生物信息学中序列拼接程序的并行化研究
| 第一章 绪论 | 第1-19页 |
| ·生物信息学 | 第9页 |
| ·生物相关性 | 第9-10页 |
| ·生物序列 | 第10页 |
| ·生物序列的比较 | 第10-17页 |
| ·演化模型 | 第11-12页 |
| ·两序列联配 | 第12-15页 |
| ·全局联配 | 第15-16页 |
| ·局部联配 | 第16-17页 |
| ·gap 函数的讨论 | 第17页 |
| ·多序列联配 | 第17页 |
| ·小结 | 第17-19页 |
| 第二章 拼接程序 Phrap 的分析 | 第19-33页 |
| ·测序简介 | 第19页 |
| ·序列拼接问题的描述 | 第19-20页 |
| ·Phrap 原理算法简介 | 第20-23页 |
| ·寻找重合部分 | 第21-22页 |
| ·决定overlap 的使用模式 | 第22页 |
| ·建立contig 数据 | 第22-23页 |
| ·Phrap 框架流程 | 第23-24页 |
| ·Phrap 的主要数据结构 | 第24-26页 |
| ·主要函数描述 | 第26-28页 |
| ·主要函数解析 | 第28-30页 |
| ·readin_and_match() | 第28-29页 |
| ·merge_master() | 第29页 |
| ·make_contig_db() | 第29-30页 |
| ·小结 | 第30-33页 |
| 第三章 phrap 程序的并行化 | 第33-47页 |
| ·Phrap 程序的并行化需求 | 第33页 |
| ·并行编程模型简介 | 第33-34页 |
| ·Phrap 的资源消耗及可并行性分析 | 第34-36页 |
| ·资源消耗分析 | 第34-35页 |
| ·readin_and_match()函数分析 | 第35页 |
| ·merge_master（）的分析 | 第35-36页 |
| ·make_contig_db（）函数分析 | 第36页 |
| ·共享存储模型下的并行化 | 第36-45页 |
| ·get_parameters()的修改 | 第37页 |
| ·reading_and_match()的修改 | 第37-40页 |
| ·merge_master()的修改 | 第40-44页 |
| ·make_contig_db() | 第44-45页 |
| ·小结 | 第45-47页 |
| 第四章 Phrap 拼接部分的并行化 | 第47-55页 |
| ·工作背景 | 第47页 |
| ·基于SMP 的多线程并行化 | 第47-48页 |
| ·merge_master()中的并行化 | 第48-52页 |
| ·国际上关于phrap 并行化的研究 | 第52页 |
| ·小结 | 第52-55页 |
| 第五章 总结与展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59-61页 |
| 作者简历 | 第61页 |
