| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| DEDICATIONS | 第9-17页 |
| Abbreviations | 第17-19页 |
| CHAPTER1:Introduction | 第19-49页 |
| 1.1 General Description of Cotton | 第19页 |
| 1.2 Current status of cotton production and Usage | 第19-21页 |
| 1.2.1 FAS USDA projection | 第21页 |
| 1.3 Phylogeny of Cotton | 第21-22页 |
| 1.4 Characteristics,Contribution,and Origin | 第22-23页 |
| 1.5 Genetic diversity in the cultivated cotton | 第23-25页 |
| 1.6 Optimum conditions for cotton growth | 第25-26页 |
| 1.7 Plant Stress | 第26-27页 |
| 1.7.1 Drought Stress | 第26-27页 |
| 1.7.2 Salinity Stress | 第27页 |
| 1.8 Salt-affected area | 第27-28页 |
| 1.9 Development of Salinity | 第28-29页 |
| 1.10 Major types of Salts | 第29页 |
| 1.11 Estimation of salinity | 第29-31页 |
| 1.11.1 Mapping and Monitoring of Salinity areas | 第29页 |
| 1.11.2 Need for Monitoring and Mapping? | 第29页 |
| 1.11.3 Technology used for soil salinity mapping | 第29-30页 |
| 1.11.4 Remote Sensing | 第30-31页 |
| 1.11.4.1 Advantages | 第30页 |
| 1.11.4.2 Requirements | 第30页 |
| 1.11.4.3 Vegetation reflectance | 第30-31页 |
| 1.12 Laboratory Method | 第31页 |
| 1.13 Classification of soil based on EC | 第31-32页 |
| 1.14 Classification of Soil By USD Soil Laboratory | 第32-33页 |
| 1.14.1 Saline Soils: | 第32页 |
| 1.14.2 Sodic Soils | 第32页 |
| 1.14.3 Saline-Sodic Soils: | 第32-33页 |
| 1.15 Comparison of Estimation of Salinity methods | 第33页 |
| 1.16 Effect of salinity on Plants | 第33页 |
| 1.17 Effect of Salinity on Cotton Growth | 第33-35页 |
| 1.17.1 Germination and Emergence | 第34页 |
| 1.17.2 Root and Shoot | 第34页 |
| 1.17.3 Effect on Other Parts | 第34-35页 |
| 1.18 Salinity Tolerance | 第35页 |
| 1.19 Plant Response to Salinity | 第35-37页 |
| 1.20 Identification Method of Salt Tolerance of Cotton | 第37页 |
| 1.21 Evaluation of Salt tolerance Indicators of Cotton: | 第37-39页 |
| 1.22 Salt tolerance of Plants(Molecular level) | 第39页 |
| 1.23 Reclamation Strategies | 第39-40页 |
| 1.24 Live with Salinity(Saline Agriculture) | 第40-43页 |
| 1.24.1 Introduction Natural salt-tolerant plants | 第40-41页 |
| 1.24.2 Developing GMO Plants: | 第41-43页 |
| 1.24.2.1 Conventional& Molecular Breeding | 第41-42页 |
| 1.24.2.2 Advances in Molecular breeding | 第42-43页 |
| 1.25 QTL mapping | 第43页 |
| 1.26 Requirements for QTL mapping | 第43-44页 |
| 1.27 Genetic Markers | 第44-47页 |
| 1.27.1 Morphological marker | 第44页 |
| 1.27.2 Biochemical markers | 第44页 |
| 1.27.3 DNA based markers | 第44-47页 |
| 1.27.3.1 Hybridization-based markers | 第44页 |
| 1.27.3.2 Polymerase chain reaction(PCR)based markers | 第44-47页 |
| 1.27.3.2.1 Simple Sequence Repeats(SSR) | 第45页 |
| 1.27.3.2.2 Single Nucleotide Polymorphisms(SNP) | 第45-47页 |
| 1.28 Mapping Population | 第47页 |
| 1.29 Candidate Genes | 第47-48页 |
| 1.30 Statement of Purpose | 第48页 |
| 1.31 Study Objectives: | 第48-49页 |
| CHAPTER2:MATERIALS AND METHODS | 第49-62页 |
| 2.1 Plant Materials | 第49页 |
| 2.2 Mapping Population | 第49-50页 |
| 2.3 Experimental Conditions | 第50页 |
| 2.4 Experimental design and procedures | 第50-51页 |
| 2.4.1 Design and Layout | 第50页 |
| 2.4.2 Seed treatment | 第50-51页 |
| 2.5 Soil Culture Experiment | 第51-53页 |
| 2.5.1 Germination Test | 第51-52页 |
| 2.5.1.1 Treatments | 第51页 |
| 2.5.1.2 Salt Calculations | 第51-52页 |
| 2.5.1.3 Germination/Emergence Data(GR) | 第52页 |
| 2.5.2 Seedling Test | 第52页 |
| 2.5.2.1 Basal treatment | 第52页 |
| 2.5.2.2 Third Leaf Stage Treatment150mM(E3) | 第52页 |
| 2.5.3 Solution Culture Experiment | 第52-53页 |
| 2.5.3.1 Treatments | 第53页 |
| 2.5.3.2 Germination | 第53页 |
| 2.5.3.3 Transplantation of Seedlings | 第53页 |
| 2.5.3.4 Salt Treatment | 第53页 |
| 2.6 Data collection of phenotypic traits | 第53-55页 |
| 2.6.1 Shoot Length(cm) | 第54页 |
| 2.6.2 Root Length(cm) | 第54页 |
| 2.6.3 Shoot Fresh Weight(g) | 第54页 |
| 2.6.4 Shoot Dry weight(g) | 第54页 |
| 2.6.5 Root Fresh Weight(g) | 第54页 |
| 2.6.6 Root Dry Weight(g) | 第54页 |
| 2.6.7 Leaf Fresh weight(g) | 第54页 |
| 2.6.8 Stem Weight(g) | 第54-55页 |
| 2.6.9 Leaf Imbibed weight(g) | 第55页 |
| 2.6.10 Leaf Dry weight(g) | 第55页 |
| 2.6.11 Relative water contents(%) | 第55页 |
| 2.6.12 Chlorophyll Contents(SPAD) | 第55页 |
| 2.6.13 Electrical Conductivity meter(dS/cm) | 第55页 |
| 2.6.14 Total Biomass/Total Plant Weight(g) | 第55页 |
| 2.6.15 Root Shoot Ratio | 第55页 |
| 2.7 Phenotypic data analysis | 第55-56页 |
| 2.7.1 Correlation | 第56页 |
| 2.7.1.1 Correlogram | 第56页 |
| 2.8 Genotyping and Map Construction | 第56-60页 |
| 2.8.1 DNA extraction,quantification,and qualification | 第56页 |
| 2.8.2 Microsatellites genotyping | 第56-57页 |
| 2.8.3 Polymerase chain reaction and electrophoresis | 第57页 |
| 2.8.4 SNP Chip-based Sequencing: | 第57-58页 |
| 2.8.5 Genetic Map | 第58-60页 |
| 2.9 QTL Mapping | 第60-62页 |
| 2.9.1 Nomenclature and QTL information | 第60页 |
| 2.9.2 QTL Comparison | 第60页 |
| 2.9.3 Candidate Genes Identification | 第60-62页 |
| CHAPTER3:RESULTS | 第62-109页 |
| 3.1 Phenotypic data analysis | 第62-85页 |
| 3.1.1 Evaluation of Parental lines | 第62-64页 |
| 3.1.2 Germination | 第64-69页 |
| 3.1.2.1 Germination of Parental lines and Control across different treatments | 第64-65页 |
| 3.1.2.2 Frequency Distribution/Descriptive statistics of whole population | 第65-66页 |
| 3.1.2.3 Correlation | 第66-67页 |
| 3.1.2.4 Biplot Analysis | 第67页 |
| 3.1.2.5 ANOVA(Analysis of Variance)One Way | 第67-69页 |
| 3.1.3 Seedling Experiment | 第69页 |
| 3.1.3.1 Overall Description and Comparison(T1,T2 and T4) | 第69页 |
| 3.1.3.2 Overall Description and ccomparison of E1 and E2 in aquaculture | 第69页 |
| 3.1.4 Correlation(r)matrix(Pearson(n)) | 第69-85页 |
| 3.1.4.1 Treatment1 (Control) | 第69-70页 |
| 3.1.4.2 Treatment T2(75mM) | 第70页 |
| 3.1.4.3 Treatment T4(125mM) | 第70页 |
| 3.1.4.4 Treatment5 in E3(150 mM) | 第70页 |
| 3.1.4.5 Treatment5 in E1(Hydroponic culture) | 第70页 |
| 3.1.4.6 Treatment5 in E2(Hydroponic culture) | 第70-82页 |
| 3.1.4.7 Principal component analysis(PCA) | 第82-84页 |
| 3.1.4.8 Evaluation of Salt tolerant Lines | 第84-85页 |
| 3.2 QTL Mapping for Salinity tolerance | 第85-100页 |
| 3.2.1 QTL Mapping | 第85页 |
| 3.2.2 Stable QTLs | 第85页 |
| 3.2.3 Stable QTLs making clusters | 第85-86页 |
| 3.2.4 Already Reported QTLs | 第86页 |
| 3.2.5 Cluster QTLs | 第86-100页 |
| 3.3 Candidate genes | 第100-109页 |
| 3.3.1 Gene Ontology | 第100-101页 |
| 3.3.2 KEGG pathway | 第101-102页 |
| 3.3.3 Inter-Pro | 第102-106页 |
| 3.3.4 The biological function annotations of twenty-one selected candidate genes related to salinity tolerance | 第106-109页 |
| CHAPTER4:DISCUSSIONS | 第109-116页 |
| 4.1 QTL mapping on salinity tolerance | 第109页 |
| 4.2 Germination | 第109-113页 |
| 4.2.1 Seedling Experiment | 第110-112页 |
| 4.2.2 Correlation: | 第112-113页 |
| 4.3 Genetic map and QTL mapping | 第113-114页 |
| 4.4 Candidate Genes | 第114-116页 |
| CONCLUSION | 第116-117页 |
| References(参考文献) | 第117-134页 |
| Acknowledgements | 第134-135页 |
| Curriculum Vitae(个人简介) | 第135-137页 |
| Appendix | 第137-184页 |
