| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-24页 |
| 1.1 转录组测序(RNA-Seq)发展及应用 | 第9-13页 |
| 1.1.1 RNA-Seq测序基本原理 | 第9-10页 |
| 1.1.2 RNA-Seq数据处理流程 | 第10-11页 |
| 1.1.3 RNA-Seq技术的应用 | 第11-13页 |
| 1.1.4 RNA-Seq的发展及挑战 | 第13页 |
| 1.2 玉米数量性状克隆研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 分子标记技术的发展 | 第14-15页 |
| 1.2.2 QTL的定位与克隆 | 第15-16页 |
| 1.3 玉米籽粒淀粉的生物代谢 | 第16-20页 |
| 1.4 玉米籽粒淀粉的基因组学 | 第20-23页 |
| 1.4.1 玉米籽粒淀粉QTL定位 | 第20-21页 |
| 1.4.2 玉米籽粒淀粉的关联分析发展与应用 | 第21-23页 |
| 1.5 本研究目的与意义 | 第23-24页 |
| 第二章 利用NILs转录组测序解析玉米籽粒淀粉合成网络 | 第24-41页 |
| 2.1 前言 | 第24-25页 |
| 2.2 材料和方法 | 第25-28页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第25页 |
| 2.2.2 淀粉含量测定 | 第25-26页 |
| 2.2.3 DNA提取以及基因型分析 | 第26页 |
| 2.2.4 RNA提取和测序 | 第26页 |
| 2.2.5 RNA-Seq定位、SNP位点的提取和注释 | 第26页 |
| 2.2.6 基因表达水平分析 | 第26-27页 |
| 2.2.7 基因表达差异分析 | 第27页 |
| 2.2.8 主成分分析(PCA)和层次聚类分析 | 第27页 |
| 2.2.9 基因的功能分类以及GO富集分析 | 第27页 |
| 2.2.10 qRT-PCR | 第27-28页 |
| 2.3 结果与分析 | 第28-38页 |
| 2.3.1 NILs基因型分析及表型分析 | 第28-29页 |
| 2.3.2 近等基因系转录组分析 | 第29-31页 |
| 2.3.3 NILs的基因组和转录组变异 | 第31-34页 |
| 2.3.4 差异表达基因的验证 | 第34-36页 |
| 2.3.5 淀粉代谢途径基因的表达谱 | 第36-38页 |
| 2.4 讨论 | 第38-41页 |
| 2.4.1 qHS3的候选基因 | 第38-39页 |
| 2.4.2 qHS3候选基因可能参与的转录调控 | 第39-40页 |
| 2.4.3 淀粉代谢途径中一个新基因的检测 | 第40-41页 |
| 第三章 玉米籽粒淀粉含量主效QTL-qHS3的精细定位 | 第41-54页 |
| 3.1 前言 | 第41页 |
| 3.2 材料和方法 | 第41-44页 |
| 3.2.1 近等基因系的构建 | 第41-42页 |
| 3.2.2 田间试验 | 第42页 |
| 3.2.3 淀粉含量测定及表型鉴定统计方法 | 第42-43页 |
| 3.2.4 基因型检测及标记的开发 | 第43页 |
| 3.2.5 关联分析平台 | 第43-44页 |
| 3.3 结果与分析 | 第44-52页 |
| 3.3.1 QTL效应值的初步验证 | 第44-45页 |
| 3.3.2 主效QTL区间内开发高密度的分子标记 | 第45页 |
| 3.3.3 qHS3的精细定位 | 第45-47页 |
| 3.3.4 qHS3区段内候选基因预测 | 第47-48页 |
| 3.3.5 关联群体淀粉含量变异 | 第48-49页 |
| 3.3.6 qHS3区段内关联分析及候选基因预测 | 第49-52页 |
| 3.4 讨论 | 第52-54页 |
| 3.4.1 表型的测定 | 第52页 |
| 3.4.2 候选基因的预测 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 附录 | 第62-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
| 作者简历 | 第80页 |
