| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第10-11页 |
| 1.2 RNA二级结构比对国内外研究现状 | 第11-16页 |
| 1.3 本文的主要研究内容 | 第16页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第16-18页 |
| 第2章 RNA二级结构比对基础知识 | 第18-25页 |
| 2.1 RNA二级结构基本概念 | 第18-19页 |
| 2.1.1 RNA | 第18页 |
| 2.1.2 RNA二级结构 | 第18-19页 |
| 2.2 RNA二级结构表示方法 | 第19-21页 |
| 2.2.1 平面图形表示法 | 第19-20页 |
| 2.2.2 点括号图表示 | 第20页 |
| 2.2.3 CT文件表示 | 第20页 |
| 2.2.4 空间曲线表示法 | 第20-21页 |
| 2.3 RNA二级结构比对 | 第21-23页 |
| 2.3.1 RNA二级结构间的BP距离 | 第21页 |
| 2.3.2 RNA二级结构间的Hausdorff距离 | 第21-22页 |
| 2.3.3 RBP表示法 | 第22-23页 |
| 2.4 序列相似性研究 | 第23页 |
| 2.5 并行算法基本概念 | 第23-24页 |
| 2.5.1 并行算法 | 第23-24页 |
| 2.5.2 并行算法的复杂性 | 第24页 |
| 2.6 本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 利用动态规划比对RNA二级结构 | 第25-34页 |
| 3.1 引言 | 第25页 |
| 3.2 RNA二级结构的数字特征序列表示 | 第25-26页 |
| 3.3 动态规划 | 第26-33页 |
| 3.3.1 动态规划原理 | 第26-27页 |
| 3.3.2 动态规划在特征序列上的应用 | 第27-28页 |
| 3.3.3 基于动态规划的RNA二级结构比对算法 | 第28-31页 |
| 3.3.4 基于动态规划的RNA二级结构比对算法 | 第31-33页 |
| 3.3.5 DPS算法时间复杂度 | 第33页 |
| 3.4 本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 并行加权动态规划比对 | 第34-44页 |
| 4.1 引言 | 第34页 |
| 4.2 加入权重调整的必要性 | 第34-35页 |
| 4.3 加权算法比对RNA二级结构 | 第35-40页 |
| 4.3.1 权重调整公式 | 第35-38页 |
| 4.3.2 加权算法描述 | 第38-40页 |
| 4.4 多线程加权算法比对RNA二级结构 | 第40-42页 |
| 4.4.1 动态规划算法的优化算法 | 第40-41页 |
| 4.4.2 多线程加权算法比对RNA二级结构 | 第41-42页 |
| 4.4.3 多线程WA-DPS算法的时间复杂度 | 第42页 |
| 4.5 本章小结 | 第42-44页 |
| 第5章 实验验证 | 第44-56页 |
| 5.1 引言 | 第44页 |
| 5.2 实验环境 | 第44页 |
| 5.3 DPS算法实验 | 第44-52页 |
| 5.4 WA-DPS算法实验 | 第52-54页 |
| 5.4.1 加入权重调整机制的动态规划算法实验 | 第52-53页 |
| 5.4.3 并行加权动态规划算法实验 | 第53-54页 |
| 5.5 本章小结 | 第54-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 附录Ⅰ | 第61-75页 |
| 附录Ⅱ | 第75-90页 |
| 致谢 | 第90页 |