| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-26页 |
| ·膜蛋白跨膜区相互作用研究 | 第11-12页 |
| ·课题所研究的膜蛋白简介 | 第12-15页 |
| ·CD36 简介 | 第12-13页 |
| ·GP 简介 | 第13页 |
| ·DAP12 简介 | 第13-15页 |
| ·分子动力学模拟原理 | 第15-21页 |
| ·力场简介 | 第16-18页 |
| ·蛋白力场 | 第18页 |
| ·GROMOS-96 | 第18页 |
| ·OPLS | 第18页 |
| ·水分子力场 | 第18-19页 |
| ·简单点电荷力场 | 第19页 |
| ·TIP3P | 第19页 |
| ·脂分子力场 | 第19-20页 |
| ·改版 Berger lipids 力场 | 第20页 |
| ·联合原子 OPLS 脂分子力场 | 第20页 |
| ·Martini 粗粒化力场 | 第20-21页 |
| ·动力学软件简述 | 第21-23页 |
| ·GROMACS | 第22页 |
| ·动力学模拟中的常用参数简介 | 第22-23页 |
| ·膜蛋白分子动力学模拟简介 | 第23-24页 |
| ·膜蛋白模拟的一般性步骤 | 第24页 |
| ·课题的目的及意义 | 第24-26页 |
| 第二章 膜蛋白 CD36 的分子动力学模拟研究 | 第26-40页 |
| ·前言 | 第26页 |
| ·实验方法 | 第26-29页 |
| ·分子模型建立 | 第26-27页 |
| ·全原子模拟过程和参数 | 第27-28页 |
| ·粗粒化模拟过程和参数 | 第28页 |
| ·分析工具 | 第28-29页 |
| ·实验结果 | 第29-39页 |
| ·CD36 跨膜区 1 野生型和突变体 G16I 全原子模拟 | 第29-38页 |
| ·野生型 WT 全原子模拟研究 | 第29-36页 |
| ·突变体 G16I 全原子模拟研究 | 第36-38页 |
| ·CD36 跨膜区 1 野生型 粗粒化模拟 | 第38-39页 |
| ·小结 | 第39-40页 |
| 第三章 膜蛋白 GPIB-IX 跨膜区寡聚的分子动力学模拟研究 | 第40-65页 |
| ·前言 | 第40-41页 |
| ·实验方法 | 第41-44页 |
| ·分子模型建立 | 第41-44页 |
| ·全原子模拟过程和参数 | 第44页 |
| ·实验结果 | 第44-63页 |
| ·A，B 两种模型的稳定性研究 | 第44-46页 |
| ·A 模型中 IBβ 上 H139 不同状态下模拟结果对比 | 第46-49页 |
| ·A 模型中 EE 状态的分析 | 第49-61页 |
| ·总体分析 | 第49-50页 |
| ·极性氨基酸主导了 GPIB-IX 的装配 | 第50-59页 |
| ·GPIB-IX 复合物跨膜螺旋之间的运动情况 | 第59-61页 |
| ·GPIB-IX 复合物跨膜疏水核心区域 | 第61-63页 |
| ·小结 | 第63-65页 |
| 第四章 膜蛋白 DAP12 的分子动力学模拟研究 | 第65-79页 |
| ·前言 | 第65-66页 |
| ·实验方法 | 第66-67页 |
| ·分子模型建立 | 第66-67页 |
| ·全原子模拟过程和参数 | 第67页 |
| ·实验结果 | 第67-78页 |
| ·DAP12 在 DPPC 体系中二聚的粗粒化模拟 | 第67-71页 |
| ·使用全原子模拟来优化和评估模型 | 第71-74页 |
| ·DAP12 跨膜区突变体的粗粒化模拟 | 第74-78页 |
| ·小结 | 第78-79页 |
| 第五章 结语 | 第79-81页 |
| ·实验结论 | 第79页 |
| ·展望 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-89页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 导师及作者简介 | 第91页 |
