31-32页 |
| ·基因组文库的构建及测序 | 第32-34页 |
| ·Paired-End 基因组文库的构建 | 第32页 |
| ·Mate-Paired 基因组文库构建步骤 | 第32-33页 |
| ·基因组文库质量的检测 | 第33-34页 |
| ·基因组文库的测序 | 第34页 |
| ·基因组的组装 | 第34-38页 |
| ·原始数据的预处理 | 第35页 |
| ·基因组的初步组装 | 第35页 |
| ·RNA 基因簇的获得及定位 | 第35-37页 |
| ·组装质量的验证 | 第37-38页 |
| ·全基因组质量的评估 | 第38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-46页 |
| ·基因组的提取 | 第38-39页 |
| ·基因组文库的构建 | 第39-41页 |
| ·Paired-End 基因组文库的构建 | 第39页 |
| ·Mate-Paired 基因组文库的构建 | 第39-41页 |
| ·基因组的片段化 | 第39-40页 |
| ·基因组文库的扩增 | 第40-41页 |
| ·基因组文库质量的检测 | 第41页 |
| ·基因组的组装 | 第41-44页 |
| ·原始数据的预处理 | 第41-42页 |
| ·基因组组装结果 | 第42-44页 |
| ·全基因组的质量评估 | 第44-46页 |
| ·基因组的覆盖度 | 第44页 |
| ·插入长度分布 | 第44-45页 |
| ·实验验证 | 第45-46页 |
| 4 讨论 | 第46-48页 |
| 第三章 Paenibacillus mucilaginosus KNP414 基因组的初步分析 | 第48-84页 |
| 1 材料 | 第48页 |
| ·主要分析软件 | 第48页 |
| 2 方法 | 第48-50页 |
| ·基因组ORF 的预测与注解 | 第48-49页 |
| ·重复序列的预测与注解 | 第49页 |
| ·代谢途径分析 | 第49页 |
| ·比较基因组学分析 | 第49-50页 |
| 3 结果与分析 | 第50-82页 |
| ·KNP414 基因组总体概况 | 第50-58页 |
| ·密码子偏好性分析 | 第51-52页 |
| ·RNA 预测与分析 | 第52-54页 |
| ·tRNA 预测与分析 | 第52页 |
| ·rRNA 预测与分析 | 第52-54页 |
| ·重复序列的预测与分析 | 第54-58页 |
| ·长末端重复序列的预测 | 第54页 |
| ·串联重复序列的预测 | 第54-56页 |
| ·插入序列的预测 | 第56-58页 |
| ·复制起点（Ori C）的预测 | 第58页 |
| ·基因功能的预测与分类 | 第58-61页 |
| ·COG 功能分类 | 第58-60页 |
| ·GO 功能分类 | 第60-61页 |
| ·基本代谢 | 第61-64页 |
| ·比较基因组学分析 | 第64-82页 |
| ·基因组的基本特征 | 第64-65页 |
| ·共线性分析 | 第65-66页 |
| ·基因功能的分类比较 | 第66-69页 |
| ·代谢途径的比较分析 | 第69-82页 |
| ·代谢途径的差异比较 | 第69-71页 |
| ·菌株KNP414 独特的代谢途径分析 | 第71-82页 |
| 4 讨论 | 第82-84页 |
| 第四章 总结和展望 | 第84-86页 |
| ·论文总结 | 第84-85页 |
| ·展望 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 附录一 重要溶液配制 | 第94-95页 |
| 附录二 培养基的配制 | 第95-96页 |
| 附表一 主要分析软件及其下载地址 | 第96-97页 |
| 附表二 P. mucilaginosus KNP414 潜在插入序列 | 第97-109页 |
| 硕士期间发表的论文 | 第109页 |
