| 摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-13页 |
| 第1章 前言 | 第13-29页 |
| 1.1 等位基因不平衡性 | 第13-14页 |
| 1.2 分析等位基因不平衡的方法和工具 | 第14-15页 |
| 1.3 等位基因不平衡在肿瘤中的研究情况 | 第15-26页 |
| 1.3.1 乳腺癌 | 第15-19页 |
| 1.3.2 结直肠腺癌 | 第19-22页 |
| 1.3.3 肺腺癌 | 第22-24页 |
| 1.3.4 前列腺癌 | 第24-26页 |
| 1.4 等位基因不平衡的发生机制 | 第26-27页 |
| 1.5 全外显子组测序和数据库 | 第27-29页 |
| 第2章 数据来源与设备 | 第29-31页 |
| 2.1 数据来源 | 第29-30页 |
| 2.1.1 样本获得 | 第29页 |
| 2.1.2 外显子区域遗传变异位点获得 | 第29页 |
| 2.1.3 拷贝数芯片数据获得 | 第29-30页 |
| 2.1.4 乳腺癌RNA测序数据获得 | 第30页 |
| 2.2 设备 | 第30-31页 |
| 第3章 方法 | 第31-44页 |
| 3.1 编程语言 | 第31页 |
| 3.2 基因组分析软件 | 第31页 |
| 3.3 遗传变异位点筛选 | 第31-32页 |
| 3.4 高通量测序数据质量控制 | 第32页 |
| 3.5 等位基因计数 | 第32-33页 |
| 3.6 统计方法 | 第33-39页 |
| 3.6.1 利用Beta分布计算等位基因频率先验分布 | 第33-34页 |
| 3.6.2 利用Gamma分布计算等位基因测序深度先验分布 | 第34页 |
| 3.6.3 利用Beta-Binomial分布计算等位基因频率后验分布 | 第34-35页 |
| 3.6.4 利用L-BFGS-B算法数值优化 | 第35-36页 |
| 3.6.5 模型验证 | 第36-38页 |
| 3.6.6 置换检验 | 第38-39页 |
| 3.7 等位基因不平衡位点功能预测 | 第39-40页 |
| 3.8 等位基因不平衡位点功能富集分析 | 第40-41页 |
| 3.9 利用逻辑回归检验AI位点功能富集性 | 第41页 |
| 3.10 利用超级何分布检验AI位点功能富集性 | 第41页 |
| 3.11 等位基因不平衡与体细胞拷贝数变异关联分析一 | 第41-42页 |
| 3.12 RNA与DNA等位基因不平衡关联分析 | 第42页 |
| 3.13 基因功能富集分析 | 第42页 |
| 3.14 R包的制作与发表 | 第42-43页 |
| 3.15 图形绘制 | 第43-44页 |
| 第4章 结果 | 第44-75页 |
| 4.1 贝叶斯概率模型描述 | 第44-45页 |
| 4.2 模型验证 | 第45-53页 |
| 4.2.1 验证pi与dBAF的一致性 | 第45-48页 |
| 4.2.2 验证体细胞拷贝数变异与AI的关联性 | 第48-53页 |
| 4.3 评估等位基因不平衡性位点 | 第53-57页 |
| 4.3.1 置换检验 | 第53-55页 |
| 4.3.2 在4个肿瘤中评估的等位基因不平衡位点 | 第55-57页 |
| 4.4 等位基因不平衡位点功能富集性 | 第57-62页 |
| 4.5 等位基因不平衡在体拷贝数变异程度相关 | 第62-66页 |
| 4.6 等位基因不平衡在DNA水平和RNA水平的关联性 | 第66-69页 |
| 4.7 不平衡等位基因功能富集分析 | 第69-72页 |
| 4.7.1 染色体位置富集 | 第69-70页 |
| 4.7.2 KEGG通路富集 | 第70-71页 |
| 4.7.3 GO生物过程富集 | 第71-72页 |
| 4.8 VARAI包 | 第72-75页 |
| 结论 | 第75-76页 |
| 讨论 | 第76-77页 |
| 附录 | 第77-86页 |
| 参考文献 | 第86-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
