| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-50页 |
| ·引言 | 第10-11页 |
| ·计算化学方法 | 第11-17页 |
| ·量子化学从头算 | 第11-13页 |
| ·半经验的计算方法 | 第13-14页 |
| ·密度泛函 | 第14-15页 |
| ·分子力学 | 第15-17页 |
| ·酶体系的计算机模拟模型 | 第17-23页 |
| ·量子力学/分子力学联用的方法原理 | 第18-21页 |
| ·量子力学/分子力学联用的方法的边界处理 | 第21-23页 |
| ·酶反应路径的研究方法 | 第23-29页 |
| ·特征向量导向 | 第24-25页 |
| ·反应坐标驱动 | 第25页 |
| ·NEB 方法 | 第25-29页 |
| ·团簇构型优化方法 | 第29-40页 |
| ·团簇研究的意义和进展 | 第29-31页 |
| ·团簇的结构特性 | 第31-32页 |
| ·团簇结构优化的势函数 | 第32-34页 |
| ·团簇结构的全局优化算法 | 第34-40页 |
| 参考文献 | 第40-50页 |
| 第二章 克氏锥虫唾液酸转移酶的催化机理研究 | 第50-64页 |
| ·引言 | 第50-54页 |
| ·材料与方法 | 第54-56页 |
| ·酶-底物-溶剂体系的构建 | 第54页 |
| ·QM/MM 模型 | 第54页 |
| ·初始结构的平衡 | 第54-56页 |
| ·利用计算 NEB 和半经验的 AM/MM 模型计算最低能量路径 | 第56页 |
| ·利用从头算 QM/MM 模型对 QM 子空间的优化 | 第56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 第三章 势函数作用程对团簇构型的影响 | 第64-80页 |
| ·引言 | 第64-66页 |
| ·计算方法 | 第66-69页 |
| ·morse 势 | 第66-67页 |
| ·动态格点搜索（DLS）方法 | 第67-69页 |
| ·结果与讨论 | 第69-80页 |
| ·M200 的结构分析 | 第69-72页 |
| ·161≤N≤240 的 Morse 团簇全局最小结构 | 第72-77页 |
| ·全局极值的序列分析 | 第77-80页 |
| 参考文献 | 第80-83页 |
| 附录 | 第83-103页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
