| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-13页 |
| 目录 | 第13-17页 |
| 第一部分 酵母PLP合成酶Snz1的结构与催化机理研究 | 第17-73页 |
| 第一章 PLP合成酶的研究背景 | 第17-27页 |
| ·引言 | 第17页 |
| ·PLP合成酶及其生物机制概述 | 第17-27页 |
| ·PLP的生物合成 | 第17-19页 |
| ·PLP合成酶的同源结构 | 第19-24页 |
| ·PLP合成酶催化机理 | 第24-25页 |
| ·酿酒酵母中的PLP合成 | 第25-27页 |
| 第二章 实验材料、设备与方法 | 第27-41页 |
| ·实验材料与设备 | 第27-28页 |
| ·菌株、质粒 | 第27页 |
| ·试剂、酶 | 第27页 |
| ·仪器设备 | 第27-28页 |
| ·实验方法 | 第28-41页 |
| ·重组质粒的构建 | 第28-31页 |
| ·目的蛋白的表达与纯化 | 第31-34页 |
| ·Snz1及其突变体蛋白的圆二色谱(CD)分析 | 第34页 |
| ·蛋白质结晶以及数据收集 | 第34-37页 |
| ·晶体结构解析和精修 | 第37-38页 |
| ·活性检测 | 第38-41页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第41-68页 |
| ·Snz1的表达与纯化 | 第41-44页 |
| ·Snz1的多序列比对 | 第41-42页 |
| ·Snz1蛋白的表达与纯化 | 第42-44页 |
| ·Snz1及其突变体的CD结果 | 第44-45页 |
| ·Snz1的晶体学研究 | 第45-52页 |
| ·Snz1晶体的生长与优化 | 第45-46页 |
| ·Snz1衍射数据的收集与处理以及晶体结构的解析 | 第46-48页 |
| ·Snz1结构模型质量的评估 | 第48-52页 |
| ·Snz1的晶体结构与活性位点 | 第52-60页 |
| ·Snz1的总体结构 | 第52-54页 |
| ·底物G3P的结合位点 | 第54-57页 |
| ·产物PLP的结合位点 | 第57-60页 |
| ·基于结构的酶活实验 | 第60-64页 |
| ·定点突变及PLP合成实验 | 第60-62页 |
| ·~1H-NMR方法监测DHAP的异构反应 | 第62-64页 |
| ·基于结构与生化的反应机理推断 | 第64-68页 |
| 本篇小结 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-73页 |
| 第二部分 家蚕自噬通路的研究 | 第73-117页 |
| 第四章 背景介绍 | 第73-87页 |
| ·自噬概述 | 第73-76页 |
| ·自噬的形态学特征和分类 | 第73-75页 |
| ·自噬的生物学意义 | 第75-76页 |
| ·自噬的分子机制 | 第76-80页 |
| ·自噬的发生和两个泛素样结合通路 | 第76-78页 |
| ·自噬的信号调控通路 | 第78-80页 |
| ·自噬的研究方法 | 第80页 |
| ·家蚕的变态发育与自噬 | 第80-84页 |
| ·家蚕与丝绸之路 | 第80-81页 |
| ·自噬与家蚕的变态发育 | 第81-84页 |
| ·酵母Atg3-Atg8的背景介绍 | 第84-87页 |
| ·酵母Atg3的晶体结构 | 第84-85页 |
| ·酵母Atg8的晶体结构 | 第85-87页 |
| 第五章 实验材料、设备与方法 | 第87-95页 |
| ·实验材料与设备 | 第87-88页 |
| ·实验样品 | 第87页 |
| ·试剂与酶 | 第87页 |
| ·仪器设备 | 第87-88页 |
| ·实验方法 | 第88-95页 |
| ·生物信息学分析 | 第88页 |
| ·丝腺组织的剥离与处理 | 第88-89页 |
| ·总RNA的抽提、cDNA的制备 | 第89-90页 |
| ·半定量PCR的引物设计 | 第90页 |
| ·RT-PCR、3’RACE PCR及半定量PCR | 第90-91页 |
| ·酵母Atg3-Atg8复合物的表达与纯化 | 第91页 |
| ·酵母Atg3-Atg8复合物的结晶与数据收集 | 第91-92页 |
| ·硒代Atg3-Atg8复合物的表达纯化与结晶 | 第92-95页 |
| 第六章 结果与讨论 | 第95-110页 |
| ·家蚕自噬通路及部分基因的鉴定 | 第95-104页 |
| ·生物信息学分析结果 | 第95-96页 |
| ·部分基因的RT-PCR结果 | 第96-98页 |
| ·部分自噬相关蛋白的多序列比对 | 第98-101页 |
| ·家蚕自噬通路的重建 | 第101-103页 |
| ·BmATG8与BmATG12在转录水平上的变化 | 第103-104页 |
| ·家蚕自噬通路小结 | 第104页 |
| ·酵母自噬蛋白Atg3-Atg8复合物的晶体学研究 | 第104-110页 |
| ·酵母Atg3-Atg8复合物的表达与纯化 | 第104-106页 |
| ·酵母Atg3-Atg8复合物的结晶与优化 | 第106-107页 |
| ·酵母Atg3-Atg8复合物的数据收集与处理 | 第107页 |
| ·硒代酵母Atg3-Atg8复合物的表达纯化与结晶 | 第107-108页 |
| ·酵母Atg3-Atg8的初步晶体学研究小结 | 第108-110页 |
| 本篇小结 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-117页 |
| 附录 | 第117-122页 |
| A:pET28b(+)载体图谱 | 第117-118页 |
| B:引物设计规则 | 第118页 |
| C:大肠杆菌感受态的制备 | 第118-119页 |
| D:实验原理简介 | 第119-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第123页 |
